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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8aut | ||||||
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タイトル | WelO5* L221A bound to Zn(II), Cl, 2-oxoglutarate, and 12-epi-hapalindole C | ||||||
要素 | Oxidoreductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / WelO5* 2-oxoglutarate-dependent halogenase / 12-epi-hapalindole C | ||||||
機能・相同性 | 2-OXOGLUTARIC ACID / Chem-OAU / Oxidoreductase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Hapalosiphon welwitschii UH IC-52-3 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.685 Å | ||||||
データ登録者 | Buller, R. / Hueppi, S. / Voss, M. / Schaub, D. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Chemcatchem / 年: 2022 タイトル: Enzyme engineering enables inversion of substrate stereopreference of the halogenase WelO5* 著者: Voss, M. / Huppi, S. / Schaub, D. / Hayashi, T. / Ligibel, M. / Sager, E. / Schroer, K. / Snajdrova, R. / Buller, R.M.U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8aut.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8aut.ent.gz | 725.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8aut.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8aut_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8aut_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8aut_validation.xml.gz | 42.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8aut_validation.cif.gz | 56.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/8aut ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/8aut | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8acvSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 11 - 290 / Label seq-ID: 31 - 310
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 34569.875 Da / 分子数: 4 / 変異: L221A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hapalosiphon welwitschii UH IC-52-3 (バクテリア) 遺伝子: welO15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A075X7C6 |
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-非ポリマー , 7種, 130分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-AKG / #5: 化合物 | ChemComp-OAU / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-GOL / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG-4000, 200 mM LiSO4, in 100 mM TRIS pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.000009 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.000009 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.68→49.17 Å / Num. obs: 37222 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 38.9 % / Biso Wilson estimate: 67.52 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.68→2.8 Å / Num. unique obs: 4433 / CC1/2: 0.782 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8ACV 解像度: 2.685→49.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 34.206 / SU ML: 0.305 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.319 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 90.612 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.685→49.17 Å
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拘束条件 |
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