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- PDB-7qo6: 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the s2 state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qo6
タイトル26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the s2 state
要素
  • (26S proteasome ...) x 17
  • (Proteasome endopeptidase ...) x 2
  • (Proteasome subunit beta type- ...) x 3
  • BJ4_G0020160.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0021480.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0043800.mRNA.1.CDS.1
  • EM14S01-3B_G0035190.mRNA.1.CDS.1
  • EM14S01-3B_G0050020.mRNA.1.CDS.1
  • HLJ1_G0013750.mRNA.1.CDS.1
  • HLJ1_G0030700.mRNA.1.CDS.1
  • HLJ1_G0039880.mRNA.1.CDS.1
  • HLJ1_G0048980.mRNA.1.CDS.1
  • Polyubiquitin-B
  • Probable proteasome subunit alpha type-7
  • Proteasome subunit beta
  • Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
キーワードMOTOR PROTEIN / proteasome / ubiquitin / Ubp6 / allostery / deubiquitination
機能・相同性
機能・相同性情報


SAGA complex localization to transcription regulatory region / transcription export complex 2 / proteasome regulatory particle assembly / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / proteasome-activating activity / proteasome regulatory particle, base subcomplex / proteasome core complex / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) ...SAGA complex localization to transcription regulatory region / transcription export complex 2 / proteasome regulatory particle assembly / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / proteasome-activating activity / proteasome regulatory particle, base subcomplex / proteasome core complex / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / regulation of protein catabolic process / Orc1 removal from chromatin / protein deubiquitination / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / Ub-specific processing proteases / mRNA export from nucleus / enzyme regulator activity / protein folding chaperone / Neutrophil degranulation / proteasome complex / double-strand break repair via homologous recombination / metallopeptidase activity / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / molecular adaptor activity / regulation of cell cycle / ubiquitin protein ligase binding / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 3 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 6 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12 / Proteasome subunit Rpn10 / 26S Proteasome regulatory subunit 7 / 26S Proteasome regulatory subunit 6A / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 14 / 26S proteasome regulatory subunit 8 / 26S Proteasome regulatory subunit 6B / 26S proteasome regulatory subunit P45-like ...26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 3 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 6 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12 / Proteasome subunit Rpn10 / 26S Proteasome regulatory subunit 7 / 26S Proteasome regulatory subunit 6A / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 14 / 26S proteasome regulatory subunit 8 / 26S Proteasome regulatory subunit 6B / 26S proteasome regulatory subunit P45-like / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14-like / Rpn9, C-terminal helix / Rpn9 C-terminal helix / Proteasomal ubiquitin receptor Rpn13/ADRM1 / Proteasomal ubiquitin receptor Rpn13/ADRM1, Pru domain superfamily / Rpn13/ADRM1, Pru domain / Proteasome complex subunit Rpn13, Pru domain / Pru (pleckstrin-like receptor for ubiquitin) domain profile. / : / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 / 26S proteasome regulatory subunit, C-terminal / Proteasome regulatory subunit C-terminal / DSS1/SEM1 / 26S proteasome regulatory subunit RPN5, C-terminal domain / : / DSS1/SEM1 family / 26S proteasome regulatory subunit RPN5 C-terminal domain / 26S proteasome subunit RPN2, N-terminal domain / DSS1_SEM1 / 26S proteasome regulatory subunit Rpn6, N-terminal / 6S proteasome subunit Rpn6, C-terminal helix domain / 26S proteasome regulatory subunit RPN6 N-terminal domain / 26S proteasome subunit RPN6 C-terminal helix domain / 26S proteasome regulatory complex, non-ATPase subcomplex, Rpn2/Psmd1 subunit / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 13 / 26S proteasome regulatory subunit RPN2, C-terminal / 26S proteasome regulatory subunit RPN2 C-terminal domain / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 7/8 / 26S proteasome regulatory complex, non-ATPase subcomplex, Rpn1 subunit / RPN1, N-terminal / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit RPN1, C-terminal / RPN1 N-terminal domain / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit RPN1 C-terminal / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7, N-terminal / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / 26S proteasome subunit RPN7 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / Proteasome/cyclosome repeat / Proteasome/cyclosome repeat / von Willebrand factor type A domain / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / HEAT repeats / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / VWFA domain profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / von Willebrand factor, type A / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / TPR repeat profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PRE5 isoform 1 / RPN13 isoform 1 / RPN10 isoform 1 / RPT1 isoform 1 / 26S proteasome regulatory subunit RPN11 / RPT6 isoform 1 / PRE9 isoform 1 / PUP2 isoform 1 ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PRE5 isoform 1 / RPN13 isoform 1 / RPN10 isoform 1 / RPT1 isoform 1 / 26S proteasome regulatory subunit RPN11 / RPT6 isoform 1 / PRE9 isoform 1 / PUP2 isoform 1 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / SCL1 isoform 1 / RPT3 isoform 1 / RPN5 isoform 1 / PRE7 isoform 1 / Proteasome subunit beta / PRE6 isoform 1 / RPN7 isoform 1 / RPT2 isoform 1 / proteasome endopeptidase complex / PRE10 isoform 1 / proteasome endopeptidase complex / RPT5 isoform 1 / RPT4 isoform 1 / PUP3 isoform 1 / RPN6 isoform 1 / RPN3 isoform 1 / PRE8 isoform 1 / RPN12 isoform 1 / Ubiquitin B / 26S proteasome complex subunit SEM1 / Proteasome subunit beta type-7 / 26S proteasome regulatory subunit RPN2 / Proteasome subunit beta type-1 / 26S proteasome regulatory subunit RPN1 / 26S proteasome regulatory subunit RPN9 / 26S proteasome regulatory subunit RPN8
