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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cgp | ||||||
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タイトル | Insulin regulated aminopeptidase (IRAP) in complex with an allosteric aryl sulfonamide inhibitor | ||||||
要素 | Leucyl-cystinyl aminopeptidase, pregnancy serum form | ||||||
キーワード | HYDROLASE / insulin-regulated aminopeptidase / allosteric inhibitor / aryl sulfonamides / antigen presentation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cystinyl aminopeptidase / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-independent / negative regulation of cold-induced thermogenesis / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / early endosome lumen / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / female pregnancy / Endosomal/Vacuolar pathway ...cystinyl aminopeptidase / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-independent / negative regulation of cold-induced thermogenesis / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / early endosome lumen / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / female pregnancy / Endosomal/Vacuolar pathway / peptide binding / protein catabolic process / cytoplasmic vesicle membrane / regulation of blood pressure / protein polyubiquitination / metallopeptidase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cell-cell signaling / lysosomal membrane / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å | ||||||
データ登録者 | Mpakali, A. / Stratikos, E. / Giastas, P. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024 タイトル: Mechanisms of Allosteric Inhibition of Insulin-Regulated Aminopeptidase. 著者: Mpakali, A. / Barla, I. / Lu, L. / Ramesh, K.M. / Thomaidis, N. / Stern, L.J. / Giastas, P. / Stratikos, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cgp.cif.gz | 789.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cgp.ent.gz | 619.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cgp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8cgp_validation.pdf.gz | 6.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8cgp_full_validation.pdf.gz | 6.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8cgp_validation.xml.gz | 66.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8cgp_validation.cif.gz | 93 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/8cgp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/8cgp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8cgwC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 100398.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LNPEP, OTASE / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UIQ6, cystinyl aminopeptidase |
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-糖 , 8種, 26分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||||||||||
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#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #7: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #8: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #9: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 6種, 224分子
#10: 化合物 | #11: 化合物 | #12: 化合物 | #13: 化合物 | #14: 化合物 | ChemComp-EDO / #15: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.25 % |
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結晶化 | 温度: 278.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1M MMT (Malic acid, MES, Tris) 25% w/v PEG 1500 20% EG |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→45.79 Å / Num. obs: 65118 / % possible obs: 90.11 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 43.96 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.08501 / Rpim(I) all: 0.08501 / Rrim(I) all: 0.1202 / Net I/σ(I): 7.95 |
反射 シェル | 解像度: 2.62→2.72 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3597 / CC1/2: 0.445 / % possible all: 54.33 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.62→45.79 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 46.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.62→45.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.62→2.72 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -0.16298840118 Å / Origin y: -24.4731330002 Å / Origin z: 37.7414181419 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |