[日本語] English
万見
- EMDB-8624: Cryo EM structure of anti-CRISPRs, AcrF1 and AcrF2, bound to type... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8624
タイトルCryo EM structure of anti-CRISPRs, AcrF1 and AcrF2, bound to type I-F crRNA-guided CRISPR surveillance complex
マップデータCryo EM map of the Csy-Acr complex.
試料
  • 複合体: Anti-CRISPRs AcrF1 and AcrF2 bound P. aeruginosa crRNA-guided CRISPR surveillance(Csy)complex.
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy1
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy2
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy3
    • タンパク質・ペプチド: Anti-CRISPR protein Acr30-35
    • タンパク質・ペプチド: Anti-CRISPR protein 30
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
    • RNA: CRISPR RNA (60-MER)
キーワードCRISPR RNA-recognition-motif (RRM) / pseudo-helical / Type 1-F CRISPR / IMMUNE SYSTEM-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host CRISPR-cas system / symbiont-mediated suppression of host adaptive immune response / maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Anti-CRISPR protein Acr30-35/AcrF1 / CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy1) / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST superfamily / CRISPR-associated protein (Cas_Csy4) / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy2) / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3)
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4 / Anti-CRISPR protein 30
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌) / Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) / Pseudomonas phage JBD30 (ファージ) / Pseudomonas phage D3112 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Chowdhury S / Carter J
資金援助 米国, カナダ, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM103500, P30GM110732-03, R01GM110270, R01GM108888, P20GM103474, F32GM108436, DP2EB020402, DP5OD021344 米国
National Science Foundation (NSF, United States)EPS-110134 米国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-130482, MOP-136845 カナダ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structure Reveals Mechanisms of Viral Suppressors that Intercept a CRISPR RNA-Guided Surveillance Complex.
著者: Saikat Chowdhury / Joshua Carter / MaryClare F Rollins / Sarah M Golden / Ryan N Jackson / Connor Hoffmann / Lyn'Al Nosaka / Joseph Bondy-Denomy / Karen L Maxwell / Alan R Davidson / ...著者: Saikat Chowdhury / Joshua Carter / MaryClare F Rollins / Sarah M Golden / Ryan N Jackson / Connor Hoffmann / Lyn'Al Nosaka / Joseph Bondy-Denomy / Karen L Maxwell / Alan R Davidson / Elizabeth R Fischer / Gabriel C Lander / Blake Wiedenheft /
要旨: Genetic conflict between viruses and their hosts drives evolution and genetic innovation. Prokaryotes evolved CRISPR-mediated adaptive immune systems for protection from viral infection, and viruses ...Genetic conflict between viruses and their hosts drives evolution and genetic innovation. Prokaryotes evolved CRISPR-mediated adaptive immune systems for protection from viral infection, and viruses have evolved diverse anti-CRISPR (Acr) proteins that subvert these immune systems. The adaptive immune system in Pseudomonas aeruginosa (type I-F) relies on a 350 kDa CRISPR RNA (crRNA)-guided surveillance complex (Csy complex) to bind foreign DNA and recruit a trans-acting nuclease for target degradation. Here, we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the Csy complex bound to two different Acr proteins, AcrF1 and AcrF2, at an average resolution of 3.4 Å. The structure explains the molecular mechanism for immune system suppression, and structure-guided mutations show that the Acr proteins bind to residues essential for crRNA-mediated detection of DNA. Collectively, these data provide a snapshot of an ongoing molecular arms race between viral suppressors and the immune system they target.
履歴
登録2017年2月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年4月26日-
マップ公開2017年4月26日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0274
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0274
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5uz9
  • 表面レベル: 0.0274
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8624.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8624.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 35.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo EM map of the Csy-Acr complex.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0274 / ムービー #1: 0.0274
最小 - 最大-0.10289869 - 0.17144284
平均 (標準偏差)0.0007336988 (±0.006945551)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ210210210
Spacing210210210
セルA=B=C: 216.29999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z210210210
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z216.300216.300216.300
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-36
NX/NY/NZ528549
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS210210210
D min/max/mean-0.1030.1710.001

-
添付データ

-
追加マップ: Focused map of the "tail" region of Csy-Acr...

