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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bc3 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of a BmSF-TAL - Sulfofructose Schiff Base Complex | ||||||||||||
![]() | BmSF-TAL | ||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / Transaldolase / sulfofructose / cryo-EM / decamer | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() 6-deoxy-6-sulfo-D-fructose transaldolase / transaldolase activity / aldehyde-lyase activity / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å | ||||||||||||
![]() | Snow, A.J.D. / Sharma, M. / Blaza, J. / Davies, G.J. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and mechanism of sulfofructose transaldolase, a key enzyme in sulfoquinovose metabolism. 著者: Alexander J D Snow / Mahima Sharma / Palika Abayakoon / Spencer J Williams / James N Blaza / Gideon J Davies / ![]() ![]() 要旨: Sulfoquinovose (SQ) is a key component of plant sulfolipids (sulfoquinovosyl diacylglycerols) and a major environmental reservoir of biological sulfur. Breakdown of SQ is achieved by bacteria through ...Sulfoquinovose (SQ) is a key component of plant sulfolipids (sulfoquinovosyl diacylglycerols) and a major environmental reservoir of biological sulfur. Breakdown of SQ is achieved by bacteria through the pathways of sulfoglycolysis. The sulfoglycolytic sulfofructose transaldolase (sulfo-SFT) pathway is used by gut-resident firmicutes and soil saprophytes. After isomerization of SQ to sulfofructose (SF), the namesake enzyme catalyzes the transaldol reaction of SF transferring dihydroxyacetone to 3C/4C acceptors to give sulfolactaldehyde and fructose-6-phosphate or sedoheptulose-7-phosphate. We report the 3D cryo-EM structure of SF transaldolase from Bacillus megaterium in apo and ligand bound forms, revealing a decameric structure formed from two pentameric rings of the protomer. We demonstrate a covalent "Schiff base" intermediate formed by reaction of SF with Lys89 within a conserved Asp-Lys-Glu catalytic triad and defined by an Arg-Trp-Arg sulfonate recognition triad. The structural characterization of the signature enzyme of the sulfo-SFT pathway provides key insights into molecular recognition of the sulfonate group of sulfosugars. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 364.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 285 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 406.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 517.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25311.557 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-QC9 / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Decameric complex of BmSF-TAL / タイプ: COMPLEX / 詳細: Solution decamer of BmSF-TAL / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.25 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: monodisperse sample with acceptable range of orientations; ice was of good quality |
試料支持 | 詳細: 20 mAmp, 10 s hold time / グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: -10 blot force, 6 second blot time |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 310000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 30 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3.39 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1842 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 77489 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D5 (2回x5回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53450 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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