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- PDB-7vd5: Structure of C2S2M2-type PSII-FCPII supercomplex from diatom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vd5
タイトルStructure of C2S2M2-type PSII-FCPII supercomplex from diatom
要素
  • (Chlorophyll a/b-binding ...) x 5
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Extrinsic protein in photosystem ...) x 3
  • (Photosystem II ...) x 15
  • (Unknown protein ...) x 2
  • Cytochrome c-550
  • Fcpb2, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
  • Fcpb3, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
  • Fcpb4, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
  • Fcpb5, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
  • Fcpb6, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
  • Fcpb7, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / Photosystem / PSII
機能・相同性
機能・相同性情報


light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting / thylakoid / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / photosynthetic electron transport chain / photosystem II / response to herbicide ...light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting / thylakoid / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / photosynthetic electron transport chain / photosystem II / response to herbicide / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / oxidoreductase activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbJ superfamily ...PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A86 / BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chlorophyll c1 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE ...Chem-A86 / BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chlorophyll c1 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD / Unknown ligand / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein Ycf12 / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein K / Chlorophyll a/b-binding protein / Photosystem II D2 protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II protein D1 / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II subunit / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein W / Extrinsic protein in photosystem II / Extrinsic protein in photosystem II / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II reaction center protein H
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetoceros gracilis (珪藻)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Nagao, R. / Kato, K. / Akita, F. / Miyazaki, N. / Shen, J.R.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for different types of hetero-tetrameric light-harvesting complexes in a diatom PSII-FCPII supercomplex
著者: Nagao, R. / Kato, K. / Kumazawa, M. / Ifuku, K. / Yokono, M. / Suzuki, T. / Dohmae, N. / Akita, F. / Akimoto, S. / Miyazaki, N. / Shen, J.R.
履歴
登録2021年9月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-31905
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31905
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Photosystem II protein D1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II subunit
O: Extrinsic protein in photosystem II
T: Photosystem II reaction center protein T
U: Extrinsic protein in photosystem II
V: Cytochrome c-550
Y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
X: Photosystem II reaction center X protein
Z: Photosystem II reaction center protein Z
Q: Extrinsic protein in photosystem II
W: Photosystem II reaction center protein W
0: Unknown protein 0
1: Unknown protein 1
a: Photosystem II protein D1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II subunit
o: Extrinsic protein in photosystem II
t: Photosystem II reaction center protein T
u: Extrinsic protein in photosystem II
v: Cytochrome c-550
y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
x: Photosystem II reaction center X protein
z: Photosystem II reaction center protein Z
q: Extrinsic protein in photosystem II
w: Photosystem II reaction center protein W
5: Unknown protein 0
6: Unknown protein 1
11: Chlorophyll a/b-binding protein
12: Fcpb2, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
13: Chlorophyll a/b-binding protein
14: Chlorophyll a/b-binding protein
15: Chlorophyll a/b-binding protein
16: Fcpb3, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
17: Fcpb4, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
18: Chlorophyll a/b-binding protein
19: Fcpb5, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
20: Fcpb6, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
21: Fcpb7, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
31: Chlorophyll a/b-binding protein
32: Fcpb2, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
33: Chlorophyll a/b-binding protein
34: Chlorophyll a/b-binding protein
35: Chlorophyll a/b-binding protein
36: Fcpb3, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
37: Fcpb4, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
38: Chlorophyll a/b-binding protein
39: Fcpb5, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
40: Fcpb6, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
41: Fcpb7, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,435,332616
ポリマ－1,049,64568
非ポリマー385,687548
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Photosystem II ... , 15種, 30分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmTtYyXxZzWw

#1: タンパク質 Photosystem II protein D1


分子量: 37036.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A679C261
#2: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein


分子量: 53762.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A679C6E3
#3: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein


分子量: 49468.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A679BVV7
#4: タンパク質 Photosystem II D2 protein


分子量: 37983.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A679C012
#7: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H


分子量: 7287.632 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B7XBY7
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I


分子量: 4069.853 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A679BVT8
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J


分子量: 3589.276 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A679C298
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K


分子量: 4220.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A679BWI3
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L


分子量: 4367.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A679C262
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II subunit


分子量: 4473.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A679C2A0
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T


分子量: 3554.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A679C6E6
#17: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Ycf12


分子量: 3609.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A679BVT2
#18: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center X protein


分子量: 3772.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHF2
#19: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z


分子量: 6328.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A679C215
#21: タンパク質 Photosystem II reaction center protein W


分子量: 5944.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A679C6E8

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#5: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 8687.784 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A679C209
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 3207.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A679BVT0

-
Extrinsic protein in photosystem ... , 3種, 6分子 OoUuQq

#13: タンパク質 Extrinsic protein in photosystem II


分子量: 26419.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHE8
#15: タンパク質 Extrinsic protein in photosystem II / Extrinsic protein U of oxygen-evolving complex


分子量: 10137.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHF0
#20: タンパク質 Extrinsic protein in photosystem II


分子量: 16731.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHE9

-
タンパク質 , 7種, 14分子 Vv123216361737193920402141

#16: タンパク質 Cytochrome c-550 / Cytochrome c550


分子量: 14780.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHF4
#25: タンパク質 Fcpb2, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein


分子量: 18525.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#29: タンパク質 Fcpb3, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein


分子量: 19620.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#30: タンパク質 Fcpb4, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein


分子量: 19202.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#32: タンパク質 Fcpb5, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein


分子量: 24681.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#33: タンパク質 Fcpb6, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein


分子量: 16968.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#34: タンパク質 Fcpb7, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein


分子量: 17888.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)

-
Unknown protein ... , 2種, 4分子 0516

#22: タンパク質・ペプチド Unknown protein 0


分子量: 2656.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#23: タンパク質・ペプチド Unknown protein 1


分子量: 2571.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)

-
Chlorophyll a/b-binding ... , 5種, 10分子 11311333143415351838

#24: タンパク質 Chlorophyll a/b-binding protein


分子量: 19109.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A679BXP6
#26: タンパク質 Chlorophyll a/b-binding protein


分子量: 18448.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A679BXP6
#27: タンパク質 Chlorophyll a/b-binding protein


分子量: 18768.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A679BXP6
#28: タンパク質 Chlorophyll a/b-binding protein


分子量: 18596.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A679BXP6
#31: タンパク質 Chlorophyll a/b-binding protein


分子量: 18351.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A679BXP6

-
糖 , 2種, 10分子

#44: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15
#51: 糖 ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 16種, 590分子

#35: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5
#36: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#37: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#38: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / (7S,25R)-2,8α,12,17-テトラメチル-13-ビニル-18-エチル-25-(メトキシカルボニル)-26-(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#39: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#40: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#41: 化合物...
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#42: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#43: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#45: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#46: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#47: 化合物...
ChemComp-KC1 / Chlorophyll c1


分子量: 610.941 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H30MgN4O5
#48: 化合物...
ChemComp-A86 / (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate / Fucoxanthin


分子量: 658.906 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H58O6
#49: 化合物...
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 38 / 由来タイプ: 合成
#50: 化合物
ChemComp-DD6 / (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol / Diadinoxanthin


分子量: 582.855 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O3
#52: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY
配列の詳細Authors do not know the sequences for chain 0, 1, 5, and 6.

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: C2S2M2-type PSII-FCPII supercomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#30 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.15 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
120 mMMES-NaOH1
20.02 %DDM1
試料濃度: 0.256 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF Chimera1.12モデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13PHENIX1.13_2998モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 8093924
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 210825 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 6J40

6j40


Accession code: 6J40 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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