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- PDB-8cyu: Crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro with compound C5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cyu
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 Mpro with compound C5
要素3C-like proteinase
キーワードVIRAL PROTEIN / COVID-19 / SARS-CoV-2 / protease / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins / TRAF3-dependent IRF activation pathway / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins / TRAF3-dependent IRF activation pathway / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / snRNP Assembly / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / G-quadruplex RNA binding / mRNA guanylyltransferase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / DNA helicase / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lyase activity / single-stranded RNA binding / viral protein processing / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / copper ion binding / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Trypsin-like serine proteases / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. ...main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Trypsin-like serine proteases / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / Lipocalin signature. / Thrombin, subunit H / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Coronavirus Nsp6 transmembrane protein profile. / Coronavirus Nsp4 ectodomain (4Ecto) profile. / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / : / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / : / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P5X / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Worrall, L.J. / Lee, J. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Emerg Microbes Infect / 年: 2023
タイトル: A novel class of broad-spectrum active-site-directed 3C-like protease inhibitors with nanomolar antiviral activity against highly immune-evasive SARS-CoV-2 Omicron subvariants.
著者: Perez-Vargas, J. / Worrall, L.J. / Olmstead, A.D. / Ton, A.T. / Lee, J. / Villanueva, I. / Thompson, C.A.H. / Dudek, S. / Ennis, S. / Smith, J.R. / Shapira, T. / De Guzman, J. / Gang, S. / ...著者: Perez-Vargas, J. / Worrall, L.J. / Olmstead, A.D. / Ton, A.T. / Lee, J. / Villanueva, I. / Thompson, C.A.H. / Dudek, S. / Ennis, S. / Smith, J.R. / Shapira, T. / De Guzman, J. / Gang, S. / Ban, F. / Vuckovic, M. / Bielecki, M. / Kovacic, S. / Kenward, C. / Hong, C.Y. / Gordon, D.G. / Levett, P.N. / Krajden, M. / Leduc, R. / Boudreault, P.L. / Niikura, M. / Paetzel, M. / Young, R.N. / Cherkasov, A. / Strynadka, N.C.J. / Jean, F.
履歴
登録2022年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年3月4日Group: Refinement description / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3C-like proteinase
B: 3C-like proteinase
C: 3C-like proteinase
D: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,0468
ポリマ－135,3024
非ポリマー1,7444
水11,998666
1
A: 3C-like proteinase
B: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5234
ポリマ－67,6512
非ポリマー8722
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area24600 Å2
手法PISA
2
C: 3C-like proteinase
D: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5234
ポリマ－67,6512
非ポリマー8722
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area24700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.290, 102.640, 102.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.250, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRAA1 - 3041 - 304
21THRTHRBB1 - 3041 - 304
12PHEPHEAA1 - 3051 - 305
22PHEPHECC1 - 3051 - 305
13THRTHRAA1 - 3041 - 304
23THRTHRDD1 - 3041 - 304
14THRTHRBB1 - 3041 - 304
24THRTHRCC1 - 3041 - 304
15GLNGLNBB1 - 3061 - 306
25GLNGLNDD1 - 3061 - 306
16THRTHRCC1 - 3041 - 304
26THRTHRDD1 - 3041 - 304

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
3C-like proteinase / 3CL-PRO / 3CLp / Main protease / Mpro / Non-structural protein 5 / nsp5 / SARS coronavirus main proteinase


分子量: 33825.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD1, SARS coronavirus main proteinase
#2: 化合物
ChemComp-P5X / N-[(4-chlorothiophen-2-yl)methyl]-N-[4-(dimethylamino)phenyl]-2-(isoquinolin-4-yl)acetamide


分子量: 435.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H22ClN3OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 666 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M Tris pH 8, 15 % PEG 8000, 10 % ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.1806 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1806 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→45.75 Å / Num. obs: 126257 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.836.82.1464285662730.4750.8762.3210.9100
9.86-45.716.30.03850318030.9990.0160.04130.798.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JOY

7joy


解像度: 1.8→45.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 8.089 / SU ML: 0.123 / SU R Cruickshank DPI: 0.1421 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2453 6360 5 %RANDOM
Rwork0.2121 ---
obs0.2138 119897 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 140.66 Å2 / Biso mean: 31.132 Å2 / Biso min: 14.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å2-0 Å20.8 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→45.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9430 0 120 666 10216
Biso mean--28.64 35.65 -
残基数----1222
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0139872
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179092
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7891.65813448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4791.58720890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.48151242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.36923.277476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.486151550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5971542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022360
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A98760.08
12B98760.08
21A99320.08
22C99320.08
31A100480.06
32D100480.06
41B99750.06
42C99750.06
51B99770.07
52D99770.07
61C98730.08
62D98730.08
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 490 -
Rwork0.355 8787 -
all-9277 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.53271.38350.25792.3073-0.10180.2876-0.04580.0430.05620.03160.06350.1207-0.03960.0004-0.01760.0449-0.0073-0.09230.08560.01470.2408-10.312-18.43442.654
22.56271.6841-1.1419.5375-2.17360.96680.0132-0.2130.22680.5483-0.01790.1771-0.22010.10730.00470.1052-0.0256-0.0630.17720.02250.3284-26.965-27.22447.711
33.84830.8574-0.07915.1631-3.01411.8295-0.02440.20750.32690.10740.23810.5451-0.1083-0.1538-0.21370.10140.011-0.17480.20610.01080.4147-21.288-17.60636.954
43.20560.14990.61652.2872-0.35910.21140.00380.1826-0.2181-0.05280.0193-0.13660.01850.08-0.02310.0337-0.0089-0.07090.11640.01870.2989-2.445-24.98742.909
53.74830.51240.94893.73470.39181.70850.01680.15470.0056-0.1556-0.0619-0.12290.02280.0740.04510.0409-0.0081-0.09320.05630.04190.3032-4.969-19.82442.595
63.2423-1.47290.21261.06350.10820.12390.00280.0653-0.08360.0054-0.00240.07450.01110.0025-0.00050.0399-0.0205-0.1040.07740.02540.295110.927-34.51743.594
70.2651-0.14990.13523.73980.28012.9466-0.02680.12580.09820.20670.16490.0689-0.5204-0.0331-0.1380.12160.029-0.04270.1350.03690.558615.559-24.07644.045
81.85261.5949-0.12874.732-1.25811.4078-0.15110.1525-0.0654-0.35440.09460.08470.045-0.00530.05660.0785-0.0034-0.09260.08080.0030.16888.137-1.75439.765
95.8846-3.57911.82579.6295-3.94416.0022-0.07820.51930.3656-0.4565-0.0434-0.3537-0.14520.65040.12160.2175-0.05380.02550.26750.06250.331326.39310.19634.109
103.25040.18841.13473.203-0.55042.2946-0.16260.34370.2386-0.52940.13420.246-0.0539-0.04610.02840.1282-0.0185-0.13220.08050.01730.2677.5067.07338.053
112.13110.52860.93313.4638-0.2352.08230.0041-0.0604-0.1439-0.05640.0630.00210.1293-0.0781-0.06710.0374-0.0054-0.06960.0570.01560.183312.672-5.1646.47
123.02522.0192-1.56673.1913-2.11932.91990.2256-0.8045-0.09010.4054-0.3119-0.10290.03160.24380.08620.1373-0.0294-0.09560.277-0.00360.290113.429-12.98468.321
136.4484-0.210.17842.32330.91752.332-0.21340.1906-0.7566-0.08850.13410.22350.1663-0.12840.07920.1457-0.0591-0.01320.21030.03590.366.346-18.17560.736
141.7729-1.6445-0.21143.97331.47011.5456-0.088-0.20660.02650.20350.0868-0.19460.06440.00690.00110.06530.0206-0.10040.1328-0.01240.202516.897-24.88110.356
153.3849-0.23480.48992.14550.66273.4228-0.1637-0.53380.30260.48520.1120.0433-0.1688-0.14080.05180.1780.0477-0.09450.2144-0.07130.29358.067-12.65917.161
162.5731-0.2620.75932.68240.5031.9293-0.0596-0.0155-0.04310.04710.0745-0.03550.05950.042-0.0150.0350.0084-0.08250.0727-0.02110.231711.507-25.9152.953
174.4075-1.61610.36582.9121-2.96316.55610.52221.0076-0.8515-1.1489-0.39810.26391.65010.8221-0.1240.56850.2202-0.19640.5083-0.20130.372516.395-44.455-19.842
184.9047-0.9941.89834.2715-1.56325.8430.41750.5589-0.2591-0.6019-0.24510.04050.68240.4061-0.17240.24120.0989-0.09770.2712-0.05790.259214.104-39.046-17.495
193.9275-1.94240.02372.18590.08830.392-0.0308-0.15680.3276-0.03770.0523-0.3351-0.10380.0686-0.02160.072-0.0166-0.10340.144-0.00310.332342.188-43.7738.79
203.9327-0.05180.36593.2123-0.42520.4740.0104-0.1228-0.153-0.0765-0.00440.01480.0168-0.0731-0.00610.0337-0.004-0.09420.12550.01040.282629.198-50.7866.004
213.01720.81060.28972.1383-0.18010.92840.0102-0.02240.34890.0439-0.02820.1216-0.0876-0.0840.01790.0367-0.0034-0.08170.09420.01480.3020.505-54.1778.231
221.59661.06110.00333.55710.53241.91570.0166-0.10830.16190.09950.0201-0.0844-0.110.0667-0.03660.0335-0.0116-0.0810.13130.01690.36.433-55.9038.706
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2A44 - 70
3X-RAY DIFFRACTION3A71 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4A100 - 139
5X-RAY DIFFRACTION5A140 - 155
6X-RAY DIFFRACTION6A156 - 274
7X-RAY DIFFRACTION7A275 - 305
8X-RAY DIFFRACTION8B1 - 43
9X-RAY DIFFRACTION9B44 - 62
10X-RAY DIFFRACTION10B63 - 110
11X-RAY DIFFRACTION11B111 - 180
12X-RAY DIFFRACTION12B181 - 274
13X-RAY DIFFRACTION13B275 - 305
14X-RAY DIFFRACTION14C1 - 42
15X-RAY DIFFRACTION15C43 - 91
16X-RAY DIFFRACTION16C92 - 200
17X-RAY DIFFRACTION17C201 - 226
18X-RAY DIFFRACTION18C227 - 305
19X-RAY DIFFRACTION19D1 - 100
20X-RAY DIFFRACTION20D101 - 200
21X-RAY DIFFRACTION21D201 - 226
22X-RAY DIFFRACTION22D227 - 305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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