PDB-8chi: Human FKBP12 in complex with (1S,5S,6R)-10-((S)-3,5-dichloro-N-me...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8chi

タイトル

Human FKBP12 in complex with (1S,5S,6R)-10-((S)-3,5-dichloro-N-methylphenylsulfonimidoyl)-3-(pyridin-2-ylmethyl)-5-vinyl-3,10-diazabicyclo[4.3.1]decan-2-one

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

キーワード

ISOMERASE / FKBP12 / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

signaling receptor inhibitor activity / macrolide binding / activin receptor binding / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / cytoplasmic side of membrane / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Meyners, C. / Purder, P.L. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Jacs Au / 年: 2023
タイトル: Deconstructing Protein Binding of Sulfonamides and Sulfonamide Analogues.
著者: Purder, P.L. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Kolos, J. / Lohr, F. / Gebel, J. / Nehls, T. / Dotsch, V. / Lermyte, F. / Hausch, F.

履歴

登録	2023年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8chi.cif.gz	106 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8chi.ent.gz	78.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8chi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8chi_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8chi_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8chi_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	8chi_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8chi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8chi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8chjC 8chkC 8chlC 8chmC 8chnC 8chpC 8chqC 8chrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (2)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

ヘテロ分子

24.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.361, 69.361, 129.848
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 107 / Label seq-ID: 1 - 107

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A / PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / 12 kDa FKBP / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding ...PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / 12 kDa FKBP / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding protein 1A / FKBP-1A / Immunophilin FKBP12 / Rotamase 分子量: 11832.496 Da / 分子数: 2 / 変異: C22V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1A, FKBP1, FKBP12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62942, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-UMR / (1S,5S,6R)-10-[S-[3,5-bis(chloranyl)phenyl]-N-methyl-sulfonimidoyl]-5-ethenyl-3-(pyridin-2-ylmethyl)-3,10-diazabicyclo[4.3.1]decan-2-one 分子量: 493.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₆Cl₂N₄O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.4M Na/K tartrate, 0.2 M ammonium citrate, 0.1M MES pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→47.444 Å / Num. obs: 35735 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 22.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9-47.4	17.1	0.03	314	1	0.009	0.031
1.7-1.73	27.2	1.776	1854	0.732	0.488	1.842

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→47.444 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 1.819 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2144	1703	4.776 %
R_work	0.178	33953	-
all	0.18	-	-
obs	-	35656	99.978 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.329 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.107 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.107 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.214 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.444 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1628	0	68	253	1949

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	1790
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.016	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.799	1.713	2438
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.824	1.625	3839
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.295	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.431	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.511	10	279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.543	10	73
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.139	0.2	263
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.979	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2107
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	411
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	277
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	863
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	930
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.094	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.214	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.118	2.238	885
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.119	2.238	884
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.992	4.015	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.991	4.014	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.286	2.494	905
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.288	2.498	906
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.589	4.421	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.587	4.424	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.91	29.158	2027
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.78	26.022	1950
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.137	0.05	3088

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13725	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13725	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.247	115	0.234	2466	0.235	2581	0.961	0.962	100	0.222
1.744-1.792	0.264	111	0.215	2392	0.217	2503	0.953	0.968	100	0.196
1.792-1.844	0.259	108	0.202	2357	0.205	2465	0.952	0.972	100	0.181
1.844-1.9	0.236	113	0.206	2259	0.208	2372	0.968	0.972	100	0.18
1.9-1.963	0.21	114	0.185	2229	0.186	2343	0.967	0.977	100	0.162
1.963-2.031	0.238	118	0.185	2098	0.188	2216	0.963	0.977	100	0.161
2.031-2.108	0.224	112	0.175	2065	0.178	2177	0.968	0.979	100	0.152
2.108-2.194	0.222	104	0.177	1984	0.179	2088	0.969	0.98	100	0.154
2.194-2.291	0.184	101	0.161	1911	0.162	2012	0.98	0.983	100	0.14
2.291-2.403	0.21	78	0.183	1859	0.184	1937	0.971	0.979	100	0.16
2.403-2.532	0.238	87	0.181	1739	0.184	1826	0.961	0.98	100	0.158
2.532-2.685	0.209	82	0.181	1668	0.182	1750	0.973	0.979	100	0.158
2.685-2.87	0.252	76	0.189	1574	0.192	1650	0.955	0.976	100	0.171
2.87-3.099	0.183	74	0.184	1458	0.184	1532	0.975	0.978	100	0.171
3.099-3.394	0.199	63	0.177	1374	0.178	1437	0.977	0.982	100	0.169
3.394-3.792	0.232	65	0.168	1242	0.171	1307	0.968	0.983	100	0.166
3.792-4.374	0.176	61	0.147	1095	0.148	1156	0.988	0.987	100	0.15
4.374-5.345	0.17	47	0.147	961	0.148	1008	0.985	0.988	100	0.157
5.345-7.512	0.194	42	0.182	759	0.183	801	0.973	0.98	100	0.186
7.512-47.444	0.311	32	0.227	463	0.232	501	0.943	0.966	98.8024	0.242

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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