PDB-8cuh: Crystal structure of human TEAD2 complexed with its inhibitor TM2.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cuh

タイトル

Crystal structure of human TEAD2 complexed with its inhibitor TM2.

要素

Transcriptional enhancer factor TEF-4

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcription factor / transcription-transcription inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / regulation of stem cell differentiation / Formation of axial mesoderm / embryonic heart tube morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Liu, S. / Luo, X.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Discovery of a new class of reversible TEA-domain transcription factor inhibitors with a novel binding mode.
著者: Hu, L. / Sun, Y. / Liu, S. / Erb, H. / Singh, A. / Mao, J. / Luo, X. / Wu, X.

履歴

登録	2022年5月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cuh.cif.gz	188.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cuh.ent.gz	148.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cuh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cuh_validation.pdf.gz	832.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cuh_full_validation.pdf.gz	846.4 KB	表示
XML形式データ	8cuh_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	8cuh_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/8cuh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/8cuh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hguS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

55.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.071, 62.285, 79.914
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.70, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Transcriptional enhancer factor TEF-4 / TEA domain family member 2 / TEAD-2 分子量: 27489.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD2, TEF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15562
#2: 化合物	ChemComp-P0I / 4-[3-(2-cyclohexylethoxy)benzoyl]-N-phenylpiperazine-1-carboxamide 分子量: 435.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₃₃N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.1 M Hepes, pH 7.2, 2.4 M sodium formate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 20774 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.72 / R_pim(I) all: 0.03 / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 24.1
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 863 / CC_1/2: 0.72 / R_pim(I) all: 0.46 / R_rim(I) all: 0.82 / R_sym value: 0.68 / % possible all: 83.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HGU

5hgu

解像度: 2.4→38.925 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.71 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2346	861	4.95 %
R_work	0.1838	-	-
obs	0.1864	17402	81.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.925 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3331	0	32	30	3393

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3443
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.099	4642
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.356	2044
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	495
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	591

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.5439	0.3588	60	0.2455	1315	X-RAY DIFFRACTION	39
2.5439-2.7403	0.3288	112	0.2507	2165	X-RAY DIFFRACTION	64
2.7403-3.016	0.3108	149	0.2404	2934	X-RAY DIFFRACTION	87
3.016-3.4522	0.263	164	0.2034	3352	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4522-4.3484	0.2177	188	0.1559	3356	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3484-38.9	0.1898	188	0.1603	3419	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.594	-0.7406	-2.3408	5.1533	-2.6762	4.7576	0.1364	0.7078	-0.0459	-0.272	0.6543	1.0014	-0.1938	-0.2496	-0.7237	0.3485	0.0463	0.0187	0.5479	0.0212	0.4601	-17.9408	19.561	90.4803
2	3.5157	0.8975	-4.1269	2.1304	-2.3811	9.8068	0.2776	-0.4814	0.3252	0.3178	0.203	0.4015	-0.3065	0.5641	-0.4	0.19	0.0571	0.025	0.1868	-0.0225	0.3658	-12.2886	17.8112	91.8184
3	6.3469	1.6428	2.8482	2.775	-0.0655	5.129	0.333	-0.7358	-0.642	0.3143	-0.1075	-0.266	0.8493	-0.0574	-0.2347	0.2987	0.0187	-0.0135	0.3139	-0.0065	0.1683	-6.4673	-14.2426	98.7088
4	6.1154	0.9081	-0.5447	3.3557	0.5051	4.1001	0.1542	-0.611	-0.7974	0.5133	-0.2396	0.4077	1.6031	-0.8965	0.0632	0.5068	-0.1023	0.0886	0.2693	-0.005	0.2375	-17.3276	-18.9168	92.0832
5	3.7509	-0.3868	-0.1682	3.0225	-0.0212	4.8366	-0.2445	0.3788	0.6162	-0.5528	-0.0017	-0.285	-0.4654	1.0746	0.2007	0.3172	-0.0567	-0.0501	0.3078	0.0408	0.2926	2.0066	-8.7971	87.4529
6	5.2575	0.3276	5.2242	0.6039	0.3713	8.3918	0.0149	-0.8707	-0.2092	0.3325	0.2704	-0.1014	-0.2328	-0.4219	-0.2678	0.4252	-0.0035	-0.0324	0.427	-0.0976	0.1524	-11.4644	-8.5133	101.5091
7	2.2241	0.4676	0.9354	3.1461	1.1615	2.2105	-0.4391	-0.4072	0.1775	-0.2666	0.2621	0.2083	-0.0798	0.1549	-0.0263	0.5105	0.1862	-0.1008	0.2334	0.0211	0.2939	-7.553	-0.4013	90.3636
8	3.974	0.393	4.2176	0.548	0.2673	9.0781	-0.1041	-1.2763	-0.2822	0.1222	-0.02	-0.1026	0.2222	-1.0085	0.1546	0.2995	0.1005	0.083	0.7038	-0.0117	0.2872	-14.2375	-8.2403	104.4096
9	5.7331	0.6003	-1.0369	2.2482	6.7388	2.422	-0.0325	0.8483	0.1186	-0.7755	-0.0397	1.0459	-0.5429	-1.2254	0.306	0.384	0.008	-0.0027	0.3883	0.0589	0.213	-16.9857	-10.3137	75.9789
10	3.5489	1.0543	2.4515	3.8298	2.6331	10.0537	-0.0282	-0.1508	-0.006	0.007	0.0994	-0.3609	0.0872	0.1119	-0.0759	0.1725	0.0426	-0.0089	0.0945	0.0144	0.2015	-4.2579	-8.6241	87.1918
11	7.2005	3.76	0.6534	6.6101	1.3177	4.0577	-0.1432	0.4101	-1.2189	-0.2862	0.5952	-0.4024	0.5239	0.364	-0.3624	0.5429	0.1025	0.0147	0.1575	-0.0296	0.297	-2.928	-20.7666	87.4699
12	2.0002	1.9995	1.9998	1.9997	2.0001	2.0004	-0.2197	-0.3968	1.8604	0.1467	-3.1636	1.9521	1.8679	-1.5195	3.3469	0.1496	1.0375	-1.242	1.069	0.0361	0.2963	18.6888	-9.2219	91.2701

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 222 through 293 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 294 through 446 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 219 through 238 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 239 through 267 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 268 through 325 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 326 through 339 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 340 through 362 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 363 through 380 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 381 through 395 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 396 through 430 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 431 through 446 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 447 through 447 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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