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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cb6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human lysosomal acid-alpha-glucosidase, GAA, in covalent complex with TAMRA tagged 1,6-Epi-cylcophellitol aziridine activity based probe | ||||||
![]() | (Lysosomal alpha-glucosidase ...) x 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Gaa / Pompe disease / activity based probe | ||||||
機能・相同性 | ![]() vacuolar sequestering / autolysosome lumen / maltose metabolic process / alpha-1,4-glucosidase activity / sucrose metabolic process / Glycogen storage disease type II (GAA) / alpha-glucosidase activity / alpha-glucosidase / glycophagy / diaphragm contraction ...vacuolar sequestering / autolysosome lumen / maltose metabolic process / alpha-1,4-glucosidase activity / sucrose metabolic process / Glycogen storage disease type II (GAA) / alpha-glucosidase activity / alpha-glucosidase / glycophagy / diaphragm contraction / neuromuscular process controlling posture / : / tissue development / regulation of the force of heart contraction / glycogen catabolic process / aorta development / azurophil granule membrane / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / muscle cell cellular homeostasis / lysosome organization / tertiary granule membrane / neuromuscular process controlling balance / ficolin-1-rich granule membrane / heart morphogenesis / cardiac muscle contraction / lysosomal lumen / locomotory behavior / glucose metabolic process / carbohydrate binding / lysosome / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sulzenbacher, G. / Roig-Zamboni, V. / Overkleeft, H. / Artola, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Fluorescence polarisation activity-based protein profiling for the identification of deoxynojirimycin-type inhibitors selective for lysosomal retaining alpha- and beta-glucosidases. 著者: van der Gracht, D. / Rowland, R.J. / Roig-Zamboni, V. / Ferraz, M.J. / Louwerse, M. / Geurink, P.P. / Aerts, J.M.F.G. / Sulzenbacher, G. / Davies, G.J. / Overkleeft, H.S. / Artola, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 211.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 159.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7nwvC ![]() 8cb1C ![]() 5nn3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Lysosomal alpha-glucosidase ... , 2種, 2分子 FA
#1: タンパク質 | 分子量: 14095.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: FULL-LENGTH RHGAA HAS BEEN TREATED WITH CHYMOTRYPSIN, LEADING TO A SAMPLE STARTING AT RESIDUE GLN81. MISSING SURFACE LOOPS HAVE EQUALLY BEEN REMOVED BY PROTEOLYTIC CLEAVAGE. 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P10253 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 82901.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: FULL-LENGTH RHGAA HAS BEEN TREATED WITH CHYMOTRYPSIN, LEADING TO A SAMPLE STARTING AT RESIDUE GLN81. MISSING SURFACE LOOPS HAVE EQUALLY BEEN REMOVED BY PROTEOLYTIC CLEAVAGE. 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P10253 |
-糖 , 4種, 5分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
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#4: 多糖 | #5: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #10: 糖 | ChemComp-NAG / | |
-非ポリマー , 7種, 642分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/U54.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/U54.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 化合物 | ChemComp-EDO / #8: 化合物 | ChemComp-GOL / #9: 化合物 | ChemComp-U54 / ( | #11: 化合物 | ChemComp-SO4 / #12: 化合物 | ChemComp-PGE / | #13: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.9 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M HEPES, 2% V/V PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.980112 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→48.67 Å / Num. obs: 103337 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.135 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 1418173 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 1.675 / Num. measured all: 70368 / Num. unique obs: 5053 / CC1/2: 0.695 / Rpim(I) all: 0.465 / Rrim(I) all: 1.739 / Χ2: 1.08 / Net I/σ(I) obs: 1.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5NN3 解像度: 1.9→48.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.413 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.148 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→48.67 Å
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拘束条件 |
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