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- PDB-8a8i: Xenobiotic reductase A from Pseudomonas putida in complex with et... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a8i
タイトルXenobiotic reductase A from Pseudomonas putida in complex with ethyl (Z)-2-(hydroxyimino)-3-oxobutanoate
要素Xenobiotic reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ene-reductase / complex / oxime / FMN
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH dehydrogenase activity / FMN binding / NADP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NADPH dehydrogenase YqjM-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-L9I / Xenobiotic reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Polidori, N. / Gruber, K.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science Fund オーストリア
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: Mechanistic Insights into the Ene-Reductase-Catalyzed Promiscuous Reduction of Oximes to Amines.
著者: Breukelaar, W.B. / Polidori, N. / Singh, A. / Daniel, B. / Glueck, S.M. / Gruber, K. / Kroutil, W.
履歴
登録2022年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Xenobiotic reductase
D: Xenobiotic reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,55710
ポリマ－81,9282
非ポリマー1,6298
水10,449580
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area23930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.149, 158.863, 49.672
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERTYRTYR(chain 'B' and (resid 2 through 8 or resid 10...BA2 - 82 - 8
12LEULEUASNASN(chain 'B' and (resid 2 through 8 or resid 10...BA10 - 3510 - 35
13TRPTRPASNASN(chain 'B' and (resid 2 through 8 or resid 10...BA37 - 11037 - 110
14PROPROASPASP(chain 'B' and (resid 2 through 8 or resid 10...BA112 - 123112 - 123
15GLYGLYPROPRO(chain 'B' and (resid 2 through 8 or resid 10...BA126 - 145126 - 145
16ALAALAILEILE(chain 'B' and (resid 2 through 8 or resid 10...BA147 - 153147 - 153
17VALVALARGARG(chain 'B' and (resid 2 through 8 or resid 10...BA156 - 209156 - 209
18LEULEUVALVAL(chain 'B' and (resid 2 through 8 or resid 10...BA211 - 218211 - 218
19VALVALPROPRO(chain 'B' and (resid 2 through 8 or resid 10...BA221 - 223221 - 223
110ASNASNGLUGLU(chain 'B' and (resid 2 through 8 or resid 10...BA225 - 242225 - 242
111THRTHRTHRTHR(chain 'B' and (resid 2 through 8 or resid 10...BA244244
112GLUGLUPROPRO(chain 'B' and (resid 2 through 8 or resid 10...BA246 - 307246 - 307
113LEULEULEULEU(chain 'B' and (resid 2 through 8 or resid 10...BA309 - 314309 - 314
114ALAALAGLUGLU(chain 'B' and (resid 2 through 8 or resid 10...BA316 - 360316 - 360
21SERSERTYRTYR(chain 'D' and (resid 2 through 8 or resid 10...DB2 - 82 - 8
22LEULEUASNASN(chain 'D' and (resid 2 through 8 or resid 10...DB10 - 3510 - 35
23TRPTRPASNASN(chain 'D' and (resid 2 through 8 or resid 10...DB37 - 11037 - 110
24PROPROASPASP(chain 'D' and (resid 2 through 8 or resid 10...DB112 - 123112 - 123
25GLYGLYPROPRO(chain 'D' and (resid 2 through 8 or resid 10...DB126 - 145126 - 145
26ALAALAILEILE(chain 'D' and (resid 2 through 8 or resid 10...DB147 - 153147 - 153
27VALVALARGARG(chain 'D' and (resid 2 through 8 or resid 10...DB156 - 209156 - 209
28LEULEUVALVAL(chain 'D' and (resid 2 through 8 or resid 10...DB211 - 218211 - 218
29VALVALPROPRO(chain 'D' and (resid 2 through 8 or resid 10...DB221 - 223221 - 223
210ASNASNGLUGLU(chain 'D' and (resid 2 through 8 or resid 10...DB225 - 242225 - 242
211THRTHRTHRTHR(chain 'D' and (resid 2 through 8 or resid 10...DB244244
212GLUGLUPROPRO(chain 'D' and (resid 2 through 8 or resid 10...DB246 - 307246 - 307
213LEULEULEULEU(chain 'D' and (resid 2 through 8 or resid 10...DB309 - 314309 - 314
214ALAALAGLUGLU(chain 'D' and (resid 2 through 8 or resid 10...DB316 - 360316 - 360

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BD

#1: タンパク質 Xenobiotic reductase / Xenobiotic reductase A


分子量: 40964.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: xenA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9R9V9

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非ポリマー , 6種, 588分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-L9I / ethyl (2Z)-2-hydroxyimino-3-oxidanylidene-butanoate


分子量: 159.140 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H9NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 580 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.1 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 90 mM halogen mix (30 mM NaF, 30 mM NaBr, 30 mM NaI), 5% MPD, 25% PEG 3350, 100 mM Tris pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→44.67 Å / Num. obs: 99224 / % possible obs: 94.33 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 18.18 Å2 / CC1/2: 0.951 / Net I/σ(I): 3.64
反射 シェル解像度: 1.88→1.947 Å / Num. unique obs: 8305 / CC1/2: 0.704

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3n19

3n19


解像度: 1.88→44.67 Å / SU ML: 0.3017 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.56 / 位相誤差: 24.8511
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2367 1440 1.48 %
Rwork0.1838 96114 -
obs0.1846 97554 94.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→44.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5552 0 109 580 6241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00675973
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88368165
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0533849
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00621083
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.70942105
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-1.950.44661250.45698087X-RAY DIFFRACTION79.72
1.95-2.030.27231530.256910040X-RAY DIFFRACTION98.38
2.03-2.120.32611380.24839343X-RAY DIFFRACTION91.73
2.12-2.230.27631470.21029675X-RAY DIFFRACTION94.74
2.23-2.370.27171410.20869465X-RAY DIFFRACTION92.47
2.37-2.550.2381440.16479950X-RAY DIFFRACTION98.15
2.55-2.810.22291510.16889711X-RAY DIFFRACTION95.41
2.81-3.210.18851460.14789980X-RAY DIFFRACTION97.81
3.21-4.050.21591460.14829766X-RAY DIFFRACTION95.7
4.05-44.670.19571490.148210097X-RAY DIFFRACTION99.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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