PDB-8c72: Pyrrolidine fragment 10b bound to endothiapepsin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c72

タイトル

Pyrrolidine fragment 10b bound to endothiapepsin

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / Fragment / Complex / Screening / Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Wiese, J.N. / Buehrmann, M. / Mueller, M.P. / Rauh, D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Fragtory: Pharmacophore-Focused Design, Synthesis, and Evaluation of an sp 3 -Enriched Fragment Library.
著者: Buhrmann, M. / Kallepu, S. / Warmuth, J.D. / Wiese, J.N. / Ehrt, C. / Vatheuer, H. / Hiller, W. / Seitz, C. / Levy, L. / Czodrowski, P. / Sievers, S. / Muller, M.P. / Rauh, D.

履歴

登録	2023年1月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c72.cif.gz	180.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c72.ent.gz	126.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c72.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/8c72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/8c72	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8c6pC 8c6qC 8c6sC 8c6tC 8c70C 8c71C 8c74C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

43.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.400, 73.880, 53.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.080, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 43278.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-TW0 / (3~{S},4~{S})-4-(4-pyridin-2-yl-1,2,3-triazol-1-yl)piperidin-3-ol 分子量: 245.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₅N₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 0.1 M ammonium acetate, 24 - 30 % PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→42.64 Å / Num. obs: 102507 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.22 % / B_iso Wilson estimate: 10.98 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 36.79
反射シェル	解像度: 1.2→1.3 Å / Num. unique obs: 21772 / CC_1/2: 0.99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.2→42.64 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 9.4823
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1273	5126	5 %
R_work	0.1114	97381	-
obs	0.1122	102507	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→42.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2385	0	42	565	2992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2657
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0664	3679
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0932	442
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	469
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.5773	907

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.21	0.1197	166	0.0851	3154	X-RAY DIFFRACTION	97.68
1.21-1.23	0.1066	172	0.0833	3261	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.23-1.24	0.1015	169	0.0839	3217	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.24-1.26	0.1078	172	0.0818	3257	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.26-1.28	0.1156	170	0.084	3243	X-RAY DIFFRACTION	100
1.28-1.29	0.1172	171	0.0852	3236	X-RAY DIFFRACTION	99.5
1.29-1.31	0.1051	167	0.087	3178	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.31-1.33	0.1105	173	0.0872	3287	X-RAY DIFFRACTION	100
1.33-1.35	0.1212	170	0.0889	3234	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.35-1.37	0.1227	170	0.0867	3224	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.37-1.4	0.1213	171	0.0955	3260	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.4-1.42	0.1226	172	0.09	3269	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.42-1.45	0.12	168	0.0884	3185	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.45-1.48	0.0995	171	0.0831	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.51	0.1084	171	0.0828	3239	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.51-1.55	0.1091	170	0.0811	3242	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.55-1.59	0.1082	170	0.0831	3228	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.59-1.63	0.1163	172	0.0879	3267	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.63-1.68	0.1321	172	0.0932	3256	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.68-1.73	0.1123	170	0.1027	3234	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.79	0.1293	171	0.1078	3257	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.79-1.86	0.1287	170	0.1079	3225	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.86-1.95	0.1117	172	0.1078	3269	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.95-2.05	0.1146	172	0.1036	3258	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.05-2.18	0.1204	171	0.1094	3253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.35	0.1448	172	0.1203	3263	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.59	0.1324	171	0.1315	3266	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.59-2.96	0.1521	172	0.1363	3268	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.96-3.73	0.1346	173	0.1312	3274	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.73-42.64	0.1411	175	0.1309	3321	X-RAY DIFFRACTION	99.52

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関連情報:EMDBヘッダ

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