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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b4q | ||||||
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タイトル | Ternary structure of 14-3-3s, ERRg phosphopeptide and dual-reactive compound 5 | ||||||
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![]() | PEPTIDE BINDING PROTEIN / 14-3-3 / hub-protein / dual-reactive compound | ||||||
機能・相同性 | ![]() AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding ...AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / retinoic acid receptor signaling pathway / establishment of skin barrier / estrogen response element binding / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / RHO GTPases activate PKNs / protein kinase A signaling / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / steroid binding / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of cell growth / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / cadherin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Somsen, B.A. / Ottmann, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Reversible Dual-Covalent Molecular Locking of the 14-3-3/ERR gamma Protein-Protein Interaction as a Molecular Glue Drug Discovery Approach. 著者: Somsen, B.A. / Schellekens, R.J.C. / Verhoef, C.J.A. / Arkin, M.R. / Ottmann, C. / Cossar, P.J. / Brunsveld, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 808 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 808.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8b2iC ![]() 8b2kC ![]() 8b5pC ![]() 8bfcC ![]() 8bi7C ![]() 8bjgC ![]() 8bjnC ![]() 8bm5C ![]() 6y1dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 26553.875 Da / 分子数: 1 / 変異: C38N / 由来タイプ: 組換発現 詳細: GAMGS at the beginning (-5 to -1) are part of the expression tag 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1215.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-非ポリマー , 4種, 340分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/OYI.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/OYI.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | ChemComp-OYI / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.85 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.095 M Hepes pH 7.1, 0.19 M CaCl2, 25% PEG400, 5% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→45.55 Å / Num. obs: 56965 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 34.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 9 / Num. unique obs: 33104 / CC1/2: 0.984 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6y1d 解像度: 1.4→45.55 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.72 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 68.9 Å2 / Biso mean: 15.0557 Å2 / Biso min: 5.73 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→45.55 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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