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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8688 | |||||||||
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タイトル | GluA2-2xGSG1L bound to L-Quisqualate | |||||||||
マップデータ | GluA2-2xGSG1L bound to L-Quisqualate | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor activity / regulation of AMPA receptor activity / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity ...regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor activity / regulation of AMPA receptor activity / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / cellular response to glycine / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / glutamate-gated receptor activity / response to fungicide / presynaptic active zone membrane / glutamate-gated calcium ion channel activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / somatodendritic compartment / dendrite membrane / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / cytoskeletal protein binding / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / ionotropic glutamate receptor binding / dendrite cytoplasm / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / SNARE binding / dendritic shaft / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / PDZ domain binding / protein tetramerization / postsynaptic density membrane / establishment of protein localization / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / terminal bouton / receptor internalization / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / signaling receptor activity / presynaptic membrane / amyloid-beta binding / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / perikaryon / postsynaptic membrane / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / synapse / protein-containing complex binding / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Twomey EC / Yelshanskaya MV / Grassucci RA / Frank J / Sobolevsky AI | |||||||||
引用 | ジャーナル: Neuron / 年: 2017 タイトル: Structural Bases of Desensitization in AMPA Receptor-Auxiliary Subunit Complexes. 著者: Edward C Twomey / Maria V Yelshanskaya / Robert A Grassucci / Joachim Frank / Alexander I Sobolevsky / 要旨: Fast excitatory neurotransmission is mediated by AMPA-subtype ionotropic glutamate receptors (AMPARs). AMPARs, localized at post-synaptic densities, are regulated by transmembrane auxiliary subunits ...Fast excitatory neurotransmission is mediated by AMPA-subtype ionotropic glutamate receptors (AMPARs). AMPARs, localized at post-synaptic densities, are regulated by transmembrane auxiliary subunits that modulate AMPAR assembly, trafficking, gating, and pharmacology. Aberrancies in AMPAR-mediated signaling are associated with numerous neurological disorders. Here, we report cryo-EM structures of an AMPAR in complex with the auxiliary subunit GSG1L in the closed and desensitized states. GSG1L favors the AMPAR desensitized state, where channel closure is facilitated by profound structural rearrangements in the AMPAR extracellular domain, with ligand-binding domain dimers losing their local 2-fold rotational symmetry. Our structural and functional experiments suggest that AMPAR auxiliary subunits share a modular architecture and use a common transmembrane scaffold for distinct extracellular modules to differentially regulate AMPAR gating. By comparing the AMPAR-GSG1L complex structures, we map conformational changes accompanying AMPAR recovery from desensitization and reveal structural bases for regulation of synaptic transmission by auxiliary subunits. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8688.map.gz | 13.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8688-v30.xml emd-8688.xml | 11.7 KB 11.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8688.png | 22.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8688 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8688 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8688_validation.pdf.gz | 312.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8688_full_validation.pdf.gz | 312 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8688_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8688_validation.cif.gz | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8688 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8688 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8688.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | GluA2-2xGSG1L bound to L-Quisqualate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : GluA2-2xGSG1L bound to L-Quisqualate cryo-EM density
全体 | 名称: GluA2-2xGSG1L bound to L-Quisqualate cryo-EM density |
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要素 |
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-超分子 #1: GluA2-2xGSG1L bound to L-Quisqualate cryo-EM density
超分子 | 名称: GluA2-2xGSG1L bound to L-Quisqualate cryo-EM density タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
組換発現 | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
-分子 #1: Glutamate receptor 2,Germ cell-specific gene 1-like protein
分子 | 名称: Glutamate receptor 2,Germ cell-specific gene 1-like protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 117.471211 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: NSIQIGGLFP RGADQEYSAF RVGMVQFSTS EFRLTPHIDN LEVANSFAVT NAFCSQFSRG VYAIFGFYDK KSVNTITSFC GTLHVSFIT PSFPTDGTHP FVIQMRPDLK GALLSLIEYY QWDKFAYLYD SDRGLSTLQA VLDSAAEKKW QVTAINVGNI N NDKKDETY ...文字列: NSIQIGGLFP RGADQEYSAF RVGMVQFSTS EFRLTPHIDN LEVANSFAVT NAFCSQFSRG VYAIFGFYDK KSVNTITSFC GTLHVSFIT PSFPTDGTHP FVIQMRPDLK GALLSLIEYY QWDKFAYLYD SDRGLSTLQA VLDSAAEKKW QVTAINVGNI N NDKKDETY RSLFQDLELK KERRVILDCE RDKVNDIVDQ VITIGKHVKG YHYIIANLGF TDGDLLKIQF GGAEVSGFQI VD YDDSLVS KFIERWSTLE EKEYPGAHTA TIKYTSALTY DAVQVMTEAF RNLRKQRIEI SRRGNAGDCL ANPAVPWGQG VEI ERALKQ VQVEGLSGNI KFDQNGKRIN YTINIMELKT NGPRKIGYWS EVDKMVLTED DTSGLEQKTV VVTTILESPY VMMK KNHEM LEGNERYEGY CVDLAAEIAK HCGFKYKLTI VGDGKYGARD ADTKIWNGMV GELVYGKADI AIAPLTITLV REEVI DFSK PFMSLGISIM IKKPQKSKPG VFSFLDPLAY EIWMCIVFAY IGVSVVLFLV SRFSPYEWHT EEFEDGRETQ SSESTN EFG IFNSLWFSLG AFMQQGCDIS PRSLSGRIVG GVWWFFTLII ISSYTANLAA FLTVERMVSP IESAEDLSKQ TEIAYGT LD SGSTKEFFRR SKIAVFDKMW TYMRSAEPSV FVRTTAEGVA RVRKSKGKYA YLLESTMNEY IEQRKPCDTM KVGGNLDS K GYGIATPKGS SLGTPVNLAV LKLSEQGVLD KLKNKWWYDK GECGAKDSGS KEKTSALSLS NVAGVFYILV GGLGLAMLV ALIEFCYKSR AEAKRMKGTG KTSRRGRALL AVALNLLALL FATTAFLTTY WCQGTQRVPK PGCGQGGGAN CPNSGANATA NSTAAPVAA SPAGAPYSWE AGDERFQLRR FHTGIWYSCE EELGGPGEKC RSFIDLAPAS EKGVLWLSVV SEVLYILLLV V GFSLMCLE LLHSSSVIDG LKLNAFAAVF TVLSGLLGMV AHMMYTQVFQ VTVSLGPEDW RPHSWDYGWS FCLAWGSFTC CM AASVTTL NSYTKTVIEF |
-分子 #2: (S)-2-AMINO-3-(3,5-DIOXO-[1,2,4]OXADIAZOLIDIN-2-YL)-PROPIONIC ACID
分子 | 名称: (S)-2-AMINO-3-(3,5-DIOXO-[1,2,4]OXADIAZOLIDIN-2-YL)-PROPIONIC ACID タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: QUS |
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分子量 | 理論値: 189.126 Da |
Chemical component information | ChemComp-QUS: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE 詳細: Gold-gold grids, hydrogen and oxygen glow discharge (20s, 10 watts, 6.4 sccm H2, 27.5 sccm O2) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | GluA2-2xGSG1L bound to L-Quisqualate |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 67.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: GluA2-2xGSG1L ZK map |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 51130 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |