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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pq5 | ||||||
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タイトル | Photorhabdus laumondii T6SS-associated Rhs protein carrying the Tre23 toxin domain | ||||||
要素 | Tre23 | ||||||
キーワード | TOXIN / RHS / TVISS / T6SS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å | ||||||
データ登録者 | Jurenas, D. / Talachia Rosa, L. / Rey, M. / Chamot-Rooke, J. / Fronzes, R. / Cascales, E. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Mounting, structure and autocleavage of a type VI secretion-associated Rhs polymorphic toxin. 著者: Dukas Jurėnas / Leonardo Talachia Rosa / Martial Rey / Julia Chamot-Rooke / Rémi Fronzes / Eric Cascales / 要旨: Bacteria have evolved toxins to outcompete other bacteria or to hijack host cell pathways. One broad family of bacterial polymorphic toxins gathers multidomain proteins with a modular organization, ...Bacteria have evolved toxins to outcompete other bacteria or to hijack host cell pathways. One broad family of bacterial polymorphic toxins gathers multidomain proteins with a modular organization, comprising a C-terminal toxin domain fused to a N-terminal domain that adapts to the delivery apparatus. Polymorphic toxins include bacteriocins, contact-dependent growth inhibition systems, and specialized Hcp, VgrG, PAAR or Rhs Type VI secretion (T6SS) components. We recently described and characterized Tre23, a toxin domain fused to a T6SS-associated Rhs protein in Photorhabdus laumondii, Rhs1. Here, we show that Rhs1 forms a complex with the T6SS spike protein VgrG and the EagR chaperone. Using truncation derivatives and cross-linking mass spectrometry, we demonstrate that VgrG-EagR-Rhs1 complex formation requires the VgrG C-terminal β-helix and the Rhs1 N-terminal region. We then report the cryo-electron-microscopy structure of the Rhs1-EagR complex, demonstrating that the Rhs1 central region forms a β-barrel cage-like structure that encapsulates the C-terminal toxin domain, and provide evidence for processing of the Rhs1 protein through aspartyl autoproteolysis. We propose a model for Rhs1 loading on the T6SS, transport and delivery into the target cell. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pq5.cif.gz | 209.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pq5.ent.gz | 156.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pq5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7pq5_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7pq5_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7pq5_validation.xml.gz | 42.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7pq5_validation.cif.gz | 62.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/7pq5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/7pq5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 165588.828 Da / 分子数: 1 / 変異: D1338N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア) 遺伝子: plu0353 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7N9I0 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Tre23 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Photorhabdus laumondii (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8.5 詳細: 50 mM Tris-HCl pH8.5, 250 mM NaCl, 1 mM TCEP, cOmpleteTM protease inhibitor cocktail (Sigma-Aldrich) |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: 2 mAu current / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 45000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 20000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 5000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 3.7 sec. / 電子線照射量: 49.75 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8550 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 37 / 利用したフレーム数/画像: 1-37 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2623687 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 140577 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 75.76 / プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.17 Å / 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.88 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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