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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sjr | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of AdnA-AdnB(W325A) in complex with DNA and AMPPNP | |||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / homologous recombination / DNA end resection / cryoelectron microscopy / DNA curtain / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA 3'-5' helicase / exonuclease activity / DNA helicase activity / isomerase activity / DNA helicase / hydrolase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang, J. / Warren, G.M. / Shuman, S. / Patel, D.J. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022 タイトル: Structure-activity relationships at a nucleobase-stacking tryptophan required for chemomechanical coupling in the DNA resecting motor-nuclease AdnAB. 著者: Garrett M Warren / Aviv Meir / Juncheng Wang / Dinshaw J Patel / Eric C Greene / Stewart Shuman / 要旨: Mycobacterial AdnAB is a heterodimeric helicase-nuclease that initiates homologous recombination by resecting DNA double-strand breaks. The AdnB subunit hydrolyzes ATP to drive single-nucleotide ...Mycobacterial AdnAB is a heterodimeric helicase-nuclease that initiates homologous recombination by resecting DNA double-strand breaks. The AdnB subunit hydrolyzes ATP to drive single-nucleotide steps of 3'-to-5' translocation of AdnAB on the tracking DNA strand via a ratchet-like mechanism. Trp325 in AdnB motif III, which intercalates into the tracking strand and makes a π stack on a nucleobase 5' of a flipped-out nucleoside, is the putative ratchet pawl without which ATP hydrolysis is mechanically futile. Here, we report that AdnAB mutants wherein Trp325 was replaced with phenylalanine, tyrosine, histidine, leucine, or alanine retained activity in ssDNA-dependent ATP hydrolysis but displayed a gradient of effects on DSB resection. The resection velocities of Phe325 and Tyr325 mutants were 90% and 85% of the wild-type AdnAB velocity. His325 slowed resection rate to 3% of wild-type and Leu325 and Ala325 abolished DNA resection. A cryo-EM structure of the DNA-bound Ala325 mutant revealed that the AdnB motif III peptide was disordered and the erstwhile flipped out tracking strand nucleobase reverted to a continuous base-stacked arrangement with its neighbors. We conclude that π stacking of Trp325 on a DNA nucleobase triggers and stabilizes the flipped-out conformation of the neighboring nucleoside that underlies formation of a ratchet pawl. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7sjr.cif.gz | 328.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7sjr.ent.gz | 250.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7sjr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7sjr_validation.pdf.gz | 1012.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7sjr_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7sjr_validation.xml.gz | 49.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7sjr_validation.cif.gz | 76.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/7sjr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/7sjr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 BA
#1: タンパク質 | 分子量: 118013.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) 遺伝子: pcrA, BIN_B_03433 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A653FJ17, DNA helicase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 111030.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) 遺伝子: pcrA_1, ERS451418_01973 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D6HKQ2, DNA helicase |
-DNA鎖 , 1種, 1分子 C
#3: DNA鎖 | 分子量: 21477.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) |
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-非ポリマー , 3種, 3分子
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#5: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
#6: 化合物 | ChemComp-ANP / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM map of AdnA-AdnB(W325A) in complex with DNA and AMPPNP タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 53 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98408 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6PPJ Accession code: 6PPJ / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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