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万見
- EMDB-8573: HIV-1 CH505 Transmitted Founder SOSIP.664 Env trimer in Complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8573
タイトルHIV-1 CH505 Transmitted Founder SOSIP.664 Env trimer in Complex with the DH576 Fab from the RV305 Trial
マップデータNegative Stain EM Reconstruction of the DH576 Fab in complex with the HIV CH505 SOSIP.664 trimer
試料
  • 複合体: HIV-1 CH505 Transmitted Founder SOSIP.664 Env trimer in Complex with the DH576 Fab from the RV305 Trial
    • 複合体: CH505 Transmitted Founder Envelope
      • タンパク質・ペプチド: DH576 Fab Light Chain
    • 複合体: DH576 Fab
      • タンパク質・ペプチド: DH576 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: HIV Envelope
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 28.1 Å
データ登録者Fera D / Harrison SC
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2017
タイトル: Boosting of HIV envelope CD4 binding site antibodies with long variable heavy third complementarity determining region in the randomized double blind RV305 HIV-1 vaccine trial.
著者: David Easterhoff / M Anthony Moody / Daniela Fera / Hao Cheng / Margaret Ackerman / Kevin Wiehe / Kevin O Saunders / Justin Pollara / Nathan Vandergrift / Rob Parks / Jerome Kim / Nelson L ...著者: David Easterhoff / M Anthony Moody / Daniela Fera / Hao Cheng / Margaret Ackerman / Kevin Wiehe / Kevin O Saunders / Justin Pollara / Nathan Vandergrift / Rob Parks / Jerome Kim / Nelson L Michael / Robert J O'Connell / Jean-Louis Excler / Merlin L Robb / Sandhya Vasan / Supachai Rerks-Ngarm / Jaranit Kaewkungwal / Punnee Pitisuttithum / Sorachai Nitayaphan / Faruk Sinangil / James Tartaglia / Sanjay Phogat / Thomas B Kepler / S Munir Alam / Hua-Xin Liao / Guido Ferrari / Michael S Seaman / David C Montefiori / Georgia D Tomaras / Stephen C Harrison / Barton F Haynes /
要旨: The canary pox vector and gp120 vaccine (ALVAC-HIV and AIDSVAX B/E gp120) in the RV144 HIV-1 vaccine trial conferred an estimated 31% vaccine efficacy. Although the vaccine Env AE.A244 gp120 is ...The canary pox vector and gp120 vaccine (ALVAC-HIV and AIDSVAX B/E gp120) in the RV144 HIV-1 vaccine trial conferred an estimated 31% vaccine efficacy. Although the vaccine Env AE.A244 gp120 is antigenic for the unmutated common ancestor of V1V2 broadly neutralizing antibody (bnAbs), no plasma bnAb activity was induced. The RV305 (NCT01435135) HIV-1 clinical trial was a placebo-controlled randomized double-blinded study that assessed the safety and efficacy of vaccine boosting on B cell repertoires. HIV-1-uninfected RV144 vaccine recipients were reimmunized 6-8 years later with AIDSVAX B/E gp120 alone, ALVAC-HIV alone, or a combination of ALVAC-HIV and AIDSVAX B/E gp120 in the RV305 trial. Env-specific post-RV144 and RV305 boost memory B cell VH mutation frequencies increased from 2.9% post-RV144 to 6.7% post-RV305. The vaccine was well tolerated with no adverse events reports. While post-boost plasma did not have bnAb activity, the vaccine boosts expanded a pool of envelope CD4 binding site (bs)-reactive memory B cells with long third heavy chain complementarity determining regions (HCDR3) whose germline precursors and affinity matured B cell clonal lineage members neutralized the HIV-1 CRF01 AE tier 2 (difficult to neutralize) primary isolate, CNE8. Electron microscopy of two of these antibodies bound with near-native gp140 trimers showed that they recognized an open conformation of the Env trimer. Although late boosting of RV144 vaccinees expanded a novel pool of neutralizing B cell clonal lineages, we hypothesize that boosts with stably closed trimers would be necessary to elicit antibodies with greater breadth of tier 2 HIV-1 strains.
TRIAL REGISTRATION: ClinicalTrials.gov NCT01435135.
履歴
登録2017年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年2月15日-
マップ公開2017年3月8日-
更新2018年2月14日-
現状2018年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.13
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.13
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8573.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8573.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative Stain EM Reconstruction of the DH576 Fab in complex with the HIV CH505 SOSIP.664 trimer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.13 Å/pix.
x 168 pix.
= 357.84 Å		2.13 Å/pix.
x 168 pix.
= 357.84 Å		2.13 Å/pix.
x 168 pix.
= 357.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.13 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.13 / ムービー #1: 2.13
最小 - 最大-17.58503 - 15.786918999999999
平均 (標準偏差)-0.024374684 (±1.0161787)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-84-84-84
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 357.84003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.132.132.13
M x/y/z168168168
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z357.840357.840357.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-84-84-84
NC/NR/NS168168168
D min/max/mean-17.58515.787-0.024

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 CH505 Transmitted Founder SOSIP.664 Env trimer in Complex w...

