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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7txz | ||||||
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タイトル | Nipah Virus attachment (G) glycoprotein ectodomain in complex with nAH1.3 neutralizing antibody Fab fragment (local refinement of the distal region) | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / NiV / NiVG / attachment protein / neutralizing antibodies / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
機能・相同性 | ![]() membrane fusion involved in viral entry into host cell / exo-alpha-sialidase activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
![]() | Wang, Z.Q. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Veesler, D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Architecture and antigenicity of the Nipah virus attachment glycoprotein. 著者: Zhaoqian Wang / Moushimi Amaya / Amin Addetia / Ha V Dang / Gabriella Reggiano / Lianying Yan / Andrew C Hickey / Frank DiMaio / Christopher C Broder / David Veesler / ![]() 要旨: Nipah virus (NiV) and Hendra virus (HeV) are zoonotic henipaviruses (HNVs) responsible for outbreaks of encephalitis and respiratory illness. The entry of HNVs into host cells requires the attachment ...Nipah virus (NiV) and Hendra virus (HeV) are zoonotic henipaviruses (HNVs) responsible for outbreaks of encephalitis and respiratory illness. The entry of HNVs into host cells requires the attachment (G) and fusion (F) glycoproteins, which are the main targets of antibody responses. To understand viral infection and host immunity, we determined a cryo-electron microscopy structure of the NiV G homotetrameric ectodomain in complex with the nAH1.3 broadly neutralizing antibody Fab fragment. We show that a cocktail of two nonoverlapping G-specific antibodies neutralizes NiV and HeV synergistically and limits the emergence of escape mutants. Analysis of polyclonal serum antibody responses elicited by vaccination of macaques with NiV G indicates that the receptor binding head domain is immunodominant. These results pave the way for implementing multipronged therapeutic strategies against these deadly pathogens. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 314.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 245 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 79.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABDC
#1: タンパク質 | 分子量: 60358.535 Da / 分子数: 4 / 断片: Ectodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-抗体 , 2種, 4分子 EHFL
#2: 抗体 | 分子量: 50643.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 23947.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-糖 , 3種, 14分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | #6: 糖 | ChemComp-NAG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Nipah Virus attachment protein ectodomain in complex with nAH1.3 neutralizing antibody Fab fragment タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 70 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 168035 / 対称性のタイプ: POINT |