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- PDB-8crl: Crystal structure of LplA1 in complex with the inhibitor C3 (List... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8crl
タイトルCrystal structure of LplA1 in complex with the inhibitor C3 (Listeria monocytogenes)
要素lipoate--protein ligase
キーワードLIGASE / LIPOATE / SALVAGE / ANTI-INFECTIVES / DRUG DEVELOPMENT / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoyltransferase activity / lipoate-protein ligase activity / lipoate-protein ligase / protein modification process / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lipoate protein ligase, C-terminal / Bacterial lipoate protein ligase C-terminus / Lipoyltransferase/lipoate-protein ligase / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) catalytic domain profile. / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VK9 / lipoate--protein ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Dienemann, J.-N. / Chen, S.-Y. / Hitzenberger, M. / Sievert, M.L. / Hacker, S.M. / Prigge, S.T. / Zacharias, M. / Groll, M. / Sieber, S.A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: A Chemical Proteomic Strategy Reveals Inhibitors of Lipoate Salvage in Bacteria and Parasites.
著者: Dienemann, J.N. / Chen, S.Y. / Hitzenberger, M. / Sievert, M.L. / Hacker, S.M. / Prigge, S.T. / Zacharias, M. / Groll, M. / Sieber, S.A.
履歴
登録2023年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _pdbx_initial_refinement_model.type / _refine.pdbx_starting_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: lipoate--protein ligase
B: lipoate--protein ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4658
ポリマ－76,8392
非ポリマー6266
水37821
1
A: lipoate--protein ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0457
ポリマ－38,4191
非ポリマー6266
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: lipoate--protein ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4191
ポリマ－38,4191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.320, 74.270, 92.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 lipoate--protein ligase


分子量: 38419.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: AF817_03905, AF817_17765, APD94_04200, APD94_16795, D4271_05835, D4271_17085, D4C60_07100, D4C60_17245, D4D89_06525, D4D89_17125, D4U23_01750, D4U23_16900, E0I39_06590, E0I39_16500, E1V33_ ...遺伝子: AF817_03905, AF817_17765, APD94_04200, APD94_16795, D4271_05835, D4271_17085, D4C60_07100, D4C60_17245, D4D89_06525, D4D89_17125, D4U23_01750, D4U23_16900, E0I39_06590, E0I39_16500, E1V33_06915, E1W43_02450, E1W43_16025, FJU19_06430, FJU19_16220, FORC68_0962, G3R95_001339, G3R95_003435, GON91_05790, GT011_03885, GT011_16715, GXB45_04655, GXB45_16710, GYP27_11270, GYP27_15895, GYU24_04270, GYU24_17075
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D2IX29, lipoate-protein ligase

-
非ポリマー , 5種, 27分子

#2: 化合物 ChemComp-VK9 / ~{N}-[3-[2-(6-aminopurin-9-yl)ethanoylamino]propyl]-5-[(3~{R})-1,2-dithiolan-3-yl]pentanamide


分子量: 437.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H27N7O2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS, 0.2 M CaCl2, 25% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 23850 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.673 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2622 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8CRI

8cri


解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 36.348 / SU ML: 0.313 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.332 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27321 1192 5 %RANDOM
Rwork0.23497 ---
obs0.23687 22646 96.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.491 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.5 Å20 Å2-9.11 Å2
2---2.72 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4604 0 37 21 4662
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0134724
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0164496
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2911.6476381
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2321.59810336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8625560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.18623.852270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.5715840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3231523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021098
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5635.5272255
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5615.5272254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.238.282810
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.238.282811
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4265.7212469
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4265.7222470
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0698.5113572
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 90 -
Rwork0.37 1704 -
obs--98.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.10990.03450.08820.4860.23490.34840.0186-0.00970.00950.0007-0.02550.0208-0.0017-0.03070.00690.0151-00.02880.06240.00440.065918.9186-16.21182.1246
20.0969-0.18420.15050.3764-0.35940.58070.00880.00650.0137-0.0184-0.0176-0.00240.06580.0610.00880.0257-0.00540.01840.04280.00540.04411.1271-19.032939.2949
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|-1-331 }A-1 - 331
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|1-331 }B1 - 331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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