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- PDB-8aak: Crystal structure of the PDZ tandem of syntenin in complex with c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aak
タイトルCrystal structure of the PDZ tandem of syntenin in complex with compound 29
要素Syntenin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / signaling protein cell adhesion PDZ domain syntenin syndecan drug design
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / syndecan binding / Neurofascin interactions / neurexin family protein binding / presynapse assembly / cytoskeletal anchor activity / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of exosomal secretion ...interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / syndecan binding / Neurofascin interactions / neurexin family protein binding / presynapse assembly / cytoskeletal anchor activity / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of exosomal secretion / negative regulation of receptor internalization / frizzled binding / Ephrin signaling / protein targeting to membrane / RIPK1-mediated regulated necrosis / growth factor binding / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / ionotropic glutamate receptor binding / cell adhesion molecule binding / ephrin receptor binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / protein sequestering activity / regulation of mitotic cell cycle / adherens junction / positive regulation of JNK cascade / Regulation of necroptotic cell death / azurophil granule lumen / melanosome / extracellular vesicle / presynapse / actin cytoskeleton organization / positive regulation of cell growth / nuclear membrane / chemical synaptic transmission / blood microparticle / Ras protein signal transduction / cytoskeleton / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / membrane raft / protein heterodimerization activity / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LL6 / Syntenin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.554 Å
データ登録者Feracci, M. / Barral, K.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Other government フランス
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of a PDZ Domain Inhibitor Targeting the Syndecan/Syntenin Protein-Protein Interaction: A Semi-Automated "Hit Identification-to-Optimization" Approach.
著者: Hoffer, L. / Garcia, M. / Leblanc, R. / Feracci, M. / Betzi, S. / Ben Yaala, K. / Daulat, A.M. / Zimmermann, P. / Roche, P. / Barral, K. / Morelli, X.
履歴
登録2022年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Syntenin-1
B: Syntenin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8345
ポリマ－36,0372
非ポリマー7973
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: fluorescence resonance energy transfer, HTRF
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.660, 96.910, 103.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Syntenin-1 / Melanoma differentiation-associated protein 9 / MDA-9 / Pro-TGF-alpha cytoplasmic domain- ...Melanoma differentiation-associated protein 9 / MDA-9 / Pro-TGF-alpha cytoplasmic domain-interacting protein 18 / TACIP18 / Scaffold protein Pbp1 / Syndecan-binding protein 1


分子量: 18018.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SDCBP, MDA9, SYCL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00560
#2: 化合物 ChemComp-LL6 / (2~{S})-2-[[(2~{S})-2-(3-oxidanylidene-1~{H}-isoindol-2-yl)-3-phenyl-propanoyl]amino]propanoic acid


分子量: 352.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.16 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM sodium acetate 200mM ammonium acetate 20% PEG3350
PH範囲: 4.4 - 4.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.554→48.45 Å / Num. obs: 11941 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 76.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.05024 / Net I/σ(I): 9.71
反射 シェル解像度: 2.554→2.646 Å / Rmerge(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 1167 / Rpim(I) all: 0.5154

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
BUSTER2.10.4 (11-DEC-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W9E

1w9e


解像度: 2.554→48.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU R Cruickshank DPI: 0.77 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.1 / SU Rfree Blow DPI: 0.343 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.339
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2822 597 5 %RANDOM
Rwork0.2144 ---
obs0.2178 11941 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 125.37 Å2 / Biso mean: 69.46 Å2 / Biso min: 30.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3193 Å20 Å20 Å2
2--2.7486 Å20 Å2
3----0.4293 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.554→48.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2496 0 58 90 2644
Biso mean--59.46 58.61 -
残基数----328
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d943SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes474HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2597HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion362SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1952SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2597HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3502HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.07
LS精密化 シェル解像度: 2.554→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4305 20 4.85 %
Rwork0.3265 392 -
obs--95.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.26920.8968-0.06361.0069-1.3714.46170.09760.12890.0473-0.0882-0.006-0.04630.5791-0.298-0.09160.37220.00220.0212-0.2011-0.0275-0.1762-35.821688.39745.0575
20.84461.2565-0.98731.7286-1.56682.2597-0.0303-0.0679-0.06630.1165-0.059-0.0276-0.2906-0.04980.08930.26450.0221-0.0142-0.12150.0011-0.148-25.045107.36717.6258
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A111 - 273
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B109 - 273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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