ファイルemd_8624_additional_1.map
注釈Focused map of the "tail" region of Csy-Acr complex, comprising of Cas5, Cas8 and Acr2 subunits.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Unsharpened Cryo EM map of the Csy-Acr complex.

ファイルemd_8624_additional_2.map
注釈Unsharpened Cryo EM map of the Csy-Acr complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map 2 of the Csy-Acr complex.

ファイルemd_8624_half_map_1.map
注釈Half-map 2 of the Csy-Acr complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map 1 of the Csy-Acr complex.

ファイルemd_8624_half_map_2.map
注釈Half-map 1 of the Csy-Acr complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Anti-CRISPRs AcrF1 and AcrF2 bound P. aeruginosa crRNA-guided CRI...

全体名称: Anti-CRISPRs AcrF1 and AcrF2 bound P. aeruginosa crRNA-guided CRISPR surveillance(Csy)complex.
要素
  • 複合体: Anti-CRISPRs AcrF1 and AcrF2 bound P. aeruginosa crRNA-guided CRISPR surveillance(Csy)complex.
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy1
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy2
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy3
    • タンパク質・ペプチド: Anti-CRISPR protein Acr30-35
    • タンパク質・ペプチド: Anti-CRISPR protein 30
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
    • RNA: CRISPR RNA (60-MER)

-
超分子 #1: Anti-CRISPRs AcrF1 and AcrF2 bound P. aeruginosa crRNA-guided CRI...

超分子名称: Anti-CRISPRs AcrF1 and AcrF2 bound P. aeruginosa crRNA-guided CRISPR surveillance(Csy)complex.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Cas5F, Cas6F, Cas7F, Cas8F and CRISPR RNA (crRNA) forms the Csy surveillance complex. Cas5F, Cas8F and 5'crRNA handle forms the "tail" of the complex, and 3' crRNA stem-loop along with Cas6F ...詳細: Cas5F, Cas6F, Cas7F, Cas8F and CRISPR RNA (crRNA) forms the Csy surveillance complex. Cas5F, Cas8F and 5'crRNA handle forms the "tail" of the complex, and 3' crRNA stem-loop along with Cas6F forms the "head". Six copies Cas7F along with crRNA spacer forms the "core" of the complex.
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
分子量理論値: 450 KDa

-
分子 #1: CRISPR-associated protein Csy1

分子名称: CRISPR-associated protein Csy1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14
分子量理論値: 49.194168 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTSPLPTPTW QELRQFIESF IQERLQGKLD KLQPDEDDKR QTLLATHRRE AWLADAARRV GQLQLVTHTL KPIHPDARGS NLHSLPQAP GQPGLAGSHE LGDRLVSDVV GNAAALDVFK FLSLQYQGKN LLNWLTEDSA EALQALSDNA EQAREWRQAF I GITTVKGA ...文字列:
MTSPLPTPTW QELRQFIESF IQERLQGKLD KLQPDEDDKR QTLLATHRRE AWLADAARRV GQLQLVTHTL KPIHPDARGS NLHSLPQAP GQPGLAGSHE LGDRLVSDVV GNAAALDVFK FLSLQYQGKN LLNWLTEDSA EALQALSDNA EQAREWRQAF I GITTVKGA PASHSLAKQL YFPLPGSGYH LLAPLFPTSL VHHVHALLRE ARFGDAAKAA REARSRQESW PHGFSEYPNL AI QKFGGTK PQNISQLNNE RRGENWLLPS LPPNWQRQNV NAPMRHSSVF EHDFGRTPEV SRLTRTLQRF LAKTVHNNLA IRQ RRAQLV AQICDEALQY AARLRELEPG WSATPGCQLH DAEQLWLDPL RAQTDETFLQ RRLRGDWPAE VGNRFANWLN RAVS SDSQI LGSPEAAQWS QELSKELTMF KEILEDERD

