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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8747 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of the HO microcompartment shell | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM reconstruction of the HO microcompartment shell | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Haliangium ochraceum (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Sutter M / Greber BJ / Aussignargues C / Kerfeld CA | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Assembly principles and structure of a 6.5-MDa bacterial microcompartment shell. 著者: Markus Sutter / Basil Greber / Clement Aussignargues / Cheryl A Kerfeld / 要旨: Many bacteria contain primitive organelles composed entirely of protein. These bacterial microcompartments share a common architecture of an enzymatic core encapsulated in a selectively permeable ...Many bacteria contain primitive organelles composed entirely of protein. These bacterial microcompartments share a common architecture of an enzymatic core encapsulated in a selectively permeable protein shell; prominent examples include the carboxysome for CO fixation and catabolic microcompartments found in many pathogenic microbes. The shell sequesters enzymatic reactions from the cytosol, analogous to the lipid-based membrane of eukaryotic organelles. Despite available structural information for single building blocks, the principles of shell assembly have remained elusive. We present the crystal structure of an intact shell from , revealing the basic principles of bacterial microcompartment shell construction. Given the conservation among shell proteins of all bacterial microcompartments, these principles apply to functionally diverse organelles and can inform the design and engineering of shells with new functionalities. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8747.map.gz | 6.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8747-v30.xml emd-8747.xml | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8747.png | 261.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8747 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8747 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8747_validation.pdf.gz | 78.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8747_full_validation.pdf.gz | 77.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8747_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8747 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8747 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8747.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM reconstruction of the HO microcompartment shell | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : BMC (bacterial microcompartment) shell
全体 | 名称: BMC (bacterial microcompartment) shell |
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要素 |
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-超分子 #1: BMC (bacterial microcompartment) shell
超分子 | 名称: BMC (bacterial microcompartment) shell / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Haliangium ochraceum (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 (DE3) |
分子量 | 理論値: 6.5 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Protochips CF-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Incubation on grid for 5-7 sec before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 15.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 90 / 平均露光時間: 0.4 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 / 詳細: Semi-automated collection using LEGINON |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率(補正後): 107142 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 100000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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詳細 | Existing high-resolution structures, truncated to poly-alanines, were docked into the map to create a model for molecular replacement phasing of BMC shell X-ray diffraction data. | ||||||||
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |