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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8597 | |||||||||
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タイトル | 70S ribosome complex with dnaX mRNA stem-loop and E-site tRNA ("out" conformation) | |||||||||
マップデータ | 70S ribosome complex with dnaX mRNA stem-loop and E-site tRNA ("out" conformation) | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) / Escherichia coli K-12 (大腸菌) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang Y / Hong S / Skiniotis G / Dunham CM | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2018 タイトル: Alternative Mode of E-Site tRNA Binding in the Presence of a Downstream mRNA Stem Loop at the Entrance Channel. 著者: Yan Zhang / Samuel Hong / Ajchareeya Ruangprasert / Georgios Skiniotis / Christine M Dunham / 要旨: Structured mRNAs positioned downstream of the ribosomal decoding center alter gene expression by slowing protein synthesis. Here, we solved the cryo-EM structure of the bacterial ribosome bound to an ...Structured mRNAs positioned downstream of the ribosomal decoding center alter gene expression by slowing protein synthesis. Here, we solved the cryo-EM structure of the bacterial ribosome bound to an mRNA containing a 3' stem loop that regulates translation. Unexpectedly, the E-site tRNA adopts two distinct orientations. In the first structure, normal interactions with the 50S and 30S E site are observed. However, in the second structure, although the E-site tRNA makes normal interactions with the 50S E site, its anticodon stem loop moves ∼54 Å away from the 30S E site to interact with the 30S head domain and 50S uL5. This position of the E-site tRNA causes the uL1 stalk to adopt a more open conformation that likely represents an intermediate state during E-site tRNA dissociation. These results suggest that structured mRNAs at the entrance channel restrict 30S subunit movement required during translation to slow E-site tRNA dissociation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8597.map.gz | 201.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8597-v30.xml emd-8597.xml | 67 KB 67 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8597.png | 195.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8597 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8597 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8597_validation.pdf.gz | 594.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8597_full_validation.pdf.gz | 593.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8597_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8597_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8597 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8597 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8597.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 70S ribosome complex with dnaX mRNA stem-loop and E-site tRNA ("out" conformation) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : 70S-dnaX complex
+超分子 #1: 70S-dnaX complex
+分子 #1: 23S rRNA
+分子 #2: 5S rRNA
+分子 #32: 16S rRNA
+分子 #53: P-site tRNA fMet
+分子 #55: E-site tRNA Phe
+分子 #56: messenger RNA
+分子 #3: 50S ribosomal protein L2
+分子 #4: 50S ribosomal protein L3
+分子 #5: 50S ribosomal protein L4
+分子 #6: 50S ribosomal protein L5
+分子 #7: 50S ribosomal protein L6
+分子 #8: 50S ribosomal protein L9
+分子 #9: 50S ribosomal protein L13
+分子 #10: 50S ribosomal protein L14
+分子 #11: 50S ribosomal protein L15
+分子 #12: 50S ribosomal protein L16
+分子 #13: 50S ribosomal protein L17
+分子 #14: 50S ribosomal protein L18
+分子 #15: 50S ribosomal protein L19
+分子 #16: 50S ribosomal protein L20
+分子 #17: 50S ribosomal protein L21
+分子 #18: 50S ribosomal protein L22
+分子 #19: 50S ribosomal protein L23
+分子 #20: 50S ribosomal protein L24
+分子 #21: 50S ribosomal protein L25
+分子 #22: 50S ribosomal protein L27
+分子 #23: 50S ribosomal protein L28
+分子 #24: 50S ribosomal protein L29
+分子 #25: 50S ribosomal protein L30
+分子 #26: 50S ribosomal protein L31
+分子 #27: 50S ribosomal protein L32
+分子 #28: 50S ribosomal protein L33
+分子 #29: 50S ribosomal protein L34
+分子 #30: 50S ribosomal protein L35
+分子 #31: 50S ribosomal protein L36
+分子 #33: 30S ribosomal protein S2
+分子 #34: 30S ribosomal protein S3
+分子 #35: 30S ribosomal protein S4
+分子 #36: 30S ribosomal protein S5
+分子 #37: 30S ribosomal protein S6
+分子 #38: 30S ribosomal protein S7
+分子 #39: 30S ribosomal protein S8
+分子 #40: 30S ribosomal protein S9
+分子 #41: 30S ribosomal protein S10
+分子 #42: 30S ribosomal protein S11
+分子 #43: 30S ribosomal protein S12
+分子 #44: 30S ribosomal protein S13
+分子 #45: 30S ribosomal protein S14 type Z
+分子 #46: 30S ribosomal protein S15
+分子 #47: 30S ribosomal protein S16
+分子 #48: 30S ribosomal protein S17
+分子 #49: 30S ribosomal protein S18
+分子 #50: 30S ribosomal protein S19
+分子 #51: 30S ribosomal protein S20
+分子 #52: 30S ribosomal protein Thx
+分子 #54: 50S ribosomal protein L1
+分子 #57: ZINC ION
+分子 #58: IRON/SULFUR CLUSTER
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 36361 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-5uq8: |