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.3 Å
データ登録者Hung, K.Y.S. / Klumpe, S. / Eisele, M.R. / Elsasser, S. / Geng, T.T. / Cheng, T.C. / Joshi, T. / Rudack, T. / Sakata, E. / Finley, D.
資金援助 ドイツ, 5件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1- 390729940 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1035/Project A01 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC889/Project A11 ドイツ
Other governmentMarie Curie Career Integration grant (PCIG14-GA-2013-631577)
Other governmentNational Institutes of Health R01 GM043601
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Allosteric control of Ubp6 and the proteasome via a bidirectional switch.
著者: Ka Ying Sharon Hung / Sven Klumpe / Markus R Eisele / Suzanne Elsasser / Geng Tian / Shuangwu Sun / Jamie A Moroco / Tat Cheung Cheng / Tapan Joshi / Timo Seibel / Duco Van Dalen / Xin-Hua ...著者: Ka Ying Sharon Hung / Sven Klumpe / Markus R Eisele / Suzanne Elsasser / Geng Tian / Shuangwu Sun / Jamie A Moroco / Tat Cheung Cheng / Tapan Joshi / Timo Seibel / Duco Van Dalen / Xin-Hua Feng / Ying Lu / Huib Ovaa / John R Engen / Byung-Hoon Lee / Till Rudack / Eri Sakata / Daniel Finley /
要旨: The proteasome recognizes ubiquitinated proteins and can also edit ubiquitin marks, allowing substrates to be rejected based on ubiquitin chain topology. In yeast, editing is mediated by ...The proteasome recognizes ubiquitinated proteins and can also edit ubiquitin marks, allowing substrates to be rejected based on ubiquitin chain topology. In yeast, editing is mediated by deubiquitinating enzyme Ubp6. The proteasome activates Ubp6, whereas Ubp6 inhibits the proteasome through deubiquitination and a noncatalytic effect. Here, we report cryo-EM structures of the proteasome bound to Ubp6, based on which we identify mutants in Ubp6 and proteasome subunit Rpt1 that abrogate Ubp6 activation. The Ubp6 mutations define a conserved region that we term the ILR element. The ILR is found within the BL1 loop, which obstructs the catalytic groove in free Ubp6. Rpt1-ILR interaction opens the groove by rearranging not only BL1 but also a previously undescribed network of three interconnected active-site-blocking loops. Ubp6 activation and noncatalytic proteasome inhibition are linked in that they are eliminated by the same mutations. Ubp6 and ubiquitin together drive proteasomes into a unique conformation associated with proteasome inhibition. Thus, a multicomponent allosteric switch exerts simultaneous control over both Ubp6 and the proteasome.
履歴
登録2021年12月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年7月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / em_software ...atom_site / em_software / entity / entity_name_com / entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_contact_author / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _em_software.category / _em_software.fitting_id / _em_software.imaging_id / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation / _entity_src_nat.strain / _pdbx_audit_support.country / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
解説: Polymer backbone linkage / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-14085
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
a: BJ4_G0020160.mRNA.1.CDS.1
b: HLJ1_G0039880.mRNA.1.CDS.1
c: BJ4_G0021480.mRNA.1.CDS.1
d: HLJ1_G0048980.mRNA.1.CDS.1
e: EM14S01-3B_G0035190.mRNA.1.CDS.1
f: BJ4_G0043800.mRNA.1.CDS.1
g: Probable proteasome subunit alpha type-7
h: Proteasome subunit beta type-1
i: Proteasome endopeptidase complex
j: Proteasome endopeptidase complex
k: Proteasome subunit beta
l: Proteasome subunit beta type-5
m: HLJ1_G0013750.mRNA.1.CDS.1
n: Proteasome subunit beta type-7
A: BJ4_G0020160.mRNA.1.CDS.1
B: HLJ1_G0039880.mRNA.1.CDS.1
C: BJ4_G0021480.mRNA.1.CDS.1
D: HLJ1_G0048980.mRNA.1.CDS.1
E: EM14S01-3B_G0035190.mRNA.1.CDS.1
F: BJ4_G0043800.mRNA.1.CDS.1
G: Probable proteasome subunit alpha type-7
1: Proteasome subunit beta type-1
2: Proteasome endopeptidase complex
3: Proteasome endopeptidase complex
4: Proteasome subunit beta
5: Proteasome subunit beta type-5
6: HLJ1_G0013750.mRNA.1.CDS.1
7: Proteasome subunit beta type-7
W: 26S proteasome regulatory subunit RPN10
V: 26S proteasome regulatory subunit RPN11
T: EM14S01-3B_G0050020.mRNA.1.CDS.1
X: HLJ1_G0030700.mRNA.1.CDS.1
Y: 26S proteasome complex subunit SEM1
Z: 26S proteasome regulatory subunit RPN1
N: 26S proteasome regulatory subunit RPN2
S: 26S proteasome regulatory subunit RPN3
P: 26S proteasome regulatory subunit RPN5
Q: 26S proteasome regulatory subunit RPN6
R: 26S proteasome regulatory subunit RPN7
U: 26S proteasome regulatory subunit RPN8
O: 26S proteasome regulatory subunit RPN9
H: 26S proteasome regulatory subunit 7 homolog
I: 26S proteasome regulatory subunit 4 homolog
K: 26S proteasome regulatory subunit 6B homolog
L: 26S proteasome subunit RPT4
M: 26S proteasome regulatory subunit 6A
J: 26S proteasome regulatory subunit 8 homolog
8: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
9: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,761,61661
ポリマ－1,758,50849
非ポリマー3,10912
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 13種, 22分子 aAbBcCdDeEfFgGk4m6TX89

