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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8czv | |||||||||
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タイトル | Structure of MERS 3CL protease in complex with the cyclopropane based inhibitor 17d | |||||||||
要素 | 3C-like proteinase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PROTEASE / severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / MERS 3CL protease Inhhibitors / hydrolase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell membrane / viral genome replication / methyltransferase activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / methylation / cysteine-type deubiquitinase activity ...host cell membrane / viral genome replication / methyltransferase activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / methylation / cysteine-type deubiquitinase activity / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / proteolysis / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Nguyen, H.N. / Chamandi, S.D. / Picard, H.R. / Madden, T.K. / Thruman, H.A. / Kim, Y. / Groutas, W.C. / Chang, K.O. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Acs Pharmacol Transl Sci / 年: 2023 タイトル: Broad-Spectrum Cyclopropane-Based Inhibitors of Coronavirus 3C-like Proteases: Biochemical, Structural, and Virological Studies. 著者: Dampalla, C.S. / Nguyen, H.N. / Rathnayake, A.D. / Kim, Y. / Perera, K.D. / Madden, T.K. / Thurman, H.A. / Machen, A.J. / Kashipathy, M.M. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Chang, K.O. / Groutas, W.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8czv.cif.gz | 133.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8czv.ent.gz | 99.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8czv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8czv_validation.pdf.gz | 1004.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8czv_full_validation.pdf.gz | 1007 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8czv_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8czv_validation.cif.gz | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/8czv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/8czv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7tq2C 7tq3C 7tq4C 7tq5C 7tq6C 7tq7C 7tq8C 8cztC 8czuC 8czwC 8czxC 8dgyC 5wkkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34314.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) 遺伝子: orf1a / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A1L2E0X0 |
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#2: 化合物 | ChemComp-P8C / [( |
#3: 化合物 | ChemComp-PJR / [( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.14 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 100 mM Bis-Tris, 200 mM Ammonium Sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月24日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→48.99 Å / Num. obs: 19345 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 26.02 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 68418 / Scaling rejects: 23 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5WKK 解像度: 1.95→48.99 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 位相誤差: 31.19 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.19 Å2 / Biso mean: 35.228 Å2 / Biso min: 18.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→48.99 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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