PDB-8bq7: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bq7

タイトル

Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH2829

要素

N-glycosylase/DNA lyase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / OGG1

機能・相同性

機能・相同性情報

Cleavage of the damaged pyrimidine / oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / DNA N-glycosylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Scaletti, E. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH2829
著者: Scaletti, E. / Stenmark, P.

履歴

登録	2022年11月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bq7.cif.gz	194.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bq7.ent.gz	146.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bq7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bq7_validation.pdf.gz	769.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bq7_full_validation.pdf.gz	773 KB	表示
XML形式データ	8bq7_validation.xml.gz	31.8 KB	表示
CIF形式データ	8bq7_validation.cif.gz	43.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/8bq7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/8bq7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pz1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-glycosylase/DNA lyase

B: N-glycosylase/DNA lyase

C: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

108 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: N-glycosylase/DNA lyase

登録者が定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.733, 82.095, 169.487
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	N-glycosylase/DNA lyase 分子量: 35816.652 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ogg1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O08760, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: 化合物	ChemComp-R4U / ~{N}4-cyclohexyl-2~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidine-4,6-diamine 分子量: 232.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₆N₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.94 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10 % w/v PEG4000, 20 % glycerol, 0.02 M monosaccharide, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→72.993 Å / Num. obs: 35462 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2.6→2.72 Å / Num. unique obs: 4247 / CC_1/2: 0.589

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7PZ1

7pz1

解像度: 2.6→72.993 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / WR_factor R_free: 0.299 / WR_factor R_work: 0.255 / SU B: 15.94 / SU ML: 0.328 / Average fsc free: 0.9274 / Average fsc work: 0.9445 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.769 / ESU R Free: 0.372 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3069	1773	5.011 %
R_work	0.2549	33611	-
all	0.257	-	-
obs	-	35384	99.918 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.414 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.401 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.914 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.514 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→72.993 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6953	0	24	62	7039

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.011	7183
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6223
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.653	1.647	9824
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.233	1.563	14381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.375	5	906
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	2.543	5	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.653	10	994
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	11.195	10	310
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.032	0.2	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.01	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	8344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.17	0.2	1450
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.168	0.2	5941
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	3548
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	3583
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.103	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.136	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.054	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.983	8.524	3648
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.981	8.525	3648
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.474	12.771	4546
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.473	12.773	4547
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.512	8.284	3535
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.512	8.285	3536
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.666	12.447	5278
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.666	12.448	5279
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.672	102.156	8011
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.665	102.17	8009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.6-2.668	0.426	135	0.374	2431	0.377	2574	0.869	0.899	99.6892	0.371
2.668-2.741	0.343	132	0.353	2377	0.353	2513	0.914	0.917	99.8408	0.343
2.741-2.82	0.351	117	0.339	2320	0.339	2438	0.916	0.926	99.959	0.323
2.82-2.906	0.37	125	0.331	2233	0.334	2359	0.911	0.928	99.9576	0.307
2.906-3.002	0.348	118	0.294	2194	0.297	2313	0.926	0.939	99.9568	0.271
3.002-3.107	0.325	111	0.289	2139	0.291	2250	0.927	0.944	100	0.265
3.107-3.224	0.348	125	0.292	2015	0.295	2140	0.911	0.944	100	0.267
3.224-3.355	0.32	87	0.276	2001	0.278	2088	0.937	0.951	100	0.253
3.355-3.504	0.308	103	0.278	1899	0.28	2002	0.942	0.95	100	0.26
3.504-3.675	0.287	80	0.259	1826	0.26	1907	0.951	0.959	99.9476	0.241
3.675-3.873	0.324	83	0.258	1753	0.261	1836	0.933	0.958	100	0.242
3.873-4.107	0.295	82	0.245	1658	0.247	1741	0.948	0.963	99.9426	0.237
4.107-4.39	0.265	95	0.241	1519	0.242	1614	0.954	0.964	100	0.238
4.39-4.74	0.285	85	0.221	1448	0.224	1533	0.951	0.968	100	0.22
4.74-5.19	0.264	79	0.228	1340	0.23	1419	0.959	0.966	100	0.232
5.19-5.799	0.428	58	0.239	1229	0.247	1287	0.894	0.964	100	0.244
5.799-6.689	0.376	42	0.254	1105	0.259	1147	0.929	0.957	100	0.258
6.689-8.176	0.238	62	0.202	935	0.204	997	0.967	0.973	100	0.215
8.176-11.49	0.23	37	0.171	739	0.173	776	0.963	0.98	100	0.189
11.49-72.993	0.373	17	0.329	450	0.331	477	0.921	0.899	97.9036	0.605

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