UniProtKB: CRISPR-associated protein Csy1

-
分子 #2: CRISPR-associated protein Csy2

分子名称: CRISPR-associated protein Csy2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14
分子量理論値: 36.244074 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSVTDPEALL LLPRLSIQNA NAISSPLTWG FPSPGAFTGF VHALQRRVGI SLDIELDGVG IVCHRFEAQI SQPAGKRTKV FNLTRNPLN RDGSTAAIVE EGRAHLEVSL LLGVHGDGLD DHPAQEIARQ VQEQAGAMRL AGGSILPWCN ERFPAPNAEL L MLGGSDEQ ...文字列:
MSVTDPEALL LLPRLSIQNA NAISSPLTWG FPSPGAFTGF VHALQRRVGI SLDIELDGVG IVCHRFEAQI SQPAGKRTKV FNLTRNPLN RDGSTAAIVE EGRAHLEVSL LLGVHGDGLD DHPAQEIARQ VQEQAGAMRL AGGSILPWCN ERFPAPNAEL L MLGGSDEQ RRKNQRRLTR RLLPGFALVS REALLQQHLE TLRTTLPEAT TLDALLDLCR INFEPPATSS EEEASPPDAA WQ VRDKPGW LVPIPAGYNA LSPLYLPGEV RNARDRETPL RFVENLFGLG EWLSPHRVAA LSDLLWYHHA EPDKGLYRWS TPR FVEHAI A

UniProtKB: CRISPR-associated protein Csy2

-
分子 #3: CRISPR-associated protein Csy3

分子名称: CRISPR-associated protein Csy3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14
分子量理論値: 37.448078 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SKPILSTASV LAFERKLDPS DALMSAGAWA QRDASQEWPA VTVREKSVRG TISNRLKTKD RDPAKLDASI QSPNLQTVDV ANLPSDADT LKVRFTLRVL GGAGTPSACN DAAYRDKLLQ TVATYVNDQG FAELARRYAH NLANARFLWR NRVGAEAVEV R INHIRQGE ...文字列:
SKPILSTASV LAFERKLDPS DALMSAGAWA QRDASQEWPA VTVREKSVRG TISNRLKTKD RDPAKLDASI QSPNLQTVDV ANLPSDADT LKVRFTLRVL GGAGTPSACN DAAYRDKLLQ TVATYVNDQG FAELARRYAH NLANARFLWR NRVGAEAVEV R INHIRQGE VARAWRFDAL AIGLRDFKAD AELDALAELI ASGLSGSGHV LLEVVAFARI GDGQEVFPSQ ELILDKGDKK GQ KSKTLYS VRDAAAIHSQ KIGNALRTID TWYPDEDGLG PIAVEPYGSV TSQGKAYRQP KQKLDFYTLL DNWVLRDEAP AVE QQHYVI ANLIRGGVFG EAEEK

UniProtKB: CRISPR-associated protein Csy3

-
分子 #4: Anti-CRISPR protein Acr30-35

分子名称: Anti-CRISPR protein Acr30-35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
分子量理論値: 8.693734 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
KFIKYLSTAH LNYMNIAVYE NGSKIKARVE NVVNGKSVGA RDFDSTEQLE SWFYGLPGSG LGRIENAMNE ISRRENP

UniProtKB: Uncharacterized protein

-
分子 #5: Anti-CRISPR protein 30

分子名称: Anti-CRISPR protein 30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage D3112 (ファージ)
分子量理論値: 10.760481 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MHHHHHHIAQ QHKDTVAACE AAEAIAIAKD QVWDGEGYTK YTFDDNSVLI QSGTTQYAMD ADDADSIKGY ADWLDDEARS AEASEIERL LESVEEE

