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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8703 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | A 3.9 Angstrom resolution density map of the human cytomegalovirus (HCMV) capsid and its securing layer of pp150 tegument protein | |||||||||||||||||||||
![]() | Human herpesvirus 5 strain AD169 | |||||||||||||||||||||
![]() | Human herpesvirus 5 strain AD169 != Human cytomegalovirus (strain AD169) Human herpesvirus 5 strain AD169
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機能・相同性 | ![]() host cell viral assembly compartment / T=16 icosahedral viral capsid / viral tegument / viral capsid assembly / host cell cytoplasmic vesicle / viral process / viral capsid / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Human herpesvirus 5 strain AD169, HHV-5 / ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Yu X / Jih J / Jiang J / Zhou H | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Atomic structure of the human cytomegalovirus capsid with its securing tegument layer of pp150. 著者: Xuekui Yu / Jonathan Jih / Jiansen Jiang / Z Hong Zhou / ![]() 要旨: Herpesviruses possess a genome-pressurized capsid. The 235-kilobase genome of human cytomegalovirus (HCMV) is by far the largest of any herpesvirus, yet it has been unclear how its capsid, which is ...Herpesviruses possess a genome-pressurized capsid. The 235-kilobase genome of human cytomegalovirus (HCMV) is by far the largest of any herpesvirus, yet it has been unclear how its capsid, which is similar in size to those of other herpesviruses, is stabilized. Here we report a HCMV atomic structure consisting of the herpesvirus-conserved capsid proteins MCP, Tri1, Tri2, and SCP and the HCMV-specific tegument protein pp150-totaling ~4000 molecules and 62 different conformers. MCPs manifest as a complex of insertions around a bacteriophage HK97 gp5-like domain, which gives rise to three classes of capsid floor-defining interactions; triplexes, composed of two "embracing" Tri2 conformers and a "third-wheeling" Tri1, fasten the capsid floor. HCMV-specific strategies include using hexon channels to accommodate the genome and pp150 helix bundles to secure the capsid via cysteine tetrad-to-SCP interactions. Our structure should inform rational design of countermeasures against HCMV, other herpesviruses, and even HIV/AIDS. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 2 GB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 265.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Human herpesvirus 5 strain AD169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.61 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Human herpesvirus 5 strain AD169
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Human cytomegalovirus (strain AD169)
超分子 | 名称: Human cytomegalovirus (strain AD169) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10360 / 生物種: Human cytomegalovirus (strain AD169) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 1320.0 Å / T番号(三角分割数): 16 |
-分子 #1: Tegument protein pp150
分子 | 名称: Tegument protein pp150 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human herpesvirus 5 strain AD169, HHV-5 / 株: AD169 |
分子量 | 理論値: 33.232418 KDa |
配列 | 文字列: MSLQFIGLQR RDVVALVNFL RHLTQKPDVD LEAHPKILKK CGEKRLHRRT VLFNELMLWL GYYRELRFHN PDLSSVLEEF EVRCVAVAR RGYTYPFGDR GKARDHLAVL DRTEFDTDVR HDAEIVERAL VSAVILAKMS VRETLVTAIG QTEPIAFVHL K DTEVQRIE ...文字列: MSLQFIGLQR RDVVALVNFL RHLTQKPDVD LEAHPKILKK CGEKRLHRRT VLFNELMLWL GYYRELRFHN PDLSSVLEEF EVRCVAVAR RGYTYPFGDR GKARDHLAVL DRTEFDTDVR HDAEIVERAL VSAVILAKMS VRETLVTAIG QTEPIAFVHL K DTEVQRIE ENLEGVRRNM FCVKPLDLNL DRHANTALVN AVNKLVYTGR LIMNVRRSWE ELERKCLARI QERCKLLVKE LR MCLSFDS NYCRNILKHA VENGDSADTL LELLIEDFDI YVDSFPQS |
-分子 #2: Major capsid protein
