+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dcq | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 LM/HT CLADE A/E CRF01 GP120 CORE IN COMPLEX WITH YIR-821 | ||||||
要素 | HIV-1 LM/HT Clade A/E CRF01 gp120 core | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / HIV-1 GP120 / CLADE A/E CF01 / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / viral envelope / Chem-R5K / clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Tolbert, W.D. / Pazgier, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2023 タイトル: Characterization of a Novel CD4 Mimetic Compound YIR-821 against HIV-1 Clinical Isolates. 著者: Matsumoto, K. / Kuwata, T. / Tolbert, W.D. / Richard, J. / Ding, S. / Prevost, J. / Takahama, S. / Judicate, G.P. / Ueno, T. / Nakata, H. / Kobayakawa, T. / Tsuji, K. / Tamamura, H. / Smith ...著者: Matsumoto, K. / Kuwata, T. / Tolbert, W.D. / Richard, J. / Ding, S. / Prevost, J. / Takahama, S. / Judicate, G.P. / Ueno, T. / Nakata, H. / Kobayakawa, T. / Tsuji, K. / Tamamura, H. / Smith 3rd, A.B. / Pazgier, M. / Finzi, A. / Matsushita, S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dcq.cif.gz | 90.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8dcq.ent.gz | 65.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dcq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dcq_validation.pdf.gz | 863.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8dcq_full_validation.pdf.gz | 881.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8dcq_validation.xml.gz | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dcq_validation.cif.gz | 22.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/8dcq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/8dcq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6onfS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39466.750 Da / 分子数: 1 / 変異: H61Y Q105H V108I H375T N474D I475M K476R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: HIV-1 Env / Cell (発現宿主): HEK 293 GNT1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 化合物 | ChemComp-R5K / | #4: 化合物 | ChemComp-EPE / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG 1500 5% PEG 400 0.1 M HEPES pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月9日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 8078 / % possible obs: 72.3 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.94 / Rpim(I) all: 0.169 / Rsym value: 0.276 / Net I/σ(I): 2.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.37 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 722 / CC1/2: 0.464 / Rpim(I) all: 0.745 / % possible all: 75.3 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6ONF 解像度: 3.2→43.69 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 24.62 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→43.69 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|