+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8abw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of SpLdpA in complex with threo-DGPD | ||||||
Components | SnoaL-like domain-containing protein | ||||||
Keywords | LYASE / lignin / dehydratase | ||||||
Function / homology | SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / NTF2-like domain superfamily / Chem-LHX / Chem-LJC / SnoaL-like domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Sphingobium sp. SYK-6 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.83 Å | ||||||
Authors | Zahn, M. / Kuatsjah, E. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E. | ||||||
Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2023 Title: Biochemical and structural characterization of a sphingomonad diarylpropane lyase for cofactorless deformylation. Authors: Kuatsjah, E. / Zahn, M. / Chen, X. / Kato, R. / Hinchen, D.J. / Konev, M.O. / Katahira, R. / Orr, C. / Wagner, A. / Zou, Y. / Haugen, S.J. / Ramirez, K.J. / Michener, J.K. / Pickford, A.R. / ...Authors: Kuatsjah, E. / Zahn, M. / Chen, X. / Kato, R. / Hinchen, D.J. / Konev, M.O. / Katahira, R. / Orr, C. / Wagner, A. / Zou, Y. / Haugen, S.J. / Ramirez, K.J. / Michener, J.K. / Pickford, A.R. / Kamimura, N. / Masai, E. / Houk, K.N. / McGeehan, J.E. / Beckham, G.T. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8abw.cif.gz | 113.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8abw.ent.gz | 83.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8abw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8abw_validation.pdf.gz | 931.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8abw_full_validation.pdf.gz | 933.2 KB | Display | |
Data in XML | 8abw_validation.xml.gz | 12.6 KB | Display | |
Data in CIF | 8abw_validation.cif.gz | 17.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/8abw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/8abw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8abtC 8abuC 8abvC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 30450.443 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sphingobium sp. SYK-6 (bacteria) / Strain: NBRC 103272 / SYK-6 / Gene: SLG_12650 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: G2IQR8 | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-LJC / ( | #4: Chemical | ChemComp-LHX / ( | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.99 Å3/Da / Density % sol: 38.31 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20% PEG 6000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9763 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 5, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.711→86.085 Å / Num. obs: 22162 / % possible obs: 94.7 % / Redundancy: 20.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 12.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.711→1.85 Å / Redundancy: 19.8 % / Rmerge(I) obs: 2.398 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1107 / CC1/2: 0.623 / Rpim(I) all: 0.549 / % possible all: 55.8 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: NaLdpA Resolution: 1.83→85.892 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 10.129 / SU ML: 0.146 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.177 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.791 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.83→85.892 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -21.166 Å / Origin y: 17.1037 Å / Origin z: 16.9099 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|