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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8am2 | ||||||
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タイトル | Human butyrylcholinesterase in complex with 2,2'-(((1E,1'E)-(2-phenylpyrimidine-4,6-diyl)bis(methaneylylidene))bis(hydrazin-1-yl-2-ylidene))bis(N,N,N-trimethyl-2-oxoethan-1-aminium) | ||||||
![]() | Cholinesterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Inhibitor / complex / butyrylcholinesterase | ||||||
機能・相同性 | ![]() cholinesterase / cocaine metabolic process / neuroblast differentiation / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / choline binding / response to folic acid / response to alkaloid / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission ...cholinesterase / cocaine metabolic process / neuroblast differentiation / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / choline binding / response to folic acid / response to alkaloid / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission / peptide hormone processing / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / hydrolase activity, acting on ester bonds / Aspirin ADME / nuclear envelope lumen / Synthesis of PC / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / catalytic activity / response to glucocorticoid / xenobiotic metabolic process / learning / amyloid-beta binding / blood microparticle / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum lumen / enzyme binding / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nachon, F. / Brazzolotto, X. / Dias, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Grid-Type Quaternary Metallosupramolecular Compounds Inhibit Human Cholinesterases through Dynamic Multivalent Interactions. 著者: Nachon, F. / Brazzolotto, X. / Dias, J. / Courageux, C. / Drozdz, W. / Cao, X.Y. / Stefankiewicz, A.R. / Lehn, J.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 279.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 189.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 59713.512 Da / 分子数: 1 / 変異: N17Q, N455Q, N481Q, N486Q / 由来タイプ: 組換発現 詳細: engineered butyrylcholinesterase for crystallisation 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P06276, cholinesterase |
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-糖 , 2種, 6分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | #4: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 5種, 190分子 ![](data/chem/img/N0C.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-N0C / ~{ | ||||
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#5: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||
#6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.75 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: AMMONIUM SULFATE 2.1 M, 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID 0.1 M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07252 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→55.25 Å / Num. obs: 26526 / % possible obs: 97.46 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 46.82 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05889 / Rpim(I) all: 0.02449 / Rrim(I) all: 0.06401 / Net I/σ(I): 25.04 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.4761 / Mean I/σ(I) obs: 3.56 / Num. unique obs: 2653 / CC1/2: 0.89 / CC star: 0.971 / Rpim(I) all: 0.1955 / Rrim(I) all: 0.5164 / % possible all: 98.77 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1P0I 解像度: 2.5→55.25 Å / SU ML: 0.2806 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.5561 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→55.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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