PDB-8bt8: Notum Inhibitor ARUK3004048

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bt8

タイトル

Notum Inhibitor ARUK3004048

要素

Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor Notum

機能・相同性

機能・相同性情報

[Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / bone development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.28 Å

データ登録者

Zhao, Y. / Jones, E.Y. / Fish, P.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Designed switch from covalent to non-covalent inhibitors of carboxylesterase Notum activity.
著者: Atkinson, B.N. / Willis, N.J. / Zhao, Y. / Patel, C. / Frew, S. / Costelloe, K. / Magno, L. / Svensson, F. / Jones, E.Y. / Fish, P.V.

履歴

登録	2022年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2023年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bt8.cif.gz	161.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bt8.ent.gz	129.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bt8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/8bt8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/8bt8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bspC 8bsqC 8bsrC 8bszC 8bt0C 8bt2C 8bt5C 8bt7C 8btaC 8btcC 8bteC 8bthC 8btiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM

ヘテロ分子

45 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.900, 71.850, 78.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質

Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM / hNOTUM

分子量: 43567.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOTUM, OK/SW-CL.30 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q6P988, [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 134分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-RRI / 1-indol-1-ylethanone / 1-アセチルインドリン分子量: 161.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₁NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.29 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 1.5 M Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Citrate, pH4.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: DIAMOND / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.28→47.55 Å / Num. obs: 87471 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 1.28→1.3 Å / Num. unique obs: 4265 / CC_1/2: 0.336

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.28→47.55 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.208	4492	5.14 %
R_work	0.196	-	-
obs	0.1966	87348	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.28→47.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2858	0	85	120	3063

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3037
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.168	4130
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.125	420
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.102	435
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	525

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.28-1.29	0.36	139	0.3519	2651	X-RAY DIFFRACTION	97
1.29-1.31	0.3032	126	0.3323	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
1.31-1.33	0.3055	131	0.3115	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
1.33-1.34	0.3302	138	0.2869	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.34-1.36	0.3049	151	0.2763	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
1.36-1.38	0.303	159	0.2735	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
1.38-1.4	0.2783	140	0.2575	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.42	0.2836	136	0.259	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.44	0.298	146	0.2391	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
1.44-1.47	0.277	172	0.235	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.49	0.2849	157	0.225	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.52	0.2337	134	0.2219	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.55	0.2227	142	0.1972	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.58	0.2112	147	0.1993	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.61	0.2141	156	0.191	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.65	0.209	157	0.1913	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.69	0.2122	148	0.1839	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.74	0.2065	154	0.1816	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.79	0.1909	160	0.1745	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.85	0.1998	156	0.1738	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.91	0.1965	161	0.1804	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.99	0.1955	158	0.1836	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.08	0.1819	167	0.1786	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.19	0.1991	149	0.1751	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.33	0.2048	141	0.1882	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.51	0.2138	126	0.1939	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.76	0.2342	156	0.1989	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-3.16	0.2085	159	0.2012	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.98	0.2017	155	0.1886	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
3.98-47.55	0.1786	171	0.1904	2976	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 25.5394 Å / Origin y: 70.4329 Å / Origin z: 80.3166 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1395 Å²	-0.0053 Å²	0.0007 Å²	-	0.1557 Å²	-0.0164 Å²	-	-	0.1441 Å²
L	0.7705 °²	-0.0866 °²	-0.0255 °²	-	1.1808 °²	-0.0498 °²	-	-	0.678 °²
S	-0.0115 Å °	0.0076 Å °	0.0235 Å °	-0.037 Å °	0.0045 Å °	-0.0028 Å °	-0.0576 Å °	0.0172 Å °	0.0108 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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