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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8783 | |||||||||
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タイトル | MERS S ectodomain trimer in complex with Fab of neutralizing antibody G4 | |||||||||
![]() | MERS S ectodomain trimer in complex with variable domain of neutralizing antibody G4 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
![]() | Pallesen J / Ward AB | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Immunogenicity and structures of a rationally designed prefusion MERS-CoV spike antigen. 著者: Jesper Pallesen / Nianshuang Wang / Kizzmekia S Corbett / Daniel Wrapp / Robert N Kirchdoerfer / Hannah L Turner / Christopher A Cottrell / Michelle M Becker / Lingshu Wang / Wei Shi / Wing- ...著者: Jesper Pallesen / Nianshuang Wang / Kizzmekia S Corbett / Daniel Wrapp / Robert N Kirchdoerfer / Hannah L Turner / Christopher A Cottrell / Michelle M Becker / Lingshu Wang / Wei Shi / Wing-Pui Kong / Erica L Andres / Arminja N Kettenbach / Mark R Denison / James D Chappell / Barney S Graham / Andrew B Ward / Jason S McLellan / ![]() 要旨: Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) is a lineage C betacoronavirus that since its emergence in 2012 has caused outbreaks in human populations with case-fatality rates of ∼36%. ...Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) is a lineage C betacoronavirus that since its emergence in 2012 has caused outbreaks in human populations with case-fatality rates of ∼36%. As in other coronaviruses, the spike (S) glycoprotein of MERS-CoV mediates receptor recognition and membrane fusion and is the primary target of the humoral immune response during infection. Here we use structure-based design to develop a generalizable strategy for retaining coronavirus S proteins in the antigenically optimal prefusion conformation and demonstrate that our engineered immunogen is able to elicit high neutralizing antibody titers against MERS-CoV. We also determined high-resolution structures of the trimeric MERS-CoV S ectodomain in complex with G4, a stem-directed neutralizing antibody. The structures reveal that G4 recognizes a glycosylated loop that is variable among coronaviruses and they define four conformational states of the trimer wherein each receptor-binding domain is either tightly packed at the membrane-distal apex or rotated into a receptor-accessible conformation. Our studies suggest a potential mechanism for fusion initiation through sequential receptor-binding events and provide a foundation for the structure-based design of coronavirus vaccines. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 93.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 24.7 KB 24.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 86.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 84.2 MB 84.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5w9hMC ![]() 8784C ![]() 8785C ![]() 8786C ![]() 8787C ![]() 8788C ![]() 8789C ![]() 8790C ![]() 8791C ![]() 8792C ![]() 8793C ![]() 5vyhC ![]() 5vzrC ![]() 5w9iC ![]() 5w9jC ![]() 5w9kC ![]() 5w9lC ![]() 5w9mC ![]() 5w9nC ![]() 5w9oC ![]() 5w9pC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | MERS S ectodomain trimer in complex with variable domain of neutralizing antibody G4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.02 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: MERS S ectodomain trimer in complex with variable...
ファイル | emd_8783_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | MERS S ectodomain trimer in complex with variable domain of neutralizing antibody G4 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: MERS S ectodomain trimer in complex with variable...
ファイル | emd_8783_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | MERS S ectodomain trimer in complex with variable domain of neutralizing antibody G4 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : MERS S ectodomain trimer in complex with Fab of neutralizing anti...
全体 | 名称: MERS S ectodomain trimer in complex with Fab of neutralizing antibody G4 |
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要素 |
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-超分子 #1: MERS S ectodomain trimer in complex with Fab of neutralizing anti...
