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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8714 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of B41 SOSIP.664 | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM reconstruction of B41 SOSIP.664 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Pallesen J / Ozorowski G / de Val N / Ward AB | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Open and closed structures reveal allostery and pliability in the HIV-1 envelope spike. 著者: Gabriel Ozorowski / Jesper Pallesen / Natalia de Val / Dmitry Lyumkis / Christopher A Cottrell / Jonathan L Torres / Jeffrey Copps / Robyn L Stanfield / Albert Cupo / Pavel Pugach / John P ...著者: Gabriel Ozorowski / Jesper Pallesen / Natalia de Val / Dmitry Lyumkis / Christopher A Cottrell / Jonathan L Torres / Jeffrey Copps / Robyn L Stanfield / Albert Cupo / Pavel Pugach / John P Moore / Ian A Wilson / Andrew B Ward / 要旨: For many enveloped viruses, binding to a receptor(s) on a host cell acts as the first step in a series of events culminating in fusion with the host cell membrane and transfer of genetic material for ...For many enveloped viruses, binding to a receptor(s) on a host cell acts as the first step in a series of events culminating in fusion with the host cell membrane and transfer of genetic material for replication. The envelope glycoprotein (Env) trimer on the surface of HIV is responsible for receptor binding and fusion. Although Env can tolerate a high degree of mutation in five variable regions (V1-V5), and also at N-linked glycosylation sites that contribute roughly half the mass of Env, the functional sites for recognition of receptor CD4 and co-receptor CXCR4/CCR5 are conserved and essential for viral fitness. Soluble SOSIP Env trimers are structural and antigenic mimics of the pre-fusion native, surface-presented Env, and are targets of broadly neutralizing antibodies. Thus, they are attractive immunogens for vaccine development. Here we present high-resolution cryo-electron microscopy structures of subtype B B41 SOSIP Env trimers in complex with CD4 and antibody 17b, or with antibody b12, at resolutions of 3.7 Å and 3.6 Å, respectively. We compare these to cryo-electron microscopy reconstructions of B41 SOSIP Env trimers with no ligand or in complex with either CD4 or the CD4-binding-site antibody PGV04 at 5.6 Å, 5.2 Å and 7.4 Å resolution, respectively. Consequently, we present the most complete description yet, to our knowledge, of the CD4-17b-induced intermediate and provide the molecular basis of the receptor-binding-induced conformational change required for HIV-1 entry into host cells. Both CD4 and b12 induce large, previously uncharacterized conformational rearrangements in the gp41 subunits, and the fusion peptide becomes buried in a newly formed pocket. These structures provide key details on the biological function of the type I viral fusion machine from HIV-1 as well as new templates for inhibitor design. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8714.map.gz | 37.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8714-v30.xml emd-8714.xml | 23 KB 23 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8714_fsc.xml | 7.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8714.png | 77.7 KB | ||
その他 | emd_8714_additional.map.gz emd_8714_half_map_1.map.gz emd_8714_half_map_2.map.gz | 36.4 MB 31.4 MB 31.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8714 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8714 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8714_validation.pdf.gz | 78.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8714_full_validation.pdf.gz | 77.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8714_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8714 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8714 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8714.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM reconstruction of B41 SOSIP.664 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Cryo-EM reconstruction of B41 SOSIP.664, additional map
ファイル | emd_8714_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM reconstruction of B41 SOSIP.664, additional map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_8714_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_8714_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : HIV-1 Env B41 SOSIP.664
全体 | 名称: HIV-1 Env B41 SOSIP.664 |
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要素 |
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-超分子 #1: HIV-1 Env B41 SOSIP.664
超分子 | 名称: HIV-1 Env B41 SOSIP.664 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
組換発現 | 生物種: homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F |
分子量 | 理論値: 480 KDa |
-分子 #1: HIV-1 Env B41 SOSIP.664 gp41
分子 | 名称: HIV-1 Env B41 SOSIP.664 gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: 9032-08.A1.4685 |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AVGLGA FIL GFLGAAG ST MGAASMAL T VQARLLLSG IVQQQNNLLR APEAQQHML Q LTVWGIKQ LQ ARVLAVE RYL RDQQLL GIWG CSGKI ICCTN VPWN DSWSNK TIN EIWDNMT WM QWEKEIDN Y TQHIYTLLE VSQIQQEKNE QELLELD |
-分子 #2: HIV-1 Env B41 SOSIP.664 gp120
分子 | 名称: HIV-1 Env B41 SOSIP.664 gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: 9032-08.A1.4685 |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVF V SPSQEIHA RF RRGARAA KKW VTVYYG VPVW KEATT TLFCA SDAK AYDTEV HNV WATHACV PT DPNPQEIV L GNVTENFNM WKNNMVEQMH EDIISLWDQ S LKPCVKLT PL CVTLNCN NVN TNNTNN STNA TISDW ...文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVF V SPSQEIHA RF RRGARAA KKW VTVYYG VPVW KEATT TLFCA SDAK AYDTEV HNV WATHACV PT DPNPQEIV L GNVTENFNM WKNNMVEQMH EDIISLWDQ S LKPCVKLT PL CVTLNCN NVN TNNTNN STNA TISDW EKMET GEMK NCSFNV TTS IRDKIKK EY ALFYKLDV V PLENKNNIN NTNITNYRLI NCNTSVITQ A CPKVSFEP IP IHYCAPA GFA ILKCNS KTFN GSGPC TNVST VQCT HGIRPV VST QLLLNGS LA EEEIVIRS E NITDNAKTI IVQLNEAVEI NCTRPNNNT R KSIHIGPG RA FYATGDI IGN IRQAHC NISK ARWNE TLGQI VAKL EEQFPN KTI IFNHSSG GD PEIVTHSF N CGGEFFYCN TTPLFNSTWN NTRTDDYPT G GEQNITLQ CR IKQIINM WQG VGKAMY APPI RGQIR CSSNI TGLL LTRDGG RDQ NGTETFR PG GGNMRDNW R SELYKYKVV KIEPLGIAPT ACKRRVVQR RRR |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: DDM was added to a final concentration of 0.06 mM prior to vitrification | ||||||||||||
グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: 3 uL of sample applied to a holey carbon grid on glow discharged face and blotted manually on sample side until filter paper detached from grid, followed by immediate plunging. | ||||||||||||
詳細 | B41 SOSIP.664 was purified by size exclusion chromatography, and concentrated prior to grid application |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 0.000131 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-35 / 実像数: 2042 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 41.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率(補正後): 38168 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |