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- PDB-8b47: Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b47
タイトルCrystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in complex with a cyclic di-adenosine derivative
要素NAD kinase 1
キーワードTRANSFERASE / tetrameric NAD-kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ kinase / NADP biosynthetic process / NAD+ kinase activity / NAD metabolic process / NAD binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-NAD kinase C-terminal domain / NAD kinase / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OWU / PHOSPHATE ION / NAD kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Gelin, M. / Labesse, G.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE18-0011-02 フランス
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INSB-05-01 フランス
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Synthesis and structure-activity relationship studies of original cyclic diadenosine derivatives as nanomolar inhibitors of NAD kinase from pathogenic bacteria.
著者: Clement, D.A. / Gelin, M. / Leseigneur, C. / Huteau, V. / Mondange, L. / Pons, J.L. / Dussurget, O. / Lionne, C. / Labesse, G. / Pochet, S.
履歴
登録2022年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD kinase 1
B: NAD kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9507
ポリマ－62,0912
非ポリマー1,8605
水1,18966
1
A: NAD kinase 1
B: NAD kinase 1
ヘテロ分子

A: NAD kinase 1
B: NAD kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,90014
ポリマ－124,1814
非ポリマー3,71910
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area9770 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area41410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.406, 145.885, 54.904
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 NAD kinase 1 / ATP-dependent NAD kinase


分子量: 31045.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
遺伝子: nadK1, lmo0968 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y8D7, NAD+ kinase
#2: 化合物 ChemComp-OWU / (1~{R},23~{R},24~{S},25~{R})-14-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl]-7-azanyl-24,25-bis(oxidanyl)-20,20-bis(oxidanylidene)-26-oxa-20$l^{6}-thia-2,4,6,9,14,17,21-heptazatetracyclo[21.2.1.0^{2,10}.0^{3,8}]hexacosa-3,5,7,9-tetraen-11-yn-16-one


分子量: 715.698 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N13O9S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.85 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 25 %(v/v) PEG 550 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→72.94 Å / Num. obs: 17576 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 59.07 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.218 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.227 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.53-2.637.12.1341246117550.3590.8412.3050.889.6
9.1-72.9411.20.06150054480.9990.0180.06433.999.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RG9

6rg9


解像度: 2.53→51.39 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2588 3247 10.04 %
Rwork0.2029 29106 -
obs0.2085 17478 97.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 125.13 Å2 / Biso mean: 62.511 Å2 / Biso min: 38.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.53→51.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4134 0 148 66 4348
Biso mean--68.07 56.56 -
残基数----520
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.53-2.560.32031080.3061933104172
2.56-2.60.30871370.30541185132292
2.6-2.650.38781430.32051256139996
2.65-2.690.36861350.29571206134197
2.69-2.740.36441440.31631279142398
2.74-2.790.45391440.334712991443100
2.79-2.850.35681420.288212801422100
2.85-2.910.32791460.27412821428100
2.91-2.980.30431430.258912951438100
2.98-3.050.29281480.226213191467100
3.05-3.140.2791410.231112721413100
3.14-3.230.30121480.222613051453100
3.23-3.330.26011460.230312811427100
3.33-3.450.28721440.227112901434100
3.45-3.590.24221400.170812781418100
3.59-3.750.21491480.17412831431100
3.75-3.950.27161430.162213111454100
3.95-4.20.20981470.16813211468100
4.2-4.520.21011380.152312671405100
4.52-4.980.17241420.150512871429100
4.98-5.70.29921390.188413041443100
5.7-7.170.28611380.208112841422100
7.18-51.390.22071430.21021289143299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0249-0.9277-1.18642.9001-0.41686.22790.1390.1753-0.0387-0.1024-0.0628-0.2006-0.04970.2182-0.08680.3713-0.029-0.04660.42870.0250.428523.073222.0401-6.9716
21.1015-0.1874-0.19120.3008-0.31482.8686-0.08-0.0647-0.01530.06260.0452-0.01290.18580.03740.04540.4433-0.00930.02720.3581-0.00760.551913.973615.51411.8265
36.724-4.36162.04794.8513-4.33345.09970.4485-0.0542-1.18552.7147-0.51430.7246-1.0480.2628-0.06621.0878-0.19980.05850.4862-0.0070.78285.7730.191827.3906
41.9879-0.02310.43771.5282-0.70364.60420.11170.0835-0.0178-0.0026-0.1158-0.2033-0.13950.3435-0.00490.36820.02030.02180.3114-0.00320.49714.719915.496412.198
50.565-0.00970.74391.47051.45068.92650.0226-0.21410.14390.117-0.07610.0891-0.6925-0.53050.08180.38070.04650.0350.4452-0.01640.4788-17.069123.897928.6498
62.83130.09510.70241.8827-0.92053.37180.15070.02790.0416-0.0988-0.0710.0614-0.066-0.1046-0.08210.34550.0550.02910.3187-0.02570.4587-9.336114.397713.7483
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 79 )A1 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 80 through 184 )A80 - 184
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 185 through 198 )A185 - 198
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 199 through 263 )A199 - 263
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 141 )B1 - 141
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 142 through 264 )B142 - 264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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