超分子 | 名称: MERS S ectodomain trimer in complex with Fab of neutralizing antibody G4 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 600 KDa |
-分子 #1: MERS S
分子 | 名称: MERS S / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 146.325969 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MIHSVFLLMF LLTPTESYVD VGPDSVKSAC IEVDIQQTFF DKTWPRPIDV SKADGIIYPQ GRTYSNITIT YQGLFPYQGD HGDMYVYSA GHATGTTPQK LFVANYSQDV KQFANGFVVR IGAAANSTGT VIISPSTSAT IRKIYPAFML GSSVGNFSDG K MGRFFNHT ...文字列: MIHSVFLLMF LLTPTESYVD VGPDSVKSAC IEVDIQQTFF DKTWPRPIDV SKADGIIYPQ GRTYSNITIT YQGLFPYQGD HGDMYVYSA GHATGTTPQK LFVANYSQDV KQFANGFVVR IGAAANSTGT VIISPSTSAT IRKIYPAFML GSSVGNFSDG K MGRFFNHT LVLLPDGCGT LLRAFYCILE PRSGNHCPAG NSYTSFATYH TPATDCSDGN YNRNASLNSF KEYFNLRNCT FM YTYNITE DEILEWFGIT QTAQGVHLFS SRYVDLYGGN MFQFATLPVY DTIKYYSIIP HSIRSIQSDR KAWAAFYVYK LQP LTFLLD FSVDGYIRRA IDCGFNDLSQ LHCSYESFDV ESGVYSVSSF EAKPSGSVVE QAEGVECDFS PLLSGTPPQV YNFK RLVFT NCNYNLTKLL SLFSVNDFTC SQISPAAIAS NCYSSLILDY FSYPLSMKSD LSVSSAGPIS QFNYKQSFSN PTCLI LATV PHNLTTITKP LKYSYINKCS RFLSDDRTEV PQLVNANQYS PCVSIVPSTV WEDGDYYRKQ LSPLEGGGWL VASGST VAM TEQLQMGFGI TVQYGTDTNS VCPKLEFAND TKIASQLGNC VEYSLYGVSG RGVFQNCTAV GVRQQRFVYD AYQNLVG YY SDDGNYYCLR ACVSVPVSVI YDKETKTHAT LFGSVACEHI SSTMSQYSRS TRSMLKRRDS TYGPLQTPVG CVLGLVNS S LFVEDCKLPL GQSLCALPDT PSTLTPASVG SVPGEMRLAS IAFNHPIQVD QLNSSYFKLS IPTNFSFGVT QEYIQTTIQ KVTVDCKQYV CNGFQKCEQL LREYGQFCSK INQALHGANL RQDDSVRNLF ASVKSSQSSP IIPGFGGDFN LTLLEPVSIS TGSRSARSA IEDLLFDKVT IADPGYMQGY DDCMQQGPAS ARDLICAQYV AGYKVLPPLM DVNMEAAYTS SLLGSIAGVG W TAGLSSFA AIPFAQSIFY RLNGVGITQQ VLSENQKLIA NKFNQALGAM QTGFTTTNEA FHKVQDAVNN NAQALSKLAS EL SNTFGAI SASIGDIIQR LDPPEQDAQI DRLINGRLTT LNAFVAQQLV RSESAALSAQ LAKDKVNECV KAQSKRSGFC GQG THIVSF VVNAPNGLYF MHVGYYPSNH IEVVSAYGLC DAANPTNCIA PVNGYFIKTN NTRIVDEWSY TGSSFYAPEP ITSL NTKYV APQVTYQNIS TNLPPPLLGN STGIDFQDEL DEFFKNVSTS IPNFGSLTQI NTTLLDLTYE MLSLQQVVKA LNESY IDLK ELGNYTYGSG YIPEAPRDGQ AYVRKDGEWV LLSTFLGRSL EVLFQ |
-分子 #2: G4 VH
分子 | 名称: G4 VH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 25.312352 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QVQLQQSGPE LVRPGVSVKI SCKGSGYTFT DYAIHWVKQS HAKSLEWIGV FSTYYGNTNY NQKFKGRATM TVDKSSSTAY MELARLTSE DSAIYYCARK SYYVDYVDAM DYWGQGTSVT VSSASTTPPS VYPLAPGSAA QTNSMVTLGC LVKGYFPEPV T VTWNSGSL ...文字列: QVQLQQSGPE LVRPGVSVKI SCKGSGYTFT DYAIHWVKQS HAKSLEWIGV FSTYYGNTNY NQKFKGRATM TVDKSSSTAY MELARLTSE DSAIYYCARK SYYVDYVDAM DYWGQGTSVT VSSASTTPPS VYPLAPGSAA QTNSMVTLGC LVKGYFPEPV T VTWNSGSL SSGVHTFPAV LQSDLYTLSS SVTVPSSTWP SETVTCNVAH PASSTKVDKK IVPRDCGKGL EVLFQ |
-分子 #3: G4 VL
分子 | 名称: G4 VL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 23.867367 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: DIVLTQSPAS LAVSLGQRAT ISCRASESVD NYGISFMNWF QQKPGQPPKL LISATSNQGS GVPARFIGSG SGTDFSLNIH PVEEDDTAM YFCQQSKEVP RTFGGGTKLE IKRTDAAPTV SIFPPSSEQL TSGGASVVCF LNNFYPKDIN VKWKIDGSER Q NGVLNSWT ...文字列: DIVLTQSPAS LAVSLGQRAT ISCRASESVD NYGISFMNWF QQKPGQPPKL LISATSNQGS GVPARFIGSG SGTDFSLNIH PVEEDDTAM YFCQQSKEVP RTFGGGTKLE IKRTDAAPTV SIFPPSSEQL TSGGASVVCF LNNFYPKDIN VKWKIDGSER Q NGVLNSWT DQDSKDSTYS MSSTLTLTKD EYERHNSYTC EATHKTSTSP IVKSFNRNEC |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 21 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: TBS |
グリッド | モデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-35 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 1.89 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.7 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | ![]() PDB-5w9h: |