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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8abv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SpLdpA in complex with erythro-DGPD | ||||||
![]() | SnoaL-like domain-containing protein | ||||||
![]() | LYASE / lignin / dehydratase | ||||||
機能・相同性 | SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / NTF2-like domain superfamily / Chem-LJL / Chem-LJU / SnoaL-like domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zahn, M. / Kuatsjah, E. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Biochemical and structural characterization of a sphingomonad diarylpropane lyase for cofactorless deformylation. 著者: Kuatsjah, E. / Zahn, M. / Chen, X. / Kato, R. / Hinchen, D.J. / Konev, M.O. / Katahira, R. / Orr, C. / Wagner, A. / Zou, Y. / Haugen, S.J. / Ramirez, K.J. / Michener, J.K. / Pickford, A.R. / ...著者: Kuatsjah, E. / Zahn, M. / Chen, X. / Kato, R. / Hinchen, D.J. / Konev, M.O. / Katahira, R. / Orr, C. / Wagner, A. / Zou, Y. / Haugen, S.J. / Ramirez, K.J. / Michener, J.K. / Pickford, A.R. / Kamimura, N. / Masai, E. / Houk, K.N. / McGeehan, J.E. / Beckham, G.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8abtC ![]() 8abuC ![]() 8abwC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 30450.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: NBRC 103272 / SYK-6 / 遺伝子: SLG_12650 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 238分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/LJU.gif)
![](data/chem/img/LJL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/LJU.gif)
![](data/chem/img/LJL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-LJU / ( | #5: 化合物 | ChemComp-LJL / ( | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 30% PEG 4000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.683→86.922 Å / Num. obs: 23171 / % possible obs: 86.5 % / 冗長度: 19.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.194 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.683→1.782 Å / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 2.506 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1160 / CC1/2: 0.599 / Rpim(I) all: 0.587 / % possible all: 58.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NaLdpA 解像度: 1.683→86.922 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 4.618 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.274 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.683→86.922 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 25.1264 Å / Origin y: 11.3346 Å / Origin z: 17.4785 Å
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精密化 TLSグループ |
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