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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cn4 | ||||||
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タイトル | Pa.FabF-C164Q in complex with 5-acetamido-2-chlorobenzoic acid | ||||||
要素 | 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / inhibitor / FabF / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å | ||||||
データ登録者 | Georgiou, C. / Brenk, R. | ||||||
資金援助 | ノルウェー, 1件
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引用 | ジャーナル: Chemrxiv / 年: 2023 タイトル: New starting points for antibiotics targeting P. aeruginosa FabF discovered by crystallographic fragment screening followed by hit expansion 著者: Georgiou, C. / Espeland, L.O. / Bukya, H. / Yadrykhinsky, V. / Haug, B.E. / Mainkar, P. / Brenk, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cn4.cif.gz | 178.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cn4.ent.gz | 138.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cn4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/8cn4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/8cn4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8cn2C 8cn5C 8cn7C 8cn8C 8cneC 8cngC 8couC 8covC 8pd1C 8pfzC 8qerC 8qm1C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 413 / Label seq-ID: 1 - 412
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 43322.715 Da / 分子数: 2 / 変異: C164Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: fabF1, PA2965 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: G3XDA2, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II |
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-非ポリマー , 5種, 525分子
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-DMS / #5: 化合物 | ChemComp-V5R / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.20M ammonium formate and 31.2% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.984 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.984 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.668→71.981 Å / Num. obs: 86444 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.362 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.668→1.697 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 1.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3195 / CC1/2: 0.612 / % possible all: 71.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.67→71.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.089 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.336 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.67→71.98 Å
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拘束条件 |
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