#1: タンパク質 BJ4_G0020160.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0019920.mRNA.1.CDS.1 / Proteasome subunit alpha type-1


分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PYC9
#2: タンパク質 HLJ1_G0039880.mRNA.1.CDS.1 / Proteasome subunit alpha type-2


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1BIF8
#3: タンパク質 BJ4_G0021480.mRNA.1.CDS.1 / Proteasome subunit alpha type-3


分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PXC6
#4: タンパク質 HLJ1_G0048980.mRNA.1.CDS.1 / Proteasome subunit alpha type-4


分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q273
#5: タンパク質 EM14S01-3B_G0035190.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0035780.mRNA.1.CDS.1 / Proteasome subunit alpha type-5 / SX2_G0040870.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_ ...HLJ1_G0035780.mRNA.1.CDS.1 / Proteasome subunit alpha type-5 / SX2_G0040870.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0037780.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0035760.mRNA.1.CDS.1


分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PXN2
#6: タンパク質 BJ4_G0043800.mRNA.1.CDS.1 / Proteasome subunit alpha type-6


分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PTH4
#7: タンパク質 Probable proteasome subunit alpha type-7


分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q4M4
#11: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6A5Q0W2, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 HLJ1_G0013750.mRNA.1.CDS.1 / Proteasome subunit beta type-6 / SX2_G0013730.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0013890.mRNA.1.CDS.1


分子量: 26905.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q0P3
#17: タンパク質 EM14S01-3B_G0050020.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0050750.mRNA.1.CDS.1


