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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qo7 | ||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 S Omicron Spike B.1.1.529 | ||||||
要素 | Surface glycoprotein,Fibritin,SARS-CoV-2 S Omicron Spike B.1.1.529 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 S Omicron Spike B.1.1.529 | ||||||
機能・相同性 | Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Fibritin / Surface glycoprotein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å | ||||||
データ登録者 | Ni, D. / Lau, K. / Turelli, P. / Beckert, B. / Nazarov, S. / Pojer, F. / Myasnikov, A. / Stahlberg, H. / Trono, D. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021 タイトル: Structural analysis of the Spike of the Omicron SARS-COV-2 variant by cryo-EM and implications for immune evasion 著者: Ni, D. / Lau, K. / Turelli, P. / Raclot, C. / Beckert, B. / Nazarov, S. / Pojer, F. / Myasnikov, A. / Stahlberg, H. / Trono, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qo7.cif.gz | 594.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qo7.ent.gz | 502.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qo7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qo7_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qo7_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7qo7_validation.xml.gz | 84.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qo7_validation.cif.gz | 121.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/7qo7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/7qo7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 142558.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: wac 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: A0A8A4XEV3, UniProt: A0A2Z5WJZ7 |
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-糖 , 5種, 37分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||||
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#3: 多糖 | #4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Spike Trimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 752 kDa/nm / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: PBS |
試料 | 濃度: 0.35 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 76450 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 120 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6XM3 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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