[日本語] English
万見
- PDB-8cap: Crystal structure of dehydrogenase domain of Cylindrospermum stag... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cap
タイトルCrystal structure of dehydrogenase domain of Cylindrospermum stagnale NADPH-Oxidase 5 (NOX5) in complex with CB28
要素Putative ferric reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ROS / inhibitor / redox biology
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / NADPH oxidase complex / superoxide anion generation / defense response / nucleotide binding / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferric reductase, NAD binding domain / Ferric reductase NAD binding domain / FAD-binding 8 / FAD-binding domain / Ferric reductase transmembrane component-like domain / Ferric reductase like transmembrane component / EF-hand domain pair / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. ...Ferric reductase, NAD binding domain / Ferric reductase NAD binding domain / FAD-binding 8 / FAD-binding domain / Ferric reductase transmembrane component-like domain / Ferric reductase like transmembrane component / EF-hand domain pair / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-U4O / Putative ferric reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Cylindrospermum stagnale (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Reis, J. / Mattevi, A.
資金援助 イタリア, 2件
組織認可番号国
Italian Association for Cancer ResearchIG19808 イタリア
Italian Association for Cancer Research800924 イタリア
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Targeting ROS production through inhibition of NADPH oxidases.
著者: Reis, J. / Gorgulla, C. / Massari, M. / Marchese, S. / Valente, S. / Noce, B. / Basile, L. / Torner, R. / Cox 3rd, H. / Viennet, T. / Yang, M.H. / Ronan, M.M. / Rees, M.G. / Roth, J.A. / ...著者: Reis, J. / Gorgulla, C. / Massari, M. / Marchese, S. / Valente, S. / Noce, B. / Basile, L. / Torner, R. / Cox 3rd, H. / Viennet, T. / Yang, M.H. / Ronan, M.M. / Rees, M.G. / Roth, J.A. / Capasso, L. / Nebbioso, A. / Altucci, L. / Mai, A. / Arthanari, H. / Mattevi, A.
履歴
登録2023年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative ferric reductase
B: Putative ferric reductase
C: Putative ferric reductase
E: Putative ferric reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,98012
ポリマ－128,9244
非ポリマー5,0568
水00
1
A: Putative ferric reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4953
ポリマ－32,2311
非ポリマー1,2642
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative ferric reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4953
ポリマ－32,2311
非ポリマー1,2642
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putative ferric reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4953
ポリマ－32,2311
非ポリマー1,2642
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
E: Putative ferric reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4953
ポリマ－32,2311
非ポリマー1,2642
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.835, 88.222, 98.047
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA413 - 801
211chain BB413 - 901
311chain CC413 - 901
411chain EE413 - 901

-
要素

#1: タンパク質
Putative ferric reductase


分子量: 32230.916 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cylindrospermum stagnale (バクテリア)
遺伝子: Cylst_1289 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: K9WT99
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-U4O / [4-[[(4~{E})-4-(furan-2-ylmethylidene)-2,3-dihydro-1~{H}-acridin-9-yl]carbonyl]piperazin-1-yl]-pyridin-2-yl-methanone


分子量: 478.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H26N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: Hepes 0.1 mM pH 7.5, 0.3 M sodium nitrate, 0.3 M disodium hydrogen phosphate, 0.3 M ammonium sulfate, 20% (v/v) glycerol, 10% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.024 Å / Num. obs: 24161 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.254 / Rpim(I) all: 0.124 / Rrim(I) all: 0.284 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3-3.182.71.631915134220.251.1582.0110.685.4
9-49.0250.0647579590.9970.0290.06717.398.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→49.024 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2955 1169 4.86 %
Rwork0.2389 22897 -
obs0.2416 24066 96.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 143.82 Å2 / Biso mean: 72.1108 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→49.024 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7818 0 356 0 8174
Biso mean--72.84 --
残基数----976
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2352X-RAY DIFFRACTION5.249TORSIONAL
12B2352X-RAY DIFFRACTION5.249TORSIONAL
13C2352X-RAY DIFFRACTION5.249TORSIONAL
14E2352X-RAY DIFFRACTION5.249TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3-3.13660.4671260.389250184
3.1366-3.30190.34811150.3181259687
3.3019-3.50870.32841770.27082929100
3.5087-3.77950.3231540.25042945100
3.7795-4.15970.31031620.23982944100
4.1597-4.76120.25111440.2092297199
4.7612-5.99690.28541350.2213012100
5.9969-49.0240.25951560.213299998

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る