PDB-8chl: Human FKBP12 in complex with (1S,5S,6R)-9-((3,5-dichlorophenyl)su...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8chl

タイトル

Human FKBP12 in complex with (1S,5S,6R)-9-((3,5-dichlorophenyl)sulfonyl)-3-(pyridin-2-ylmethyl)-5-vinyl-3,9-diazabicyclo[4.2.1]nonan-2-one

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

キーワード

ISOMERASE / FKBP12 / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

macrolide binding / activin receptor binding / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / cytoplasmic side of membrane / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / I-SMAD binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Meyners, C. / Purder, P.L. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Jacs Au / 年: 2023
タイトル: Deconstructing Protein Binding of Sulfonamides and Sulfonamide Analogues.
著者: Purder, P.L. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Kolos, J. / Lohr, F. / Gebel, J. / Nehls, T. / Dotsch, V. / Lermyte, F. / Hausch, F.

履歴

登録	2023年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8chl.cif.gz	234.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8chl.ent.gz	143.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8chl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8chl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8chl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8chiC 8chjC 8chkC 8chmC 8chnC 8chpC 8chqC 8chrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (2)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

ヘテロ分子

26.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.582, 70.582, 84.263
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 107 / Label seq-ID: 1 - 107

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A / PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / 12 kDa FKBP / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding ...PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / 12 kDa FKBP / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding protein 1A / FKBP-1A / Immunophilin FKBP12 / Rotamase 分子量: 11832.496 Da / 分子数: 2 / 変異: C22V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1A, FKBP1, FKBP12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62942, peptidylprolyl isomerase

#1: タンパク質

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A / PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / 12 kDa FKBP / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding ...

分子量: 11832.496 Da / 分子数: 2 / 変異: C22V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1A, FKBP1, FKBP12 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62942, peptidylprolyl isomerase

-
非ポリマー , 6種, 217分子

#2: 化合物	ChemComp-USV / (1~{S},5~{S},6~{R})-10-[3,5-bis(chloranyl)phenyl]sulfonyl-5-ethenyl-3-(pyridin-2-ylmethyl)-3,10-diazabicyclo[4.3.1]decan-2-one 分子量: 480.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₃Cl₂N₃O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M cadmium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→42.13 Å / Num. obs: 46787 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 13.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
7.67-42.13	10.1	0.028	307	0.998	0.013	0.031
1.4-1.42	3.6	1.518	2277	0.313	1.052	1.862

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→35.316 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 2.525 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.064 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2128	2257	4.829 %
R_work	0.1876	44484	-
all	0.189	-	-
obs	-	46741	99.772 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.121 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.011 Å²	-0.006 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.011 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.036 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→35.316 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1610	0	112	200	1922

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.016	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.743	1.708	2438
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.887	1.618	3829
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.707	5	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.444	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.575	10	267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.583	10	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.155	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	2.192	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	384
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	1545
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	879
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	957
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.093	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.178	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.316	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.16	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.698	1.377	880
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.698	1.378	879
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.673	2.474	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.672	2.473	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.573	1.558	913
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.539	1.536	902
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.616	2.75	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.568	2.708	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.207	18.003	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.021	16.156	1951
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.122	0.05	3081

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12224	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12224	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.4-1.436	0.347	172	0.315	3241	0.317	3486	0.905	0.923	97.9059	0.315
1.436-1.476	0.339	170	0.304	3147	0.306	3332	0.909	0.927	99.5498	0.305
1.476-1.518	0.255	164	0.264	3109	0.264	3277	0.954	0.948	99.8779	0.263
1.518-1.565	0.267	164	0.25	3032	0.251	3204	0.952	0.957	99.7503	0.245
1.565-1.616	0.252	141	0.228	2922	0.229	3066	0.957	0.965	99.9022	0.218
1.616-1.673	0.229	130	0.207	2829	0.208	2960	0.967	0.971	99.9662	0.191
1.673-1.736	0.23	126	0.201	2752	0.203	2878	0.966	0.974	100	0.181
1.736-1.806	0.204	139	0.186	2648	0.187	2787	0.972	0.978	100	0.164
1.806-1.887	0.189	133	0.174	2501	0.175	2634	0.976	0.981	100	0.155
1.887-1.978	0.177	126	0.162	2407	0.163	2533	0.981	0.984	100	0.146
1.978-2.085	0.162	116	0.154	2318	0.154	2435	0.983	0.986	99.9589	0.141
2.085-2.211	0.191	119	0.159	2173	0.161	2292	0.977	0.984	100	0.147
2.211-2.363	0.177	97	0.157	2051	0.158	2148	0.981	0.985	100	0.146
2.363-2.551	0.196	99	0.171	1911	0.172	2010	0.976	0.982	100	0.16
2.551-2.793	0.199	72	0.185	1766	0.186	1838	0.975	0.979	100	0.177
2.793-3.121	0.218	73	0.188	1598	0.189	1671	0.969	0.978	100	0.185
3.121-3.599	0.199	91	0.168	1396	0.17	1487	0.976	0.983	100	0.175
3.599-4.396	0.198	53	0.157	1212	0.158	1265	0.977	0.985	100	0.171
4.396-6.17	0.224	40	0.187	932	0.188	972	0.973	0.98	100	0.204
6.17-35.316	0.26	32	0.234	539	0.236	571	0.944	0.964	100	0.256

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3652	-0.2226	0.2236	0.156	-0.0633	0.4397	0.0022	-0.0085	-0.022	-0.0002	0.0107	0.0092	-0.007	-0.0121	-0.0129	0.0026	0.0056	-0.0046	0.018	-0.0055	0.0125	-10.0525	-28.1388	-1.6821
2	1.0087	-0.28	-0.2951	0.3561	0.1964	0.1379	0.0202	-0.0682	0.0541	0.0236	-0.0013	-0.0246	0.0147	0.0176	-0.0188	0.0188	0.0095	-0.0018	0.0208	-0.008	0.007	-16.735	-38.327	-20.6109

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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