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万見
- EMDB-8059: Structural basis of backwards motion in kinesin-14: minus-end dir... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8059
タイトルStructural basis of backwards motion in kinesin-14: minus-end directed nKn664 in the nucleotide-free state
マップデータNone
試料
  • 複合体: Minus-end directed Ncd chimera nKn664 in the AMPPNP state complexed with GDP-taxol microtubule
    • 複合体: Tubulin alpha-1B chain
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1B chain
    • 複合体: Tubulin beta-2B chain
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-2B chain
    • 複合体: Protein claret segregational,kinesin-1/kinesin-14,Protein claret segregational
      • タンパク質・ペプチド: Protein claret segregational,kinesin-1/kinesin-14,Protein claret segregational
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: TAXOL
キーワードkinesin / kinesin-14 / microtubule / ATPase / STRUCTURAL PROTEIN-MOTOR PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / positive regulation of axon guidance / microtubule-based process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / regulation of translation / mitotic cell cycle / nervous system development ...T=3 icosahedral viral capsid / positive regulation of axon guidance / microtubule-based process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / regulation of translation / mitotic cell cycle / nervous system development / microtubule / protein heterodimerization activity / GTPase activity / GTP binding / structural molecule activity / RNA binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Levivirus coat protein / Levivirus coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain ...Levivirus coat protein / Levivirus coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å
データ登録者Shigematsu H / Yokoyama T
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structural Basis of Backwards Motion in Kinesin-1-Kinesin-14 Chimera: Implication for Kinesin-14 Motility.
著者: Masahiko Yamagishi / Hideki Shigematsu / Takeshi Yokoyama / Masahide Kikkawa / Mitsuhiro Sugawa / Mari Aoki / Mikako Shirouzu / Junichiro Yajima / Ryo Nitta /
要旨: Kinesin-14 is a unique minus-end-directed microtubule-based motor. A swinging motion of a class-specific N-terminal neck helix has been proposed to produce minus-end directionality. However, it is ...Kinesin-14 is a unique minus-end-directed microtubule-based motor. A swinging motion of a class-specific N-terminal neck helix has been proposed to produce minus-end directionality. However, it is unclear how swinging of the neck helix is driven by ATP hydrolysis utilizing the highly conserved catalytic core among all kinesins. Here, using a motility assay, we show that in addition to the neck helix, the conserved five residues at the C-terminal region in kinesin-14, namely the neck mimic, are necessary to give kinesin-1 an ability to reverse its directionality toward the minus end of microtubules. Our structural analyses further demonstrate that the C-terminal neck mimic, in cooperation with conformational changes in the catalytic core during ATP binding, forms a kinesin-14 bundle with the N-terminal neck helix to swing toward the minus end of microtubules. Thus, the neck mimic plays a crucial role in coupling the chemical ATPase reaction with the mechanical cycle to produce the minus-end-directed motility of kinesin-14.
履歴
登録2016年4月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年6月22日-
マップ公開2016年8月10日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5hnx
  • 表面レベル: 3.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5hnx
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8059.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8059.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.28 Å/pix.
x 192 pix.
= 246.528 Å		1.28 Å/pix.
x 108 pix.
= 138.672 Å		1.28 Å/pix.
x 108 pix.
= 138.672 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.284 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.1 / ムービー #1: 3.1
最小 - 最大-7.321161 - 18.355370000000001
平均 (標準偏差)1.1209195 (±3.3602126)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin276276384
サイズ108108192
Spacing108108192
セルA: 138.672 Å / B: 138.672 Å / C: 246.52802 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2841.2841.284
M x/y/z108108192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z138.672138.672246.528
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ129141209
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS276276384
NC/NR/NS108108192
D min/max/mean-7.32118.3551.121

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Minus-end directed Ncd chimera nKn664 in the AMPPNP state complex...