UniProtKB: Anti-CRISPR protein 30

-
分子 #6: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4

分子名称: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14
分子量理論値: 21.691848 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: FTMDHYLDIR LRPDPEFPPA QLMCVLFGKL HQALVAQGGD RIGVSFPDLD ESRSRLGERL RIHASADDLR ALLARPWLEG LRDHLQFGE PAVVPHPTPY RQVSRVQAKS NPERLRRRLM RRHDLSEEEA RKRIPDTVAR ALDLPFVTLR SQSTGQHFRL F IRHGPLQV ...文字列:
FTMDHYLDIR LRPDPEFPPA QLMCVLFGKL HQALVAQGGD RIGVSFPDLD ESRSRLGERL RIHASADDLR ALLARPWLEG LRDHLQFGE PAVVPHPTPY RQVSRVQAKS NPERLRRRLM RRHDLSEEEA RKRIPDTVAR ALDLPFVTLR SQSTGQHFRL F IRHGPLQV TAEEGGFTCY GLSKGGFVPW F

UniProtKB: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4

-
分子 #7: CRISPR RNA (60-MER)

分子名称: CRISPR RNA (60-MER) / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
分子量理論値: 19.249404 KDa
配列文字列:
CUAAGAAAUU CACGGCGGGC UUGAUGUCCG CGUCUACCUG GUUCACUGCC GUAUAGGCAG

GENBANK: GENBANK: CP000438.1

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris
100.0 mMKClPotassium Chloride
1.0 mMC9H15O6PTCEP

詳細: Buffer was filtered before use.
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 5 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
詳細: Holey grid was coated with an amorphous carbon film.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Sample was applied to poly-L-lysine hydrobromide pre-treated amorphous carbon film coated over a holey grid. Excess sample was blotted with Whatman-1 filter paper and plunge frozen. Manual ...詳細: Sample was applied to poly-L-lysine hydrobromide pre-treated amorphous carbon film coated over a holey grid. Excess sample was blotted with Whatman-1 filter paper and plunge frozen. Manual plunge freezing was performed in a cold room..
詳細Sample was free from any aggregation and monodisperse.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 77.0 K / 最高: 79.0 K
詳細Objective astigmatism was corrected at nominal magnification of 29000X, using Thon rings visualized with a K2 camera.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2261 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 46.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie mode using Leginon automated data acquisition software. Movie frames were aligned using MotionCorr program.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細Raw movie frames were aligned using MotionCorr.
粒子像選択選択した数: 199348
詳細: Template based particle picking was done using FindEM program implemented in Appion processing package.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: A negative stain reconstruction was used as initial model.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
詳細: Per-frame dose weighting was performed using the RELION particle polishing method. A B-factor of -71 square angstrom was applied to sharpen the final map. Signal subtracted focused ...詳細: Per-frame dose weighting was performed using the RELION particle polishing method. A B-factor of -71 square angstrom was applied to sharpen the final map. Signal subtracted focused classification and refinement was performed for the "tail" region of the complex. This lead to a 4 angstrom (Gold standard FSC 0.143) map.
使用した粒子像数: 51212
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

詳細Top scoring five models out of two hundred models generated using Rosetta were refined using Phenix and deposited as an ensemble atomic model for the final EM map.
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-5uz9:
Cryo EM structure of anti-CRISPRs, AcrF1 and AcrF2, bound to type I-F crRNA-guided CRISPR surveillance complex

-
原子モデル構築 2

詳細The docked Cas6F structure in the "head" region of the complex was reduced to C-alpha backbone.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5uz9:
Cryo EM structure of anti-CRISPRs, AcrF1 and AcrF2, bound to type I-F crRNA-guided CRISPR surveillance complex

-
原子モデル構築 3

詳細Initially two copies were fitted using Chimera and then backbones and side chains were fixed using Coot, followed by real space refinement in Phenix.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5uz9:
Cryo EM structure of anti-CRISPRs, AcrF1 and AcrF2, bound to type I-F crRNA-guided CRISPR surveillance complex

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る