+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8847 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of B. subtilis flagellar filaments N226Y | |||||||||
![]() | Cryo-EM structure of B. subtilis flagellar filaments N226Y | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | bacteria flagella / helical polymers / cryo-EM / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
![]() | Wang F / Burrage AM | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: A structural model of flagellar filament switching across multiple bacterial species. 著者: Fengbin Wang / Andrew M Burrage / Sandra Postel / Reece E Clark / Albina Orlova / Eric J Sundberg / Daniel B Kearns / Edward H Egelman / ![]() 要旨: The bacterial flagellar filament has long been studied to understand how a polymer composed of a single protein can switch between different supercoiled states with high cooperativity. Here we ...The bacterial flagellar filament has long been studied to understand how a polymer composed of a single protein can switch between different supercoiled states with high cooperativity. Here we present near-atomic resolution cryo-EM structures for flagellar filaments from both Gram-positive Bacillus subtilis and Gram-negative Pseudomonas aeruginosa. Seven mutant flagellar filaments in B. subtilis and two in P. aeruginosa capture two different states of the filament. These reliable atomic models of both states reveal conserved molecular interactions in the interior of the filament among B. subtilis, P. aeruginosa and Salmonella enterica. Using the detailed information about the molecular interactions in two filament states, we successfully predict point mutations that shift the equilibrium between those two states. Further, we observe the dimerization of P. aeruginosa outer domains without any perturbation of the conserved interior of the filament. Our results give new insights into how the flagellin sequence has been "tuned" over evolution.Bacterial flagellar filaments are composed almost entirely of a single protein-flagellin-which can switch between different supercoiled states in a highly cooperative manner. Here the authors present near-atomic resolution cryo-EM structures of nine flagellar filaments, and begin to shed light on the molecular basis of filament switching. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 39.9 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.2 KB 13.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 117.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 372.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 372 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5wjtMC ![]() 8848C ![]() 8849C ![]() 8850C ![]() 8851C ![]() 8852C ![]() 8853C ![]() 8855C ![]() 8856C ![]() 5wjuC ![]() 5wjvC ![]() 5wjwC ![]() 5wjxC ![]() 5wjyC ![]() 5wjzC ![]() 5wk5C ![]() 5wk6C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cryo-EM structure of B. subtilis flagellar filaments N226Y | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Bacillus subtilis flagella filament
全体 | 名称: Bacillus subtilis flagella filament |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Bacillus subtilis flagella filament
超分子 | 名称: Bacillus subtilis flagella filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Flagellin
分子 | 名称: Flagellin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 41 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 32.710355 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MRINHNIAAL NTLNRLSSNN SASQKNMEKL SSGLRINRAG DDAAGLAISE KMRGQIRGLE MASKNSQDGI SLIQTAEGAL TETHAILQR VRELVVQAGN TGTQDKATDL QSIQDEISAL TDEIDGISNR TEFNGKKLLD GTYKVDTATP ANQKNLVFQI G ANATQQIS ...文字列: MRINHNIAAL NTLNRLSSNN SASQKNMEKL SSGLRINRAG DDAAGLAISE KMRGQIRGLE MASKNSQDGI SLIQTAEGAL TETHAILQR VRELVVQAGN TGTQDKATDL QSIQDEISAL TDEIDGISNR TEFNGKKLLD GTYKVDTATP ANQKNLVFQI G ANATQQIS VNIEDMGADA LGIKEADGSI AALHSVNDLD VTKFADNAAD CADIGFDAQL KVVDEAIYQV SSQRAKLGAV QN RLEHTIN NLSASGENLT AAESRIRDVD MAKEMSEFTK NNILSQASQA MLAQANQQPQ NVLQLLR UniProtKB: Flagellin |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-
試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 6.8 / 詳細: Imidazole buffer |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: negative stain |
グリッド | 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 詳細: Images were stored containing seven parts, where each part represented a set of frames corresponding to a dose of ~20 electrons per Angstrom^2. The full dose image stack was used for the ...詳細: Images were stored containing seven parts, where each part represented a set of frames corresponding to a dose of ~20 electrons per Angstrom^2. The full dose image stack was used for the estimation of the CTF as well as for boxing filaments. Only the first two parts were used for the reconstruction (~5 electrons per Angstrom^2). |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.64 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 65.83 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 詳細: model-map FSC 0.38 cut-off / 使用した粒子像数: 72005 |
---|---|
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: featureless cylinder |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: SPIDER |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
---|---|
得られたモデル | ![]() PDB-5wjt: |