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- PDB-8abx: Crystal structure of IDO1 in complex with Apoxidole-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8abx
タイトルCrystal structure of IDO1 in complex with Apoxidole-1
要素Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Heme-binding protein / natural product / Indoleamine 2 / 3-dioxygenase 1
機能・相同性
機能・相同性情報


indoleamine 2,3-dioxygenase / positive regulation of chronic inflammatory response / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / quinolinate biosynthetic process / stereocilium bundle ... indoleamine 2,3-dioxygenase / positive regulation of chronic inflammatory response / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / quinolinate biosynthetic process / stereocilium bundle / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / positive regulation of type 2 immune response / L-tryptophan catabolic process / negative regulation of T cell apoptotic process / Tryptophan catabolism / positive regulation of T cell apoptotic process / swimming behavior / negative regulation of interleukin-10 production / multicellular organismal response to stress / T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / female pregnancy / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / inflammatory response / heme binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 1. / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 2. / Tryptophan/Indoleamine 2,3-dioxygenase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-N2U / Chem-N39 / TRIETHYLENE GLYCOL / Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Dotsch, L. / Ziegler, S. / Waldmann, H. / Gasper, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Other governmentEFRE-0200481 ドイツ
引用
ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Identification of a Novel Pseudo-Natural Product Type IV IDO1 Inhibitor Chemotype.
著者: Davies, C. / Dotsch, L. / Ciulla, M.G. / Hennes, E. / Yoshida, K. / Gasper, R. / Scheel, R. / Sievers, S. / Strohmann, C. / Kumar, K. / Ziegler, S. / Waldmann, H.
#1: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Identification of a Novel Pseudo-Natural Product Type IV IDO1 Inhibitor Chemotype
著者: Davies, C. / Dotsch, L. / Gessica Ciulla, M. / Hennes, E. / Yoshida, K. / Gasper, R. / Scheel, R. / Sievers, S. / Strohmann, C. / Kumar, K. / Ziegler, S. / Waldmann, H.
履歴
登録2022年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,54610
ポリマ－45,3671
非ポリマー2,1799
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint26 kcal/mol
Surface area16990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.480, 109.490, 36.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase


分子量: 45367.156 Da / 分子数: 1 / 断片: Apo protein / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / プラスミド: pGex6p / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase

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非ポリマー , 5種, 150分子

#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-N39 / O1-tert-butyl O2-ethyl O5-methyl (E,5R)-5-(1-methylindol-2-yl)-5-[(4-methylphenyl)sulfonylamino]pent-2-ene-1,2,5-tricarboxylate / 3-formyl rifamycin SV


分子量: 596.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H36N2O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-N2U / O2-tert-butyl O3-ethyl O6-methyl (2S,6R)-6-(1-methylindol-2-yl)-2,5-dihydro-1H-pyridine-2,3,6-tricarboxylate


分子量: 442.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H30N2O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 40% PEG200, 100mM MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→38.17 Å / Num. obs: 51920 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.586 % / Biso Wilson estimate: 26.37 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rrim(I) all: 0.157 / Χ2: 0.853 / Net I/σ(I): 6.34 / Num. measured all: 290033 / Scaling rejects: 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.65-1.695.7081.4520.9121399376937490.4081.59799.5
1.69-1.745.6171.1381.220816371337060.5531.25399.8
1.74-1.795.5630.8231.719886358635750.7140.90899.7
1.79-1.845.4230.6572.1418917349734880.790.72699.7
1.84-1.915.0980.4752.8517353342934040.870.52999.3
1.91-1.975.3960.3793.7217563326632550.9230.41999.7
1.97-2.055.5510.2874.7917668318531830.9520.31699.9
2.05-2.135.9270.2396.0618203307430710.9670.26199.9
2.13-2.225.9510.2047.1617347292529150.9720.22499.7
2.22-2.335.9130.1867.9716556281628000.9710.20399.4
2.33-2.465.8370.1718.615767270527010.9730.18799.9
2.46-2.615.7850.1539.5214827257325630.9780.16899.6
2.61-2.795.7230.1410.2213586239023740.980.15499.3
2.79-3.015.6110.13110.9412597225422450.9790.14499.6
3.01-3.35.2020.1211.310835208920830.980.13499.7
3.3-3.695.0630.11112.149468188018700.980.12399.5
3.69-4.265.4820.11213.269187168016760.9830.12499.8
4.26-5.225.7740.11613.788390145614530.9780.12799.8
5.22-7.385.60.11213.376356114211350.9830.12499.4
7.38-38.174.9140.11112.7933126826740.980.12598.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.05 Å48.71 Å
Translation6.05 Å48.71 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487_4487精密化
XDS20220220データ削減
XSCALE20220220データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 4x60

4x60


解像度: 1.65→38.17 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 2596 5 %
Rwork0.192 49318 -
obs0.193 51914 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.03 Å2 / Biso mean: 33.6008 Å2 / Biso min: 16.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→38.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2953 0 400 141 3494
Biso mean--51.53 35.4 -
残基数----369
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.680.41281320.42362515264799
1.68-1.710.37011340.360125542688100
1.71-1.750.35351360.31125862722100
1.75-1.790.27391340.268625452679100
1.79-1.830.25651360.248525732709100
1.83-1.870.27671330.231825322665100
1.87-1.920.26331360.22742582271899
1.92-1.980.23111350.219725562691100
1.98-2.040.23281360.200525872723100
2.04-2.120.19751360.186725992735100
2.12-2.20.22161350.174325452680100
2.2-2.30.2131360.17632595273199
2.3-2.420.19661380.173926152753100
2.42-2.570.20271370.178425992736100
2.57-2.770.21041360.17462584272099
2.77-3.050.18431380.185526312769100
3.05-3.490.23931380.195626242762100
3.49-4.40.1641410.160326742815100
4.4-38.170.19621490.19032822297199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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