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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cn5 | ||||||
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タイトル | Pa.FabF-C164Q in complex with propan-2-yl 1~{H}-pyrazole-3-carboxylate | ||||||
要素 | 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / inhibitor / FabF / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å | ||||||
データ登録者 | Georgiou, C. / Brenk, R. | ||||||
資金援助 | ノルウェー, 1件
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引用 | ジャーナル: Chemrxiv / 年: 2023 タイトル: New starting points for antibiotics targeting P. aeruginosa FabF discovered by crystallographic fragment screening followed by hit expansion 著者: Georgiou, C. / Espeland, L.O. / Bukya, H. / Yadrykhinsky, V. / Haug, B.E. / Mainkar, P. / Brenk, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cn5.cif.gz | 176 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cn5.ent.gz | 136.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cn5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8cn5_validation.pdf.gz | 916.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8cn5_full_validation.pdf.gz | 914.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8cn5_validation.xml.gz | 33.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8cn5_validation.cif.gz | 49.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/8cn5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/8cn5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8cn2C 8cn4C 8cn7C 8cn8C 8cneC 8cngC 8couC 8covC 8pd1C 8pfzC 8qerC 8qm1C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43322.715 Da / 分子数: 2 / 変異: C164Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: fabF1, PA2965 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: G3XDA2, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II #2: 化合物 | ChemComp-DMS / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.51 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.20M ammonium formate and 31.2% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87313 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.932→51.511 Å / Num. obs: 57577 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.977 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 1.932→1.965 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2807 / CC1/2: 0.806 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→51.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.708 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.224 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.93→51.56 Å
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拘束条件 |
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