PDB-8chm: Human FKBP12 in complex with (1S,5S,6R)-10-((S)-(3,5-dichlorophen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8chm

タイトル

Human FKBP12 in complex with (1S,5S,6R)-10-((S)-(3,5-dichlorophenyl)sulfinyl)-3-(pyridin-2-ylmethyl)-5-vinyl-3,10-diazabicyclo[4.3.1]decan-2-one

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

キーワード

ISOMERASE / FKBP12 / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

macrolide binding / activin receptor binding / cytoplasmic side of membrane / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / signaling receptor inhibitor activity / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.12 Å

データ登録者

Meyners, C. / Purder, P.L. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Jacs Au / 年: 2023
タイトル: Deconstructing Protein Binding of Sulfonamides and Sulfonamide Analogues.
著者: Purder, P.L. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Kolos, J. / Lohr, F. / Gebel, J. / Nehls, T. / Dotsch, V. / Lermyte, F. / Hausch, F.

履歴

登録	2023年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8chm.cif.gz	139.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8chm.ent.gz	81.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8chm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8chm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8chm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8chiC 8chjC 8chkC 8chlC 8chnC 8chpC 8chqC 8chrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (2)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

ヘテロ分子

12.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.592, 40.081, 91.212
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A / PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / 12 kDa FKBP / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding ...PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / 12 kDa FKBP / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding protein 1A / FKBP-1A / Immunophilin FKBP12 / Rotamase 分子量: 11832.496 Da / 分子数: 1 / 変異: C22V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1A, FKBP1, FKBP12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62942, peptidylprolyl isomerase

#1: タンパク質

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A / PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / 12 kDa FKBP / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding ...

分子量: 11832.496 Da / 分子数: 1 / 変異: C22V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1A, FKBP1, FKBP12 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62942, peptidylprolyl isomerase

-
非ポリマー , 6種, 225分子

#2: 化合物	ChemComp-UT6 / (1~{S},5~{S},6~{R})-10-[3,5-bis(chloranyl)phenyl]sulfinyl-5-ethenyl-3-(pyridin-2-ylmethyl)-3,10-diazabicyclo[4.3.1]decan-2-one 分子量: 464.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₃Cl₂N₃O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.1 M ammonium sulfate, 0.2 M cadmium chloride, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.12→45.648 Å / Num. obs: 50936 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.026 / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 30.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
6.13-45.61	6.1	0.029	382	0.999	0.017	0.034
1.12-1.14	7.2	0.096	2476	0.996	0.056	0.111

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.12→45.648 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 0.556 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.025 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1455	2537	4.988 %
R_work	0.13	48329	-
all	0.131	-	-
obs	-	50866	99.626 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.321 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.555 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.7 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.855 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.12→45.648 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	814	0	47	214	1075

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.012	898
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.016	824
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.878	1.707	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.864	1.619	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.059	5	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.006	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.306	10	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.161	10	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.165	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	2.231	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	201
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	753
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	435
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	452
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.275	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.154	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.253	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.176	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.335	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.099	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.687	0.971	445
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.687	0.971	444
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.873	1.755	558
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.872	1.754	559
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.337	1.171	453
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.329	1.169	450
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.659	2.053	667
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.645	2.045	662
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.808	14.681	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.107	11.038	978
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.011	3	1722

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.12-1.149	0.118	180	0.1	3520	0.101	3730	0.989	0.993	99.1957	0.09
1.149-1.181	0.109	173	0.096	3409	0.097	3607	0.992	0.994	99.3069	0.088
1.181-1.215	0.121	171	0.094	3360	0.095	3551	0.991	0.994	99.4368	0.086
1.215-1.252	0.115	184	0.092	3209	0.093	3412	0.991	0.995	99.4431	0.086
1.252-1.293	0.114	152	0.092	3159	0.093	3332	0.992	0.995	99.3697	0.087
1.293-1.339	0.116	153	0.092	3068	0.093	3225	0.993	0.995	99.876	0.088
1.339-1.389	0.116	159	0.096	2940	0.097	3104	0.993	0.994	99.8389	0.093
1.389-1.446	0.109	152	0.093	2842	0.094	3008	0.994	0.995	99.5346	0.093
1.446-1.51	0.114	140	0.096	2739	0.096	2885	0.992	0.994	99.792	0.099
1.51-1.583	0.107	145	0.098	2618	0.099	2766	0.993	0.994	99.8915	0.103
1.583-1.669	0.119	143	0.102	2485	0.103	2635	0.991	0.993	99.7343	0.113
1.669-1.77	0.112	118	0.106	2362	0.107	2483	0.992	0.993	99.8792	0.12
1.77-1.892	0.136	110	0.118	2249	0.119	2365	0.989	0.991	99.7463	0.138
1.892-2.043	0.12	103	0.126	2102	0.125	2209	0.991	0.991	99.8189	0.151
2.043-2.238	0.159	111	0.134	1926	0.135	2041	0.985	0.989	99.804	0.164
2.238-2.501	0.151	99	0.144	1746	0.144	1847	0.984	0.987	99.8917	0.184
2.501-2.887	0.17	82	0.159	1552	0.16	1639	0.981	0.984	99.6949	0.207
2.887-3.532	0.224	64	0.178	1355	0.18	1424	0.966	0.98	99.6489	0.23
3.532-4.98	0.176	66	0.155	1052	0.156	1121	0.981	0.985	99.7324	0.209
4.98-45.648	0.193	32	0.214	636	0.213	673	0.984	0.968	99.2571	0.324

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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