全体名称: Minus-end directed Ncd chimera nKn664 in the AMPPNP state complexed with GDP-taxol microtubule
要素
  • 複合体: Minus-end directed Ncd chimera nKn664 in the AMPPNP state complexed with GDP-taxol microtubule
    • 複合体: Tubulin alpha-1B chain
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1B chain
    • 複合体: Tubulin beta-2B chain
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-2B chain
    • 複合体: Protein claret segregational,kinesin-1/kinesin-14,Protein claret segregational
      • タンパク質・ペプチド: Protein claret segregational,kinesin-1/kinesin-14,Protein claret segregational
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: TAXOL

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超分子 #1: Minus-end directed Ncd chimera nKn664 in the AMPPNP state complex...

超分子名称: Minus-end directed Ncd chimera nKn664 in the AMPPNP state complexed with GDP-taxol microtubule
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

+
超分子 #2: Tubulin alpha-1B chain

超分子名称: Tubulin alpha-1B chain / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

+
超分子 #3: Tubulin beta-2B chain

超分子名称: Tubulin beta-2B chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

+
超分子 #4: Protein claret segregational,kinesin-1/kinesin-14,Protein claret ...

超分子名称: Protein claret segregational,kinesin-1/kinesin-14,Protein claret segregational
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3

+
分子 #1: Tubulin alpha-1B chain

分子名称: Tubulin alpha-1B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 50.107238 KDa
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFSVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFSVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLIGQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRGHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRTIQFVDW CPTGFKVGIN YEPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GVDSVEGEGE EEGEEY

UniProtKB: Tubulin alpha-1B chain

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分子 #2: Tubulin beta-2B chain

分子名称: Tubulin beta-2B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 49.90777 KDa
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDAK NMMAACDPRH GRYLTVAAVF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMSAT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATADEQGE FEEEEGEDEA

UniProtKB: Tubulin beta-2B chain

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分子 #3: Protein claret segregational,kinesin-1/kinesin-14,Protein claret ...

分子名称: Protein claret segregational,kinesin-1/kinesin-14,Protein claret segregational
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 41.62025 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: KEQLFQSNME RKELHNTVMD LRGNIKVMCR FRPLNEAEIL RGDKFIPKFK GEETVVIQGK PYVFDRVLPP NTTQEQVYNA CAKQIVKDV LEGYNGTIFA YGQTSSGKTH TMEGKLHDPQ LMGIIPRIAH DIFDHIYSMD ENLEFAIKVS YFEIYLDKIR D LLDVSKTN ...文字列:
KEQLFQSNME RKELHNTVMD LRGNIKVMCR FRPLNEAEIL RGDKFIPKFK GEETVVIQGK PYVFDRVLPP NTTQEQVYNA CAKQIVKDV LEGYNGTIFA YGQTSSGKTH TMEGKLHDPQ LMGIIPRIAH DIFDHIYSMD ENLEFAIKVS YFEIYLDKIR D LLDVSKTN LAVHEDKNRV PYVKGCTERF VSSPEEVMDV IDEGKSNRHV AVTNMNEHSS RSHSIFLINI KQENVETEKK LS GKLYLVD LAGSEKVSKT GAEGAVLDEA KNINKSLSAL GNVISALAEG TTHVPYRDSK MTRILQDSLG GNCRTTIVIC CSP SVFNEA ETKSTLMFAA SVNSCKMTKA KRNRYLNNSV ANSSTQSNNS GSFDK

UniProtKB: Capsid protein, Capsid protein

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #5: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #6: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #7: TAXOL

分子名称: TAXOL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: TA1
分子量理論値: 853.906 Da
Chemical component information

ChemComp-TA1:
TAXOL / パクリタキセル / 薬剤, 化学療法薬*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 8.751208 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -25.725189 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 詳細: High-resolution noise substitution was performed / 使用した粒子像数: 229516
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-5hnx:
Structural basis of backwards motion in kinesin-14: minus-end directed nKn664 in the nucleotide-free state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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