分子 | 名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human herpesvirus 5 strain AD169, HHV-5 / 株: AD169 |
分子量 | 理論値: 154.048906 KDa |
配列 | 文字列: MENWSALELL PKVGIPTDFL THVKTSAGEE MFEALRIYYG DDPERYNIHF EAIFGTFCNR LEWVYFLTSG LAAAAHAIKF HDLNKLTTG KMLFHVQVPR VASGAGLPTS RQTTIMVTKY SEKSPITIPF ELSAACLTYL RETFEGTILD KILNVEAMHT V LRALKNTA ...文字列: MENWSALELL PKVGIPTDFL THVKTSAGEE MFEALRIYYG DDPERYNIHF EAIFGTFCNR LEWVYFLTSG LAAAAHAIKF HDLNKLTTG KMLFHVQVPR VASGAGLPTS RQTTIMVTKY SEKSPITIPF ELSAACLTYL RETFEGTILD KILNVEAMHT V LRALKNTA DAMERGLIHS FLQTLLRKAP PYFVVQTLVE NATLARQALN RIQRSNILQS FKAKMLATLF LLNRTRDRDY VL KFLTRLA EAATDSILDN PTTYTTSSGA KISGVMVSTA NVMQIIMSLL SSHITKETVS APATYGNFVL SPENAVTAIS YHS ILADFN SYKAHLTSGQ PHLPNDSLSQ AGAHSLTPLS MDVIRLGEKT VIMENLRRVY KNTDTKDPLE RNVDLTFFFP VGLY LPEDR GYTTVESKVK LNDTVRNALP TTAYLLNRDR AVQKIDFVDA LKTLCHPVLH EPAPCLQTFT ERGPPSEPAM QRLLE CRFQ QEPMGGAARR IPHFYRVRRE VPRTVNEMKQ DFVVTDFYKV GNITLYTELH PFFDFTHCQE NSETVALCTP RIVIGN LPD GLAPGPFHEL RTWEIMEHMR LRPPPDYEET LRLFKTTVTS PNYPELCYLV DVLVHGNVDA FLLIRTFVAR CIVNMFH TR QLLVFAHSYA LVTLIAEHLA DGALPPQLLF HYRNLVAVLR LVTRISALPG LNNGQLAEEP LSAYVNALHD HRLWPPFV T HLPRNMEGVQ VVADRQPLNP ANIEARHHGV SDVPRLGAMD ADEPLFVDDY RATDDEWTLQ KVFYLCLMPA MTNNRACGL GLNLKTLLVD LFYRPAFLLM PAATAVSTSG TTSKESTSGV TPEDSIAAQR QAVGEMLTEL VEDVATDAHT PLLQACRELF LAVQFVGEH VKVLEVRAPL DHAQRQGLPD FISRQHVLYN GCCVVTAPKT LIEYSLPVPF HRFYSNPTIC AALSDDIKRY V TEFPHYHR HDGGFPLPTA FAHEYHNWLR SPFSRYSATC PNVLHSVMTL AAMLYKISPV SLVLQTKAHI HPGFALTAVR TD TFEVDML LYSGKSCTSV IINNPIVTKE ERDISTTYHV TQNINTVDMG LGYTSNTCVA YVNRVRTDMG VRVQDLFRVF PMN VYRHDE VDRWIRHAAG VERPQLLDTE TISMLTFGSM SERNAAATVH GQKAACELIL TPVTMDVNYF KIPNNPRGRA SCML AVDPY DTEAATKAIY DHREADAQTF AATHNPWASQ AGCLSDVLYN TRHRERLGYN SKFYSPCAQY FNTEEIIAAN KTLFK TIDE YLLRAKDCIR GDTDTQYVCV EGTEQLIENP CRLTQEALPI LSTTTLALME TKLKGGAGAF ATSETHFGNY VVGEII PLQ QSMLFNS |
-分子 #3: Small capsomere-interacting protein
分子 | 名称: Small capsomere-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human herpesvirus 5 strain AD169, HHV-5 / 株: AD169 |
分子量 | 理論値: 8.495924 KDa |
配列 | 文字列: MSNTAPGPTV ANKRDEKHRH VVNVVLELPT EISEATHPVL ATMLSKYTRM SSLFNDKCAF KLDLLRMVAV SRTRR |
-分子 #4: Triplex capsid protein 1
分子 | 名称: Triplex capsid protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human herpesvirus 5 strain AD169, HHV-5 / 株: AD169 |
分子量 | 理論値: 33.07127 KDa |
配列 | 文字列: MDARAVAKRP RDPADEDNEL VTALKAKREV NTISVRYLYH ADHQALTARF FVPEGLVEFE AQPGALLIRM ETGCDSPRHL YISLYLLGI RASNVSASTR CLLESVYTAS AARAALQWLD LGPHLLHRRL ETLGCVKTVS LGITSLLTCV MRGYLYNTLK T EVFALMIP ...文字列: MDARAVAKRP RDPADEDNEL VTALKAKREV NTISVRYLYH ADHQALTARF FVPEGLVEFE AQPGALLIRM ETGCDSPRHL YISLYLLGI RASNVSASTR CLLESVYTAS AARAALQWLD LGPHLLHRRL ETLGCVKTVS LGITSLLTCV MRGYLYNTLK T EVFALMIP KDMYLTWEET RGRLQYVYLI IVYDYDGPET RPGIYVLTSS IAHWQTLVDV ARGKFARERC SFVNRRITRP RQ IPLCTGV IQKLGWCLAD DIHTSFLVHK ELKLSVVRLD NFSVELGDFR EFV |
-分子 #5: Triplex capsid protein 2
分子 | 名称: Triplex capsid protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human herpesvirus 5 strain AD169, HHV-5 / 株: AD169 |
分子量 | 理論値: 34.63575 KDa |
配列 | 文字列: MAAMEANIFC TFDHKLSIAD VGKLTKLVAA VVPIPQRLHL IKHYQLGLHQ FVDHTRGYVR LRGLLRNMTL TLMRRVEGNQ ILLHVPTHG LLYTVLNTGP VTWEKGDALC VLPPLFHGPL ARENLLTLGQ WELVLPWIVP MPLALEINQR LLIMGLFSLD R SYEEVKAA ...文字列: MAAMEANIFC TFDHKLSIAD VGKLTKLVAA VVPIPQRLHL IKHYQLGLHQ FVDHTRGYVR LRGLLRNMTL TLMRRVEGNQ ILLHVPTHG LLYTVLNTGP VTWEKGDALC VLPPLFHGPL ARENLLTLGQ WELVLPWIVP MPLALEINQR LLIMGLFSLD R SYEEVKAA VQQLQTITFR DATFTIPDPV IDQHLLIDMK TACLSMSMVA NLASELTMTY VRKLALEDSS MLLVKCQELL MR LDRERSV GEPRTPARPQ HVSPDDEIAR LSALFVMLRQ LDDLIREQVV FTVCDVSPDN KSATCIFKG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 2.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 39600 |
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初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |