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万見
- EMDB-8869: Bacteriophage Sf14 Capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8869
タイトルBacteriophage Sf14 Capsid
マップデータIcosahedrally averaged map of capsid of phage Sf14.
試料
  • ウイルス: Bacteriophage Sf14 (ファージ)
生物種Bacteriophage Sf14 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.2 Å
データ登録者Doore SM / Schrad JR / Dean WF / Dover JA / Parent KN
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM110185 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-0939454 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2018
タイトル: Shigella Phages Isolated during a Dysentery Outbreak Reveal Uncommon Structures and Broad Species Diversity.
著者: Sarah M Doore / Jason R Schrad / William F Dean / John A Dover / Kristin N Parent /
要旨: In 2016, Michigan experienced the largest outbreak of shigellosis, a type of bacillary dysentery caused by spp., since 1988. Following this outbreak, we isolated 16 novel -infecting bacteriophages ...In 2016, Michigan experienced the largest outbreak of shigellosis, a type of bacillary dysentery caused by spp., since 1988. Following this outbreak, we isolated 16 novel -infecting bacteriophages (viruses that infect bacteria) from environmental water sources. Most well-known bacteriophages infect the common laboratory species and , and these phages have built the foundation of molecular and bacteriophage biology. Until now, comparatively few bacteriophages were known to infect spp., which are close relatives of We present a comprehensive analysis of these phages' host ranges, genomes, and structures, revealing genome sizes and capsid properties that are shared by very few previously described phages. After sequencing, a majority of the phages were found to have genomes of an uncommon size, shared by only 2% of all reported phage genomes. To investigate the structural implications of this unusual genome size, we used cryo-electron microscopy to resolve their capsid structures. We determined that these bacteriophage capsids have similarly uncommon geometry. Only two other viruses with this capsid structure have been described. Since most well-known bacteriophages infect or , our understanding of bacteriophages has been limited to a subset of well-described systems. Continuing to isolate phages using nontraditional strains of bacteria can fill gaps that currently exist in bacteriophage biology. In addition, the prevalence of phages during a shigellosis outbreak may suggest a potential impact of human health epidemics on local microbial communities. spp. bacteria are causative agents of dysentery and affect more than 164 million people worldwide every year. Despite the need to combat antibiotic-resistant strains, relatively few -infecting bacteriophages have been described. By specifically looking for -infecting phages, this work has identified new isolates that (i) may be useful to combat infections and (ii) fill gaps in our knowledge of bacteriophage biology. The rare qualities of these new isolates emphasize the importance of isolating phages on "nontraditional" laboratory strains of bacteria to more fully understand both the basic biology and diversity of bacteriophages.
履歴
登録2017年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年1月17日-
マップ公開2018年1月17日-
更新2019年12月25日-
現状2019年12月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 171
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 171
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8869.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8869.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Icosahedrally averaged map of capsid of phage Sf14.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.07 Å/pix.
x 679 pix.
= 1405.53 Å		2.07 Å/pix.
x 679 pix.
= 1405.53 Å		2.07 Å/pix.
x 679 pix.
= 1405.53 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 171 / ムービー #1: 171
最小 - 最大-454.23587 - 642.6853
平均 (標準偏差)0.7753399 (±52.68091)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ679679679
Spacing679679679
セルA=B=C: 1405.5299 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.072.072.07
M x/y/z679679679
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1405.5301405.5301405.530
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS679679679
D min/max/mean-454.236642.6850.775

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage Sf14

全体名称: Bacteriophage Sf14 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Bacteriophage Sf14 (ファージ)

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超分子 #1: Bacteriophage Sf14

超分子名称: Bacteriophage Sf14 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 38018 / 生物種: Bacteriophage Sf14 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: PE577
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 786.0 Å / T番号(三角分割数): 9

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC4H11NO3Tris
10.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細1.8 x 10^12 phage/mL

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
温度最低: 83.0 K / 最高: 83.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: JEOL Omega
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 35 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 35 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4866 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3411 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.4 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-25 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 44 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 10.9 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.6 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.4 mm / 倍率（公称値）: 25000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 914 HIGH TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER TOMOGRAPHY HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 278
CTF補正ソフトウェア - 名称: Auto3DEM (ver. 4.05.1)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Random Model Computation
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Auto3DEM (ver. 4.05.1) / 使用した粒子像数: 276
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: Auto3DEM (ver. 4.05.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Number reference projections: 60
Projection matching processing - Angular sampling: 1.0 degrees
ソフトウェア - 名称: Auto3DEM (ver. 4.05.1)
詳細: Iterative procedure starting at 1 degree sampling, ending at 0.4 degrees imposing icosahedral symmetry.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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