全体名称: HIV-1 CH505 Transmitted Founder SOSIP.664 Env trimer in Complex with the DH576 Fab from the RV305 Trial
要素
  • 複合体: HIV-1 CH505 Transmitted Founder SOSIP.664 Env trimer in Complex with the DH576 Fab from the RV305 Trial
    • 複合体: CH505 Transmitted Founder Envelope
      • タンパク質・ペプチド: DH576 Fab Light Chain
    • 複合体: DH576 Fab
      • タンパク質・ペプチド: DH576 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: HIV Envelope

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超分子 #1: HIV-1 CH505 Transmitted Founder SOSIP.664 Env trimer in Complex w...

超分子名称: HIV-1 CH505 Transmitted Founder SOSIP.664 Env trimer in Complex with the DH576 Fab from the RV305 Trial
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293T
分子量理論値: 50 KDa

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超分子 #2: CH505 Transmitted Founder Envelope

超分子名称: CH505 Transmitted Founder Envelope / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293T

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超分子 #3: DH576 Fab

超分子名称: DH576 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 / 詳細: fab fragment
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293T

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分子 #1: HIV Envelope

分子名称: HIV Envelope / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDAKA YEKEVHNVWA THACVPTDPS PQELVLENVT ENFNMWKNDM VDQMHEDIIS LWDQSLKPCV KLTPLCVTLN CSNATVDSSK VYDTRSNVNV TSINNTIMGE MKNCSFNTTT EIRDKEKKEY ALFYRPDVVP LDETSNTSEY ...文字列:
VENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDAKA YEKEVHNVWA THACVPTDPS PQELVLENVT ENFNMWKNDM VDQMHEDIIS LWDQSLKPCV KLTPLCVTLN CSNATVDSSK VYDTRSNVNV TSINNTIMGE MKNCSFNTTT EIRDKEKKEY ALFYRPDVVP LDETSNTSEY RLINCNTSAV TQACPKVTFE PIPIHYCAPA GYAILKCNNK TFNGTGPCSN VSTVQCTHGI RPVVSTQLLL NGSLAEKEIV IRSENLTNNA KIIIVHLNTS VEIVCTRPGN NTRKSVRIGP GQTFYATGDI IGDIRQAHCN ISERQWNKTL QEVGKELQKH FPNKTIKYER SAGGDMEIAT HSFNCGGEFF YCNTSNLFNG TYNGTYISTN STSNITLQCR IKQIINMWQG VGRAMYAPPI AGNITCKSNI TGLLLTRDGG TKNNSNETEE TFRPAGGDMR DNWRSELYKY KVVEIQPLGI APTGCKRRVV GRRRRRRAAG LGALFLGFLG AAGSTMGAAS ITLTVQARQL LSGIVQQQSN LLRAPEAQQH MLQLTVWGIK QLQARVLALE RYLKDQQLLG MWGCSGKLIC CTAVPWNTSW SNKSEKDIWD NMTWMQWERE ISNYTETIYM LLEDSQHQQE RNEKDLLALD

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分子 #2: DH576 Fab Light Chain

分子名称: DH576 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQDID NYLNWYQQKP GKAPKLLIYD ASNLETGVPS RFSGSGSGT SFTLTISSLQ PEDIGTYYCQ KYGSVPFPFG QGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDSK ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQDID NYLNWYQQKP GKAPKLLIYD ASNLETGVPS RFSGSGSGT SFTLTISSLQ PEDIGTYYCQ KYGSVPFPFG QGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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分子 #3: DH576 Fab Heavy Chain

分子名称: DH576 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCGVSGFTFS NYAIHWVRQA PGKRLEWVAL ISYDGKKQYY LDSVKGRFTI SRDNSKDMVY LQMNSLKAED TAIYYCARDR ARSTGYFGGI YYYYYGMDVW GQGTTVTVS GASTKGPSVF PLAPSSKSTS GG TAALGCL VKDYFPEPVT ...文字列:
EVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCGVSGFTFS NYAIHWVRQA PGKRLEWVAL ISYDGKKQYY LDSVKGRFTI SRDNSKDMVY LQMNSLKAED TAIYYCARDR ARSTGYFGGI YYYYYGMDVW GQGTTVTVS GASTKGPSVF PLAPSSKSTS GG TAALGCL VKDYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTY ICNVNH KPSNTKVDKR VEPKSCDKHH HHHH

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
5.0 mMC8H18N2O4SHepes
150.0 mMNaClsodium chloride
0.02 %NaN3sodium azide
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate / 詳細: 2% uranyl formate used to stain sample for 20 s
グリッドモデル: EMS / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
詳細HIV-1 CH505 Transmitted Founder SOSIP.664 Env trimer in Complex with the DH576 Fab from the RV305 Trial

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 22929
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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