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- PDB-7qpg: Human RZZ kinetochore corona complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qpg
タイトルHuman RZZ kinetochore corona complex.
要素
  • Centromere/kinetochore protein zw10 homolog
  • Kinetochore-associated protein 1
  • Protein zwilch homolog
キーワードCELL CYCLE / Kinetochore / centromere / chromosome segregation / mitosis
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to kinetochore involved in kinetochore assembly / RZZ complex / Dsl1/NZR complex / kinetochore microtubule / centromeric DNA binding / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / regulation of exit from mitosis / protein localization to kinetochore / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / mitotic metaphase chromosome alignment ...protein localization to kinetochore involved in kinetochore assembly / RZZ complex / Dsl1/NZR complex / kinetochore microtubule / centromeric DNA binding / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / regulation of exit from mitosis / protein localization to kinetochore / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / mitotic metaphase chromosome alignment / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Golgi organization / establishment of mitotic spindle orientation / mitotic sister chromatid segregation / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / lipid droplet / bioluminescence / meiotic cell cycle / generation of precursor metabolites and energy / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / small GTPase binding / spindle pole / Separation of Sister Chromatids / protein transport / actin cytoskeleton / protein-containing complex assembly / cell division / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RZZ complex, subunit Zw10 / RZZ complex, subunit KNTC1/ROD, C-terminal / Centromere/kinetochore Zw10 N-terminal / Rough deal protein C-terminal region / RZZ complex, subunit Zwilch / RZZ complex, subunit zwilch / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / WD40-repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Centromere/kinetochore protein zw10 homolog / Kinetochore-associated protein 1 / Protein zwilch homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Raisch, T. / Ciossani, G. / d'Amico, E. / Cmetowski, V. / Carmignani, S. / Maffini, S. / Merino, F. / Wohlgemuth, S. / Vetter, I.R. / Raunser, S. / Musacchio, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2022
タイトル: Structure of the RZZ complex and molecular basis of Spindly-driven corona assembly at human kinetochores.
著者: Tobias Raisch / Giuseppe Ciossani / Ennio d'Amico / Verena Cmentowski / Sara Carmignani / Stefano Maffini / Felipe Merino / Sabine Wohlgemuth / Ingrid R Vetter / Stefan Raunser / Andrea Musacchio /
要旨: In metazoans, a ≈1 megadalton (MDa) multiprotein complex comprising the dynein-dynactin adaptor Spindly and the ROD-Zwilch-ZW10 (RZZ) complex is the building block of a fibrous biopolymer, the ...In metazoans, a ≈1 megadalton (MDa) multiprotein complex comprising the dynein-dynactin adaptor Spindly and the ROD-Zwilch-ZW10 (RZZ) complex is the building block of a fibrous biopolymer, the kinetochore fibrous corona. The corona assembles on mitotic kinetochores to promote microtubule capture and spindle assembly checkpoint (SAC) signaling. We report here a high-resolution cryo-EM structure that captures the essential features of the RZZ complex, including a farnesyl-binding site required for Spindly binding. Using a highly predictive in vitro assay, we demonstrate that the SAC kinase MPS1 is necessary and sufficient for corona assembly at supercritical concentrations of the RZZ-Spindly (RZZS) complex, and describe the molecular mechanism of phosphorylation-dependent filament nucleation. We identify several structural requirements for RZZS polymerization in rings and sheets. Finally, we identify determinants of kinetochore localization and corona assembly of Spindly. Our results describe a framework for the long-sought-for molecular basis of corona assembly on metazoan kinetochores.
履歴
登録2022年1月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年4月27日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-14120
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-14120
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Protein zwilch homolog
C: Protein zwilch homolog
R: Kinetochore-associated protein 1
S: Kinetochore-associated protein 1
W: Centromere/kinetochore protein zw10 homolog
X: Centromere/kinetochore protein zw10 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)872,0796
ポリマ－872,0796
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area43430 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area348130 Å2

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要素

#1: タンパク質 Protein zwilch homolog / hZwilch


分子量: 67293.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZWILCH / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H900
#2: タンパク質 Kinetochore-associated protein 1 / Rough deal homolog / HsROD / Rod / hRod


分子量: 279805.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DS885_16260, KNTC1, KIAA0166 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A366VY15, UniProt: P50748
#3: タンパク質 Centromere/kinetochore protein zw10 homolog


分子量: 88940.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZW10 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O43264

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RZZ complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 191979 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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