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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dgy | |||||||||
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タイトル | Structure of MERS 3CL protease in complex with the cyclopropane based inhibitor 16d (high resolution) | |||||||||
要素 | 3C-like proteinase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PROTEASE / severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / MERS 3CL protease Inhhibitors / hydrolase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell membrane / viral genome replication / methyltransferase activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / methylation / cysteine-type deubiquitinase activity ...host cell membrane / viral genome replication / methyltransferase activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / methylation / cysteine-type deubiquitinase activity / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / proteolysis / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | |||||||||
データ登録者 | Lovell, S. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Nguyen, H.N. / Chamandi, S.D. / Picard, H.R. / Madden, T.K. / Thruman, H.A. / Kim, Y. / Groutas, W.C. / Chang, K.O. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Acs Pharmacol Transl Sci / 年: 2023 タイトル: Broad-Spectrum Cyclopropane-Based Inhibitors of Coronavirus 3C-like Proteases: Biochemical, Structural, and Virological Studies. 著者: Dampalla, C.S. / Nguyen, H.N. / Rathnayake, A.D. / Kim, Y. / Perera, K.D. / Madden, T.K. / Thurman, H.A. / Machen, A.J. / Kashipathy, M.M. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Chang, K.O. / Groutas, W.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dgy.cif.gz | 80.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dgy.ent.gz | 55.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dgy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dgy_validation.pdf.gz | 936.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dgy_full_validation.pdf.gz | 937.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8dgy_validation.xml.gz | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dgy_validation.cif.gz | 20.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/8dgy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/8dgy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7tq2C 7tq3C 7tq4C 7tq5C 7tq6C 7tq7C 7tq8C 8cztC 8czuC 8czvC 8czwC 8czxC 5wkkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34314.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) 遺伝子: orf1a / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A1L2E0X0 |
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#2: 化合物 | ChemComp-S9U / [( |
#3: 化合物 | ChemComp-SD6 / [( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.77 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.8 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 100 mM Tris, 0.5% (w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月6日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.65→49.33 Å / Num. obs: 31215 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 22.43 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 113311 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5WKK 解像度: 1.65→24.53 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.05 / 位相誤差: 20.98 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.8 Å2 / Biso mean: 27.7372 Å2 / Biso min: 12.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.65→24.53 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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