分子量: 31952.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A7I9BXZ7
#18: タンパク質 HLJ1_G0030700.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0030480.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0030420.mRNA.1.CDS.1


分子量: 17919.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PTW0
#34: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase


分子量: 57188.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS2079, PACBIOSEQ_LOCUS2095, PACBIOSEQ_LOCUS2109, PACBIOSEQ_LOCUS2117, PACBIOSEQ_LOCUS2154, SCNYR20_0015006200, SCP684_0015006000
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5PXS0, ubiquitinyl hydrolase 1
#35: タンパク質 Polyubiquitin-B


分子量: 8560.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J3QS39

-
Proteasome subunit beta type- ... , 3種, 6分子 h1l5n7

#8: タンパク質 Proteasome subunit beta type-1 / Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteasome component PRE3 / Proteinase YSCE subunit PRE3


分子量: 23573.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 Proteasome subunit beta type-5


分子量: 31670.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6A5Q5W3, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 Proteasome subunit beta type-7 / Macropain subunit PRE4 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE4 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4 / Proteasome component PRE4 / Proteinase YSCE subunit PRE4


分子量: 29471.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30657

-
Proteasome endopeptidase ... , 2種, 4分子 i2j3

#9: タンパク質 Proteasome endopeptidase complex


分子量: 28299.889 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6A5Q449, proteasome endopeptidase complex
#10: タンパク質 Proteasome endopeptidase complex


分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6L0YA22, proteasome endopeptidase complex

-
26S proteasome ... , 17種, 17分子 WVYZNSPQRUOHIKLMJ

#15: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN10


分子量: 29776.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PUA1
#16: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN11


分子量: 34442.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PWR8
#19: タンパク質 26S proteasome complex subunit SEM1


分子量: 10397.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O94742
#20: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN1 / HMG-CoA reductase degradation protein 2 / Proteasome non-ATPase subunit 1


分子量: 109601.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38764
#21: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN2


分子量: 104351.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32565
#22: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN3 / SX2_G0000950.mRNA.1.CDS.1


分子量: 60464.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1AUZ6
#23: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN5 / HLJ1_G0042390.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0042290.mRNA.1.CDS.1


分子量: 51840.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PYX7
#24: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN6 / EM14S01-3B_G0042150.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0042890.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0042730.mRNA.1.CDS.1 / Y55_ ...EM14S01-3B_G0042150.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0042890.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0042730.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0042740.mRNA.1.CDS.1


分子量: 49839.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0YP93
#25: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN7


分子量: 49016.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q2N6
#26: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN8


分子量: 38365.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08723
#27: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN9 / Proteasome non-ATPase subunit 7


分子量: 45839.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04062
#28: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit 7 homolog / HLJ1_G0003420.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0003390.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0003430.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0003630.mRNA.1.CDS.1


分子量: 52153.082 Da / 分子数: 1 / Mutation: S164R; T166K / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PV22
#29: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit 4 homolog / EM14S01-3B_G0043310.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0043690.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0043500.mRNA.1.CDS.1 / SX2_ ...EM14S01-3B_G0043310.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0043690.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0043500.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0043570.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0043530.mRNA.1.CDS.1


分子量: 48898.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q382
#30: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit 6B homolog / EM14S01-3B_G0046630.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0047490.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0047230.mRNA.1.CDS.1 / SX2_ ...EM14S01-3B_G0046630.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0047490.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0047230.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0047320.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0049230.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0047290.mRNA.1.CDS.1


分子量: 47953.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PYF7
#31: タンパク質 26S proteasome subunit RPT4 / HLJ1_G0040220.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0040040.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0034800.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0040060.mRNA.1.CDS.1


分子量: 49480.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q8D3
#32: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit 6A / HLJ1_G0038940.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0038760.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0033520.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0038760.mRNA.1.CDS.1


分子量: 48315.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q672
#33: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit 8 homolog / EM14S01-3B_G0032480.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0032990.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0032830.mRNA.1.CDS.1 / SX2_ ...EM14S01-3B_G0032480.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0032990.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0032830.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0038120.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0035060.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0032950.mRNA.1.CDS.1


分子量: 45342.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PWS2

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非ポリマー , 3種, 12分子

#36: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#37: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#38: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the s2 state
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#35 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 2.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm
撮影電子線照射量: 35 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 6.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74842 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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