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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8779 | |||||||||
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タイトル | Type II secretin from Enteropathogenic Escherichia coli - GspD | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / cell outer membrane / membrane => GO:0016020 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Hay ID / Belousoff MJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Bacteriol / 年: 2018 タイトル: Structure and Membrane Topography of the Vibrio-Type Secretin Complex from the Type 2 Secretion System of Enteropathogenic Escherichia coli. 著者: Iain D Hay / Matthew J Belousoff / Rhys A Dunstan / Rebecca S Bamert / Trevor Lithgow / 要旨: The β-barrel assembly machinery (BAM) complex is the core machinery for the assembly of β-barrel membrane proteins, and inhibition of BAM complex activity is lethal to bacteria. Discovery of ...The β-barrel assembly machinery (BAM) complex is the core machinery for the assembly of β-barrel membrane proteins, and inhibition of BAM complex activity is lethal to bacteria. Discovery of integral membrane proteins that are key to pathogenesis and yet do not require assistance from the BAM complex raises the question of how these proteins assemble into bacterial outer membranes. Here, we address this question through a structural analysis of the type 2 secretion system (T2SS) secretin from enteropathogenic O127:H6 strain E2348/69. Long β-strands assemble into a barrel extending 17 Å through and beyond the outer membrane, adding insight to how these extensive β-strands are assembled into the outer membrane. The substrate docking chamber of this secretin is shown to be sufficient to accommodate the substrate mucinase SteC. In order to cause disease, bacterial pathogens inhibit immune responses and induce pathology that will favor their replication and dissemination. In Gram-negative bacteria, these key attributes of pathogenesis depend on structures assembled into or onto the outer membrane. One of these is the T2SS. The -type T2SS mediates cholera toxin secretion in , and in O127:H6 strain E2348/69, the same machinery mediates secretion of the mucinases that enable the pathogen to penetrate intestinal mucus and thereby establish deadly infections. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8779.map.gz | 16.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8779-v30.xml emd-8779.xml | 12.5 KB 12.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8779_fsc.xml | 10.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8779.png | 85.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8779 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8779 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8779_validation.pdf.gz | 78.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8779_full_validation.pdf.gz | 77.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8779_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8779 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8779 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8779.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Type II secretin complex from E. coli O127:H6 strain E2348/69 - GspD
全体 | 名称: Type II secretin complex from E. coli O127:H6 strain E2348/69 - GspD |
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要素 |
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-超分子 #1: Type II secretin complex from E. coli O127:H6 strain E2348/69 - GspD
超分子 | 名称: Type II secretin complex from E. coli O127:H6 strain E2348/69 - GspD タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: O127:H6 strain E2348/69 |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: C43 |
-分子 #1: GspD
分子 | 名称: GspD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Homo pentadecamer of GspD bacterial secretin / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: O127:H6 strain E2348/69 |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MFWRDMTLSI WRKKTTGLKT KKRLLPLMLA AALCSSPVWA EEATFTANFK DTDLKSFIET VGANLNKTI IMGPGVQGKV SIRTMTPLNE RQYYQLFLNL LEAQGYAVVP MENDVLKVVK S SAAKVEPL PLVGEGSDNY AGDEMVTKVV PVRNVSVREL APILRQMIDS ...文字列: MFWRDMTLSI WRKKTTGLKT KKRLLPLMLA AALCSSPVWA EEATFTANFK DTDLKSFIET VGANLNKTI IMGPGVQGKV SIRTMTPLNE RQYYQLFLNL LEAQGYAVVP MENDVLKVVK S SAAKVEPL PLVGEGSDNY AGDEMVTKVV PVRNVSVREL APILRQMIDS AGSGNVVNYD PS NVIMLTG RASVVERLTE VIQRVDHAGN RTEEVIPLDN ASASEIARVL ESLTKNSGEN QPA TLKSQI VADERTNSVI VSGDPATRDK MRRLIRRLDS EMERSGNSQV FYLKYSKAED LVDV LKQVS GTLTAAKEEA EGTVGSGREV VSIAASKHSN ALIVTAPQDI MQSLQSVIEQ LDIRR AQVH VEALIVEVAE GSNINFGVQW GSKDAGLMQF ANGTQIPIGT LGAAISAAKP QKGSTV ISE NGATTINPDT NGDLSTLAQL LSGFSGTAVG VVKGDWMALV QAVKNDSSSN VLSTPSI TT LDNQEAFFMV GQDVPVLTGS TVGSNNSNPF NTVERKKVGI MLKVTPQINE GNAVQMVI E QEVSKVEGQT SLDVVFGERK LKTTVLANDG ELIVLGGLMD DQAGESVAKV PLLGDIPLI GNLFKSTADK KEKRNLMVFI RPTILRDGMA ADGVSQRKYN YMRAEQIYRD EQGLSLMPHT AQPILPAQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 127000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.9 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |