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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8abv | ||||||
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Title | Crystal structure of SpLdpA in complex with erythro-DGPD | ||||||
![]() | SnoaL-like domain-containing protein | ||||||
![]() | LYASE / lignin / dehydratase | ||||||
Function / homology | SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / NTF2-like domain superfamily / Chem-LJL / Chem-LJU / SnoaL-like domain-containing protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zahn, M. / Kuatsjah, E. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Biochemical and structural characterization of a sphingomonad diarylpropane lyase for cofactorless deformylation. Authors: Kuatsjah, E. / Zahn, M. / Chen, X. / Kato, R. / Hinchen, D.J. / Konev, M.O. / Katahira, R. / Orr, C. / Wagner, A. / Zou, Y. / Haugen, S.J. / Ramirez, K.J. / Michener, J.K. / Pickford, A.R. / ...Authors: Kuatsjah, E. / Zahn, M. / Chen, X. / Kato, R. / Hinchen, D.J. / Konev, M.O. / Katahira, R. / Orr, C. / Wagner, A. / Zou, Y. / Haugen, S.J. / Ramirez, K.J. / Michener, J.K. / Pickford, A.R. / Kamimura, N. / Masai, E. / Houk, K.N. / McGeehan, J.E. / Beckham, G.T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 111.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 79.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8abtC ![]() 8abuC ![]() 8abwC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 30450.443 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 238 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/LJU.gif)
![](data/chem/img/LJL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/LJU.gif)
![](data/chem/img/LJL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Chemical | ChemComp-LJU / ( | #5: Chemical | ChemComp-LJL / ( | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 30% PEG 4000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 5, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.683→86.922 Å / Num. obs: 23171 / % possible obs: 86.5 % / Redundancy: 19.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.194 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 13.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.683→1.782 Å / Redundancy: 19 % / Rmerge(I) obs: 2.506 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1160 / CC1/2: 0.599 / Rpim(I) all: 0.587 / % possible all: 58.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: NaLdpA Resolution: 1.683→86.922 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 4.618 / SU ML: 0.071 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.106 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.274 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.683→86.922 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 25.1264 Å / Origin y: 11.3346 Å / Origin z: 17.4785 Å
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Refinement TLS group |
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