PDB-8abw: Crystal structure of SpLdpA in complex with threo-DGPD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8abw

タイトル

Crystal structure of SpLdpA in complex with threo-DGPD

要素

SnoaL-like domain-containing protein

キーワード

LYASE / lignin / dehydratase

機能・相同性

: / SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / NTF2-like domain superfamily / Chem-LHX / Chem-LJC / SnoaL-like domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Zahn, M. / Kuatsjah, E. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Biochemical and structural characterization of a sphingomonad diarylpropane lyase for cofactorless deformylation.
著者: Kuatsjah, E. / Zahn, M. / Chen, X. / Kato, R. / Hinchen, D.J. / Konev, M.O. / Katahira, R. / Orr, C. / Wagner, A. / Zou, Y. / Haugen, S.J. / Ramirez, K.J. / Michener, J.K. / Pickford, A.R. / ...

履歴

登録	2022年7月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8abw.cif.gz	113.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8abw.ent.gz	83.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8abw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8abw_validation.pdf.gz	931.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8abw_full_validation.pdf.gz	933.2 KB	表示
XML形式データ	8abw_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	8abw_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/8abw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/8abw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8abtC 8abuC 8abvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SnoaL-like domain-containing protein

ヘテロ分子

31.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SnoaL-like domain-containing protein

ヘテロ分子

A: SnoaL-like domain-containing protein

ヘテロ分子

A: SnoaL-like domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
94.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.983, 69.983, 85.892
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-402- SO4
2	1	A-402- SO4
3	1	A-403- SO4
4	1	A-403- SO4
5	1	A-639- HOH
6	1	A-640- HOH
7	1	A-641- HOH

#1: タンパク質	SnoaL-like domain-containing protein 分子量: 30450.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア) 株: NBRC 103272 / SYK-6 / 遺伝子: SLG_12650 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G2IQR8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-LJC / (1S,2S)-1,2-bis(3-methoxy-4-oxidanyl-phenyl)propane-1,3-diol / (2S,3S)-2,3-ビス(3-メトキシ-4-ヒドロキシフェニル)-1,3-プロパンジオ-ル分子量: 320.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₀O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-LHX / (1R,2R)-1,2-bis(3-methoxy-4-oxidanyl-phenyl)propane-1,3-diol / (1R,2R)-1,2-ビス(4-ヒドロキシ-3-メトキシフェニル)プロパン-1,3-ジオ-ル分子量: 320.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₀O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 6000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.711→86.085 Å / Num. obs: 22162 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 20.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.166 / R_pim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 1.711→1.85 Å / 冗長度: 19.8 % / R_merge(I) obs: 2.398 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1107 / CC_1/2: 0.623 / R_pim(I) all: 0.549 / % possible all: 55.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: NaLdpA

解像度: 1.83→85.892 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 10.129 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.177 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2289	706	4.356 %
R_work	0.176	15501	-
all	0.178	-	-
obs	-	16207	73.682 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.791 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.227 Å²	0.113 Å²	0 Å²
2-	-	0.227 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.735 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→85.892 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1992	0	61	142	2195

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	2112
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.665	1.647	2865
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.355	1.582	4385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.48	5	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.661	22.258	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.838	15	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.101	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2378
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	518
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	411
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	974
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	985
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.168	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.365	2.243	967
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.353	2.238	966
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.21	3.35	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.21	3.355	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.121	2.548	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.12	2.549	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.805	3.732	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.804	3.733	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.478	26.44	2438
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.446	26.219	2419

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work	Fsc free
1.83-1.878	0.054	1	0.32	38	0.315	1611	0.851	2.4209	0.294
1.878-1.929	0.11	4	0.239	157	0.233	1557	0.846	10.3404	0.231	0.959
1.929-1.985	0.343	14	0.272	260	0.276	1498	0.79	18.2911	0.254	0.814
1.985-2.046	0.305	20	0.293	517	0.293	1484	0.797	36.186	0.274	0.77
2.046-2.113	0.327	45	0.267	836	0.271	1419	0.803	62.086	0.241	0.782
2.113-2.187	0.275	54	0.262	1244	0.263	1409	0.82	92.1221	0.241	0.837
2.187-2.27	0.294	66	0.25	1257	0.252	1323	0.85	100	0.226	0.835
2.27-2.362	0.282	46	0.218	1257	0.22	1303	0.877	100	0.19	0.866
2.362-2.467	0.252	35	0.21	1197	0.211	1232	0.898	100	0.186	0.854
2.467-2.588	0.321	37	0.198	1150	0.201	1187	0.914	100	0.168	0.853
2.588-2.728	0.277	40	0.192	1082	0.195	1122	0.927	100	0.16	0.9
2.728-2.893	0.274	55	0.18	1040	0.184	1095	0.941	100	0.15	0.913
2.893-3.092	0.205	64	0.168	960	0.171	1024	0.946	100	0.143	0.94
3.092-3.34	0.28	36	0.157	902	0.161	938	0.954	100	0.141	0.923
3.34-3.658	0.202	49	0.141	830	0.145	879	0.965	100	0.133	0.952
3.658-4.089	0.18	35	0.13	765	0.132	800	0.973	100	0.129	0.966
4.089-4.719	0.165	30	0.123	675	0.125	705	0.979	100	0.124	0.973
4.719-5.776	0.158	29	0.139	592	0.14	621	0.974	100	0.138	0.981
5.776-8.15	0.179	25	0.168	462	0.168	487	0.963	100	0.168	0.966
8.15-85.892	0.305	21	0.185	280	0.192	301	0.963	100	0.2	0.928

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -21.166 Å / Origin y: 17.1037 Å / Origin z: 16.9099 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0092 Å²	-0.0148 Å²	0.0166 Å²	-	0.0585 Å²	-0.0004 Å²	-	-	0.0602 Å²
L	1.0622 °²	-0.0061 °²	-0.159 °²	-	1.3221 °²	-0.0257 °²	-	-	0.4219 °²
S	0.0002 Å °	0.105 Å °	-0.0069 Å °	-0.065 Å °	-0.0103 Å °	-0.2512 Å °	-0.0397 Å °	0.1217 Å °	0.0101 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	-1 - 240
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	401
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	501
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	601
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	603

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