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- PDB-8bf2: Human PPARgamma in complex with MEHP bound to the AF-2 and omega ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bf2
タイトルHuman PPARgamma in complex with MEHP bound to the AF-2 and omega sub-pockets
要素Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードNUCLEAR PROTEIN / PPAR gamma activation / ligand binding domain / MEHP / environmental contaminant
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding ...prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / DNA binding domain binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / lipoprotein transport / positive regulation of fatty acid metabolic process / WW domain binding / STAT family protein binding / response to lipid / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / negative regulation of cholesterol storage / negative regulation of SMAD protein signal transduction / lipid homeostasis / E-box binding / alpha-actinin binding / R-SMAD binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / monocyte differentiation / white fat cell differentiation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / negative regulation of mitochondrial fission / negative regulation of osteoblast differentiation / long-chain fatty acid transport / BMP signaling pathway / positive regulation of fat cell differentiation / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / negative regulation of MAPK cascade / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / epithelial cell differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / response to nutrient / peptide binding / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of angiogenesis / placenta development / Regulation of PTEN gene transcription / transcription coregulator binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / mRNA transcription by RNA polymerase II / PPARA activates gene expression / fatty acid metabolic process / regulation of circadian rhythm / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of miRNA transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / lipid metabolic process / negative regulation of inflammatory response / regulation of blood pressure / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / cellular response to insulin stimulus / rhythmic process / glucose homeostasis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / double-stranded DNA binding / cellular response to hypoxia / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / innate immune response / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
2-[(2~{S})-2-ethylhexoxy]carbonylbenzoic acid / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Useini, A. / Straeter, N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB1052-Z6 ドイツ
引用ジャーナル: Environ Int / 年: 2023
タイトル: Structural basis of the activation of PPAR gamma by the plasticizer metabolites MEHP and MINCH.
著者: Useini, A. / Engelberger, F. / Kunze, G. / Strater, N.
履歴
登録2022年10月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6605
ポリマ－64,8252
非ポリマー8353
水3,315184
1
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9693
ポリマ－32,4131
非ポリマー5572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6912
ポリマ－32,4131
非ポリマー2781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.460, 61.523, 118.245
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.636, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 32412.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: 化合物 ChemComp-QGL / 2-[(2~{S})-2-ethylhexoxy]carbonylbenzoic acid / MEHP / (-)-フタル酸水素1-[(S)-2-エチルヘキシル]


分子量: 278.343 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H22O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.72 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 0.1 M Tris pH, 7.6 0.8 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→48.91 Å / Num. obs: 33690 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 48.78 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.18→2.25 Å / Num. unique obs: 2520 / CC1/2: 0.922

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6DHA

6dha


解像度: 2.18→36.08 Å / SU ML: 0.2876 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.4311
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2474 1718 5.1 %
Rwork0.2079 31953 -
obs0.2099 33671 97.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→36.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4159 0 80 184 4423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00194319
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.42875813
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0346672
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022754
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8131673
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.18-2.250.37741160.33122270X-RAY DIFFRACTION83.69
2.25-2.320.33691410.28772661X-RAY DIFFRACTION99.5
2.32-2.40.311490.25652693X-RAY DIFFRACTION99.68
2.4-2.50.35231430.24752669X-RAY DIFFRACTION99.47
2.5-2.610.29741500.24412679X-RAY DIFFRACTION98.99
2.61-2.750.26171560.24012680X-RAY DIFFRACTION99.02
2.75-2.920.27031460.22292701X-RAY DIFFRACTION99.44
2.92-3.150.2561300.23932705X-RAY DIFFRACTION99.58
3.15-3.460.29661360.22742717X-RAY DIFFRACTION99.2
3.46-3.960.23821340.19152718X-RAY DIFFRACTION99.62
3.96-4.990.19551490.17322703X-RAY DIFFRACTION98.86
4.99-36.080.22511680.1882757X-RAY DIFFRACTION98.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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