PDB-8b0e: Crystal structure of beta-glucuronidase from Acidobacterium capsu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b0e

タイトル

Crystal structure of beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum in complex with covalent inhibitor VB158

要素

beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum

キーワード

HYDROLASE / b-glucuronidase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acidobacterium capsulatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Armstrong, Z. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2023
タイトル: 4-O-Substituted Glucuronic Cyclophellitols are Selective Mechanism-Based Heparanase Inhibitors.
著者: Borlandelli, V. / Armstrong, Z. / Nin-Hill, A. / Codee, J.D.C. / Raich, L. / Artola, M. / Rovira, C. / Davies, G.J. / Overkleeft, H.S.

履歴

登録	2022年9月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年3月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b0e.cif.gz	183.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b0e.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b0e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/8b0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/8b0e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b0bC 8b0cC 8b0dC 5g0mS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum

ヘテロ分子

51.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.829, 44.476, 137.577
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.629, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-652- HOH
2	1	AAA-827- HOH

#1: タンパク質	beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum 分子量: 50814.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acidobacterium capsulatum (バクテリア) 株: ATCC 51196 / DSM 11244 / BCRC 80197 / JCM 7670 / NBRC 15755 / NCIMB 13165 / 161 遺伝子: ACP_2665 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C1F2K5
#2: 化合物	ChemComp-OV3 / (1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},6~{S})-3,4,6-tris(oxidanyl)-2-[2-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethanoylamino]ethoxy]cyclohexane-1-carboxylic acid 分子量: 331.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₆F₃NO₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.5 M AmSO4 1 M LiSO4 0.1 M Trisodium Citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97624 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→39.21 Å / Num. obs: 70791 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 5.8 % / CC_1/2: 0.966 / Net I/σ(I): 2.9
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / Num. unique obs: 3423 / CC_1/2: 0.616

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5g0m

5g0m

解像度: 1.55→39.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 2.836 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.095 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2519	3509	4.963 %
R_work	0.2198	67196	-
all	0.221	-	-
obs	-	70705	96.362 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.243 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.158 Å²	-0 Å²	0.444 Å²
2-	-	1.952 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.881 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→39.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3341	0	22	332	3695

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	3491
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3116
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.584	1.649	4761
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.399	1.571	7219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.594	5	445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.268	21.844	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.182	15	505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.063	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	448
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4025
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	778
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	605
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	2765
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	242
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.153	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.165	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.491	1.924	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.491	1.923	1776
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.331	2.879	2223
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.33	2.879	2224
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.983	2.128	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.979	2.125	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.035	3.124	2538
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.036	3.121	2536
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.759	23.027	3865
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.669	22.658	3793

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.313	256	0.316	4850	X-RAY DIFFRACTION	94.731
1.59-1.634	0.315	262	0.299	4688	X-RAY DIFFRACTION	94.8094
1.634-1.681	0.334	223	0.289	4666	X-RAY DIFFRACTION	95.5629
1.681-1.733	0.328	220	0.284	4486	X-RAY DIFFRACTION	95.2246
1.733-1.79	0.313	224	0.274	4406	X-RAY DIFFRACTION	95.6216
1.79-1.852	0.31	244	0.26	4211	X-RAY DIFFRACTION	95.8271
1.852-1.922	0.272	185	0.242	4134	X-RAY DIFFRACTION	96.0205
1.922-2.001	0.277	218	0.228	3929	X-RAY DIFFRACTION	95.9732
2.001-2.09	0.259	219	0.231	3793	X-RAY DIFFRACTION	96.4887
2.09-2.192	0.27	198	0.217	3668	X-RAY DIFFRACTION	96.6742
2.192-2.31	0.292	161	0.214	3508	X-RAY DIFFRACTION	97.0635
2.31-2.45	0.255	192	0.209	3278	X-RAY DIFFRACTION	96.6843
2.45-2.619	0.228	167	0.201	3116	X-RAY DIFFRACTION	97.5342
2.619-2.828	0.224	153	0.194	2921	X-RAY DIFFRACTION	97.7114
2.828-3.098	0.265	128	0.215	2721	X-RAY DIFFRACTION	98.2753
3.098-3.463	0.2	120	0.199	2473	X-RAY DIFFRACTION	98.4434
3.463-3.997	0.189	103	0.175	2214	X-RAY DIFFRACTION	98.6377
3.997-4.892	0.212	109	0.19	1834	X-RAY DIFFRACTION	97.7364
4.892-6.904	0.24	77	0.206	1460	X-RAY DIFFRACTION	99.0335
6.904-39.21	0.243	50	0.232	840	X-RAY DIFFRACTION	98.1257

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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